當時，明朝對於江南和浙西的稅額很重。但是，貧農生活困難了，便會把田地賣給富家，富家勢力擴大了，可以坐食田租，因為地位優越，還可以獲得減免的特惠權。這樣一來，大地主慢慢形成，增多了。他們設法避免科役，任意拖延征稅。所以，貧農益發貧困，負擔益發沉重，大地主可以更多地獲得利益。有的貧農索性把土地和人身自由一齊賣給地主，成為農奴。雖然平等沒有了，但是從此不用再怕催租繳稅的官差。國家收入減少了之後，不得不把賦稅徭役分攤到別的一些小農身上，結果更把小農驅人佃農或農奴的地位，越發增加了大地主的勢力。
隆慶三年的時候，海瑞作為應天巡撫，曾實行他的社會政策，目的是摧殘大戶，貧農的田並人大戶的，海瑞設法替他們奪還。後海瑞去世，沿江號哭相送的人百裏不絕。但海瑞因為以“魚肉縉紳，沽名亂政”被彈劾。
他看出了當時地主利益和小民利益的衝突，為了國家對付地主，又因為地主階級的勢力而失敗。居正的時代，他用不著奪田還民，他用考成法，用國家的力量增加歲入，打擊地主，同時也減輕貧民的負擔。經過一係列的整理財政的計劃，田賦得到整理了，國庫漸漸充實了，經過嘉靖、隆慶兩朝的耗費之後，從神宗即位到萬曆十年，國家稱為富庶，有中興氣象，居正不可不謂立了一大功。
整飭學風
這也是張居正一個極大的改革。
明朝的學製，兩京國子監是直轄中央的國立大學，與地方無幹。各府州縣有府學、州學、縣學，生員有一定的名額，歸各省提學官管轄。鄉村中有社會、民間子弟自由入學，不受學額的限製，但也不強迫入學。當時的問題集中在地方學製的府州縣學。
太祖洪武年間規定，府學四十人，州學三十人，縣學二十人，日給廩膳，稱為廩膳生員。每人每月領米一石，魚肉鹽醯，由官供給。宣宗宣德三年規定，府、州、縣學各增加生員，學額與廩膳生員相同，他們沒有領米的權利，但可以免役，即家中隻要一人人學，可以三個免役。後來又添附學生員，他們同樣沒有廩米，但一樣享受免役的權利。這些廩膳生員，增廣生員，附學生員，可簡稱廩生，增生，附生有米可領，遇役可免；文理通順，學問優好還可以考取舉人進士，為國家做事，但大多數永遠隻是秀才，做一輩子的府州縣生員。但他們領米免役，成為地方的特權階級，這一群人物多了，連帶關係便有了，遂漸漸在地方上形成一種勢力，欺侮一般民眾，有時壓迫地方官吏。雖然滿口孔子孟子，聖經賢傳，講道德，說仁義，但事實上已成為地方的禍害，形成學霸。
朝廷幾次下令黜退行為不端的無恥之徒，慎選提學官，但都流於一紙空文。張居正認為若要整飭學風隻有控製各省提學官，才可以控製生員。所以，他首先提出：“今後各提學官督率教官生儒，務將平日所司經書義理，著實講求，躬行實踐，以需他日之間；不許別創書院，群聚徒黨，及號召地方遊食無行之徒，空談廢業，因而啟奔競之門，開請托之路。違者：提學禦史，聽吏部督察院考察奏黜；提學按察司官，聽巡按禦史劾奏；遊士人等，許各撫按衙門，訪拿解發。”隨後提出一係列計劃，目的就是要打倒遊談之士，不許再創書院，要肅清學霸之源，要裁減學額；禁止糾眾；考驗文理。一切計劃的執行，用考成法來衡量，遂不至於一如以前，當作具文看待。
張居正提出整飭學風的計劃是需要有很大的決心的，如果他隻是為自己的政治前途打算，或許會重新考慮這件事情，畢竟得罪的人太多了，從領導階級到民眾都有反對的呼聲。但他咬定青山不放鬆，不怕個人的得失毀譽，所以能夠取得當時的成功；也正因為他不顧人們物議，所以不免招致身後的詆毀。
整頓驛遞
萬曆三年，居正決心整頓驛遞，這是令他招怨的一件大事。
明代從北京到各省的交通幹線都有驛站，這是當時唯一的交通製度。驛站有主管的官吏，馬、驢、差役；水驛有船、水夫等。但這所有的一切都是來自民間。最初，夫役還可以享受免糧的特權。後來，這一特權也被取消了，交通幹線附近的人員：成了國家的奴役。
照理說，驛站的存在是必要的。國家機構為維持中央和各省的交通，在交通工具尚未發達的明朝，驛站製度的建立是必需的，隻是看這種製度如何運作了。
太祖時代，關於驛站使用的規定非常嚴密，至於軍國大事才有使用的權利，即使是公侯駙馬都督奉命出差，也隻許帶隨從一名。所以，當時人民還不感覺痛苦和驛站製度的暴虐。有一次，吉安侯陸仲亨從陝西回京，擅自使用驛站車馬，太祖知道以後痛責道：“中原久經戰火，現百姓剛剛開始休養生息，買馬出丁，非常艱苦。倘使大家都和你一樣，民間賣兒鬻女，也供給不起啊！”