在牛頓臨終前幾天，他老家所在聖馬丁教區的教區長紮查理·皮爾斯前來看望他。皮爾斯回憶說：
“我看見他還在寫《古代王國年表》，他當時並沒有戴眼鏡，坐在離窗戶很遠的地方，桌子上有一大摞書，在紙上投下一道陰影。”
“我走進房間，見到這一切便對他說：‘爵士，您寫東西的地方光線似乎不太好呀！’他回答說：‘我有一點光就行了。’然後他告訴我說他在整理他的《年表》，準備付印，為此他將大部分手稿重寫了一遍。”
“他給我讀了兩三張寫好的內容。我們在談話中偶爾提到《年表》中的一些問題。”
“我記得，他繼續讀下去，並談論他所讀的內容，在晚飯之前，談了將近一小時。”
1726年暑期之後，牛頓隻參加了皇家學會的四次會議和一次理事會。他所主持的最後一次會議是1727年3月2日，這次會議使他很興奮，晚上便在倫敦住了下來。第二天，康迪特發現他的氣色非常好，這是多年來不曾有過的。
由於次日緊張的會議以及頻繁的探訪，他那劇烈的咳嗽又複發了。他於3月4日回到了肯辛頓。康迪特派人請來為牛頓治病的兩位著名醫生米德和切斯爾登，診斷結果是牛頓患了膀胱結石，幾乎沒有康複的希望了。牛頓忍受著劇烈的疼痛，汗珠從臉上滾落下來。
1727年3月初，牛頓的病情惡化了，經醫生診斷，還是膀胱結石。3月15日，他感覺好些了。18日晨，他可以閱讀報紙並同醫生正常交談，但是當晚18時許，病情突然再次惡化，牛頓失去了知覺，再也沒有醒過來。
1727年3月30日淩晨，一顆天才的頭腦停止了運轉，牛頓去世了，這時牛頓已經84歲。
英國為牛頓舉行了盛大的國葬。作為自然科學家，牛頓是享此殊榮的第一人。他的靈柩被安放在威斯敏斯特大教堂，這是英國曆史上著名的藝術家、學者、政治家才有權享用的最後的歸宿。
成千上萬的普通市民、皇宮貴族都為之哭泣，他們湧上了街頭、湧向教堂。
這個時候，法國啟蒙思想家伏爾泰在英國考察，他被眼前的一幕深深感動了。他在日記中寫道：
我看到英國悼念牛頓就像是悼念一位造福於民的國王。
我看到英國的大人物們都爭著抬牛頓的靈柩。
伏爾泰也禁不住虔誠地從牛頓的桂冠上摘下一片葉子，作為永久珍藏的紀念。
牛頓去世後的第四年，他的親戚出資在他的墓前修建了一座宏偉的巴洛克風格的紀念碑。上麵的墓誌銘這樣寫道：
這裏安睡著艾薩克·牛頓爵士。他以超乎常人的智力及其所發明的數學方法，首次證明了行星的運動與形狀、彗星的軌道和海洋的潮汐，他研究了光線的不同折射率，以及由此產生的顏色的性質，這些是別人想都沒有想到的。
對於自然、曆史和聖經，他是一個勤奮、敏銳而忠實的詮釋者。他用他的哲學證明了上帝的威嚴，他度過的是一個真正清教徒的一生。所有活著的人都為曾經有這樣一位偉人的存在而感到幸福。
艾薩克·牛頓爵士生於1643年1月4日，卒於1727年3月30日。
牛頓的去世引起了人們極大的關注，各種報紙爭相報道這一消息。3月的《大不列顛政治狀況》用三版的篇幅高度讚揚牛頓，充分概括了牛頓在英國學術界的地位，稱他為“最偉大的哲學家，是英國的驕傲”。
而由詹姆斯·湯姆森所寫的“紀念艾薩克·牛頓爵士的詩”在年底之前就印刷了五版。曾授予他爵士頭銜的國家，在他死後給予了他更大的榮譽。