牛頓畢生的主要精力用於對精神世界的探索，視科學為餘事。他在談到自己的科學成就時說，他不過是在“追隨神的思想”，“照神的思想去思想而已”。
牛頓有一位朋友，就是英國著名天文學家哈雷，他因推算出一顆彗星的軌道，這顆彗星後來被命名為哈雷彗星，他卻不肯相信宇宙中一切的天體是神所創造的。
有一次，牛頓造了一個太陽係模型，中央是一個鍍金的太陽，四圍各大行星各按各的位置排列整齊，一拉曲柄，各星立即按自己的軌道和諧轉動，非常形象和美妙。
一天，哈雷來訪，見到這模型，玩弄了好久，驚歎叫好，立刻問這是誰造的。
牛頓回答說：“沒有人設計和製造這個模型，它隻不過是偶然由各種材料湊巧碰在一起而形成的。”
哈雷說：“無論如何必定有一人造它，並且是位天才的人。”
牛頓拍著哈雷的肩頭說：“這個模型雖然精巧，但比起真正太陽係，實在算不得什麼，你尚且相信一定有人製成它，難道比這個模型精巧億萬倍的太陽係，豈不是應該有全能的神，用高度智慧創造出來的？”
哈雷這才恍然大悟，也相信了有神存在。
牛頓臨終前，麵對著那些仰慕他智慧和稱頌他偉大科學成就的人，謙虛地說：“我的工作和神的偉大創造相比，我隻是一個在海邊拾取小石和貝殼的小孩子。真理浩瀚如海洋，遠非我們所能盡窺。”
安葬在英國倫敦威斯敏斯特大教堂的牛頓的墓碑上，銘刻著他以哲學證明了全能神的偉大。
牛頓不但是一位偉大的科學家，而且是一位虔誠的宗教信徒，研究宗教經典的濃厚興趣絕不在科學以下。在他沉默的年代中，研究宗教經典所用的時間，遠遠超過研究科學所用的時間。
17世紀70年代末期，他開始撰寫教會史，主要是4世紀和5世紀曆史，重複他對《啟示錄》的解釋說明。
牛頓不僅僅在科學上的成就達到登峰造極的地步，而且對宗教經典的研究和認識，也令許許多多宗教學者大為驚奇。牛頓認為值得以生命作為資本投資在宗教經典研究上，他相信自己的勞苦不會付諸東流。
看了牛頓有關研究宗教經典著作的人，都確信他的信念是完全正確的。牛頓隨著科學成就的增多，名氣的提高，對神的信仰也更加虔誠。牛頓所信仰的神，是《聖經》所啟示和記載的高級生命。
牛頓說：“我們應當把神的話——《聖經》，看為至高無上的哲學。根據研究的結果，《聖經》記載是有證據的，實在遠非世俗的曆史所能比擬。”牛頓始終相信《聖經》中的預言，他說：“聖經》預言有許多可信的憑據。”
有人認為牛頓研究科學遇到無法解決的問題才轉向神，才轉向宗教。也有人以為牛頓後半生如不研究神學，則會在科學上取得更大的成績，因此而為牛頓大為惋惜。
事實上沒有任何科學家像牛頓取得那麼大的成就，也沒有任何科學家在《聖經》研究方麵花這麼大的工夫。說實話，世界上沒有一個科學家有資格指責牛頓！
在哈雷博士還未走入宗教前的一天，他對牛頓講了一番不信神的話，牛頓不留情麵加以斥責，正告他說：“哈雷博士，我對你關於天文數理的高見，一向樂於接受，因為你是研究有素的，但你對宗教，最好不要隨便發言，因為我知道你對此毫無研究，並且我敢斷然地說，你根本是個門外漢。”
牛頓這樣斥責他，是有重要理由的，因為哈雷正是一個盲目反對者。後來哈雷博士經過徹底而嚴謹地研究，也走入了宗教。
對於任何問題，照理必應先徹底研究，然後才能反對。牛頓的駁斥和見證，實在為一般盲目反對者的當頭棒喝。