司馬元顯的野心比他父親還大。殺王恭，逼退殷仲堪後，他自以為算無遺策，天下智計之士無出其右。恰巧此時司馬道子有病，又昏庸沉醉，司馬元顯知道朝廷對他已經失望，就想奪取父親的權力。他引張法順為謀主，乘道子長醉不醒的機會，矯詔解除了道子的官職，自任錄尚書事兼任揚州刺史。道子醒來以後，才知道大權已去，卻也無可奈何，由此更加嗜酒如命，成日昏醉，幹脆把大小事宜，一概托付給元顯。當時人們把道子稱作東錄，元顯稱為西錄。西府車馬填門，而東府卻門可羅雀。
元顯少年得誌，大權在握，自然驕橫不可一世。他聚斂不已，富過帝王；又自詡德高望重，勒令百官向他跪拜致敬。他性情苛酷，生殺由己，張法順多次規勸，他都不聽。
此時，劉牢之鎮京口，控製江淮，殷、桓、楊三人牢牢抓住了荊州、江州等上遊地區，元顯的號令充其量隻能行施於三吳一帶。他知道，要真正掌握生殺予奪之權，必須有強大的兵力為後盾。為了組建一支由自己直接指揮的軍隊，他下令征發三吳的免奴客當兵，名為“樂屬”。三吳是以王謝為首的北來士族和吳姓士族盤踞的地區。此舉直接危及到他們的利益，引起極大的不滿。各級官吏又乘機營私舞弊，貪汙勒索，加劇了這一帶的社會矛盾。東晉建立以來，財賦主要仰仗三吳地區，這裏人民的負擔遠比其他地區為重。元顯此舉無疑是火上澆油。不久就爆發了孫恩、盧循領導的暴動。自隆安三年（公元399年）到元興元年（公元402年），孫恩、盧循敗而複起，散而複聚，最後以盧循率餘部逃往廣州暫告結束。三吳曆經四年的戰亂，遭到了前所未有的破壞，饑荒十分嚴重。北來士族也受到空前的打擊。東晉王朝賴以生存的根基業已動搖，已經岌岌可危了。
孫恩、盧循剛剛敗退，又有一件事讓元顯大傷腦筋。這時，桓玄、楊期和殷仲堪的三人聯盟發生了危機。他們都想獨霸荊州。司馬元顯為了加劇三人的矛盾，促使其互相火並，下令割荊州八郡給桓玄。這使殷、楊二人十分驚慌。隆安三年（公元399年），桓玄利用荊州水災的機會，一戰而消滅了楊期和殷仲堪，獨霸長江中下遊。同時也頻頻插手下遊事務。
桓玄一麵安置親信，招兵買馬。一麵又發布檄文，指責時政，聲言一切禍亂均由司馬道子父子造成，要他們趁早下台。司馬元顯當然決不會拱手讓出大權，就自為統帥，下令討伐桓玄，以劉牢之為前鋒都督。
軍隊將要出發，桓玄的堂兄驃騎長史桓石生派使者飛報桓玄。桓玄進駐尋陽，傳檄京城，宣布司馬元顯的罪狀。不久，又進軍至西陽。皇帝身穿戎裝在西池給司馬元顯送行，元顯剛剛上船，桓玄已到新亭。司馬元顯丟下船隻退守國子學堂。第二天，在宣陽門外列陣，由於軍心不穩，元顯的部佐多有逃散。
這時，前鋒劉牢之又歸降了桓玄，形勢更加不妙。元顯剛回到宣陽門內，劉牢之的參軍張暢之帶人追趕，大家一哄而散。司馬元顯逃進相府，隻有張法順跟隨。他向司馬道子求計，道子隻是對著他哭，毫無辦法。桓玄派太傅從事中郎毛泰逮捕司馬元顯，將他送到新亭，綁在船前，數落他的罪狀。司馬元顯回答：“我為王誕、張法順所誤。”桓玄把他遞交廷尉，連同他的六個兒子一起殺掉。桓玄又上奏說：“司馬道子飲酒無度，放縱兒子，應當棄市。”朝廷下詔遷道子到安成郡派禦史杜竹林看護，杜竹林竟秉承桓玄旨意毒死了司馬道子。司馬道子死時年僅39歲。據說，皇帝在西堂為之痛哭了三天。
司馬道子的一生，除了權力與酒之外，大概沒有別的東西可以讓他心醉了。他權力欲極盛，卻又極為昏庸，才智平平，隻知道寵信小人，整日嬉戲。在多事之秋，由這種人執掌相權，可以說是東晉王朝的大不幸。
相比而言，他的兒子司馬元顯至少顯得比他聰明英勇些。在討伐王恭、殷仲堪的戰爭中，他頗似“雄姿英發”的少年周郎。隻可惜他遠沒有周瑜的謀略，卻有著比周瑜更為狂妄的個性。而且，他竊取父親的權力，也讓人看到了他狡詐冷酷的個性，充其量隻能說他是一個狂妄的野心家。
且不論桓玄如何，至少我們可以說。司馬氏父子的死，是罪有應得。曆史是公正的。