由於李鴻章眾所周知的親洋傾向，很多頑固派把他當成了“肉中刺”。這些頑固派幾乎毫無疑問地控製了北京政府，他們也應該對1898年的戊戌變法負責。通過這場政變，慈禧太後開始重掌朝政，年輕的光緒皇帝也因此被囚禁在宮中。那些當權的頑固派期望勸誘李鴻章離開北京。
1899年末，慈禧召見李鴻章，問他想在京城外做什麼官，並表示他想做什麼都行。
李鴻章在12月12日，淩晨兩點寫道：“秘密麵見老佛爺之後，我返回了家中，內心十分忐忑不安。因為太後想讓我去南方，她暗示那裏有許多事情需要我去處理。我不敢完全無保留地告訴她，這一切都隻是他們的花招，因為我可以一一曆數北京這些‘好朋友’的罪狀，正是這些人極其渴望我離開京城，以防我給他們帶來嚴重的擾亂。非常嚴重的擾亂！事實上，如果真的發生了這樣的事情，那也是他們自作自受。大家都明白，這次是順了他們的意，但完全違背了我的意願。”
“我現在是一個年邁的老人，將近七十七歲了，或許他們認為我的頭腦已經變得十分糊塗，看不清這些事件的真正趨勢。朝廷知道，總理衙門知道，所有了解我生活的人都知道，在這個時候我並不貪戀權力。
沒有人能比太後更了解這一點，但她卻假裝認為把我派去南方是對我的進一步嘉獎。”
“但是我不會繼續對這個惡劣的計策表示抗議，如果我繼續探索這個計策符合邏輯的結尾，隻能得到一個結論：即使大清王朝不被完全推翻，國家也會遭到災難性的破壞，朝廷也會因此蒙羞。我要最後一次呼籲一下榮祿、袁世凱，甚至是那個衝動魯莽、喜歡惹是生非的端郡王。如果這次呼籲達不到我渴望的效果，我會再次彎下老邁的雙膝，在太後老佛爺麵前跪下，懇請她為了自己，也為了她的人民，將義和團勢力逐出宮廷。但我擔心端郡王已經說服了太後，並且她確信所有的外國人都會被趕進海裏。如果這些偉大的人物能夠見識到我看見的那些陸軍和海軍，以及歐洲和美洲的巨大力量，他們就不會再像孩子一樣做夢了！”
這位老總督並未在日記中說出，他是否向紫禁城內的那些強權人物做了最後的呼籲，來避免他預見到的複雜局麵。官方史料也沒有相關記載表明他曾就此事上奏過朝廷。然而，李鴻章的日記中包含了一些非常簡短的文字，提到了他即將離開京城南下，在最後一篇中，他寫道：
“我即將被調離大禍臨頭的京城，我向許多朋友道別，好像有什麼東西在告訴我，我再也見不到他們了。既然太後讓我自己選擇，我選擇了當兩廣總督。”
“1900年，3月2日。廣州，我的舊居。——老朋友伍廷芳寫來了一封感情真摯的信，這樣的信我已經有多年未見了。他的信中充滿了智慧和高尚的愛國精神。我將這封信抄寫了很多份，會盡快寄給北方的那些領袖人物，希望他們能明白並遵從伍博士的話語。我們傑出的公使對美國政府的想法以及美國主張的大致趨勢是了解的，端郡王和其他人最好還是聽從他的勸告。”
“3月17日。——樊國梁主教寫信給我，他在信中說京城中所有開明的朋友都認為我選擇離開是一個錯誤。我同意他們的看法，但這個錯誤隻是我的生命在遭到脅迫的情況下所犯的很多錯誤之一。”
“3月26日。——我很後悔1895年與日本簽訂和平條約時，沒有同意將山東省和其他租借地一起割讓給他們。因為這樣的話，大清就可以擺脫這片充滿騷亂的土地，這裏狂熱的義和團就像穀物船裏的老鼠一樣肆掠泛濫。就是在這裏，毓賢作為滿族的一員，把刀劍交到了義和團的手中，使他們的內心變得更加凶殘。要按我說，就這個巡撫到目前為止所扮演的卑鄙可恥的角色，應該立即將其腦袋砍下來，榮祿也是這樣想的。我很了解這位愚昧無知和殘暴卑鄙的巡撫，他連給我抬轎子都不配。”