牛頓家庭的基督教信仰氣氛極濃，他的繼父和舅父都是牧師，撫養他長大的外祖母和母親都是虔誠的基督徒。他們送他上劍橋大學的目的，是希望他將來做牧師。
因此，他在科學研究裏，處處協調科學與神學的關係，他說：“從事物的表象來論神，無疑是自然哲學分內的事。”“隻有在科學裏揭示和發現神對萬物的最智慧和最巧妙的安排，以及最終的原因，才對神有所認識。”
1678年，牛頓在劍橋畢業時，按照當時的規定，是必須接受神職的。但是，牛頓卻公開聲明，為了更好地“侍奉上帝”，他將不接受神職，而代之以自然哲學的研究來證明上帝的存在，從而贏得了英王查理二世的特許。
牛頓作為一位虔誠的基督徒，很早就在他的自然科學研究上處處刻上了神的印記。
牛頓在研究自然科學的過程中，曾遇到許多令他困惑不解的問題。其中一個重要的問題是，使天體產生原始速度的原始動力到底是什麼呢？牛頓很難作出回答，就當時的科技發展水平來說，也很難給出答案。
於是，牛頓便開始向神求助，他認為：“是神創造了世界，大自然是神的一件手工藝品。”
牛頓在他的《原理》一書中寫道：
各種自然事物，也隻是發源於神的意誌之中。
在《光學》一書中，牛頓描寫了神偉大的一麵，其中有一段這樣寫道：“它沒有真正的實體，卻仍然生活著，它有無所不在的智慧。”
牛頓也曾對一位牧師講道：“是神賦予了行星運動的第一動力。”為了使這種理論更有說服力，牛頓運用科學的縝密思維鑽研了神學。
哲學家羅克給予他很高評價，認為他在科學上是巨人，在宗教研究上也是一位能手。
牛頓雖然在科學上作出了無與倫比的貢獻，但他總結了科學的發展規律後認為，人類理性的能力有限，不能包容一切經驗，所以他開始相信《聖經》中的預言。
牛頓年輕時，曾懷疑高級生命的存在，但自從他精密研究和考察奇妙的宇宙構造後，便深深地感到創造宇宙者的偉大，實在無可測度。他雖然是舉世聞名的大科學家，卻自認為對宇宙的奧秘所知有限，幾如滄海一粟。
牛頓認為，在沒有物質的地方有什麼存在呢？太陽與行星的引力從何而來呢？宇宙萬物為什麼井然有序呢？行星的作用是什麼？動物的眼睛是根據光學原理設計的嗎？豈不是宇宙間有一位造物主嗎？雖然科學未能使我們立刻明白萬物的起源，但這些都引導我們歸向萬有的神麵前。
論到天體的構造與運行，牛頓嚴正地表示：
“從諸天文係的奇妙安排，我們不能不承認這必是全知全能的高級生命的作為。宇宙間一切有機無機的萬象萬物，都是從永生真神的智慧大能而來；他是充滿萬有，全知全能的；他在這無邊無量、井然有序的大千世界中，憑其旨意，創造萬物，運行萬物，並將生命、氣息、萬物賜給人類；我們的生活，動作、存留，都在乎他。宇宙萬物，必有一位全能的神在掌管統治。在望遠鏡的末端，我看到了神的蹤跡。”
“毫無疑問，我們所看到的這個世界，其中各種事物是絢爛多彩的，各種運動是如此錯綜複雜，它不是出於別的，而隻能出於指導和主宰萬物的神的自由意誌。”
牛頓認為：“我們應該更進一步去欣賞這大自然的美，並使自己陶醉於快樂的深思之中，從而更加深刻地激起我們對偉大的創世主和萬物主宰的敬愛和崇拜的心情，這才是哲學的最優美和最有價值的果實。”
“如果有誰從事物的這些最明智最完善的設計中看不到全能創世主的無窮智慧和善良意誌，那麼他一定是個瞎子，而如果拒絕承認這些，那他一定是一個毫無感情的瘋人。”