太元二十一年（公元396年），東晉宮廷發生政變，孝武帝被殺，太子司馬德宗繼位，是為安帝。皇帝暴死，在其時是一件大事，但司馬道子要的隻是權勢，對此事根本不加過問，而借安帝登基之機搶到了攝政的高位。
安帝是個啞巴，是一個連冷熱都分不清的白癡，司馬道子自然可以為所欲為了。司馬道子的心腹王國寶、王緒兄弟也得到了高官厚祿，作威作福，貪汙受賄，難以計數。他們又說動司馬道子裁撤王恭和殷仲堪的兵權。孝武帝在位之時，因為要防範司馬道子權勢過盛，任命皇後兄王恭為平北將軍，鎮京口（今江蘇鎮江市），控製北府兵；以振威將軍殷仲堪為荊州刺史，都督荊益寧三州軍事，分了司馬道子的兵權。又引王恂為尚書仆射，王雅為太子太傅，分了道子的行政權和決策權。當時司馬道子對孝武帝寸土不讓，以王國寶為中書令兼中領軍（中央禁軍將領），參與機要和執掌武官銓選，又引王緒為心腹，深相結納坐鎮曆陽的庾楷，引為外援，以此來對抗孝武帝。這樣，司馬道子與王恭分別形成兩大集團，互相攻訐。這時要裁撤王恭和殷仲堪的兵權，自然會引起他們的反對，無異於引火燒身。王恭早就心懷不滿，此時正好找到借口，遣使遊說殷仲堪，以討王國寶為名，聯合興兵。隆安六年（公元397年）四月，王恭首先發難。司馬道子聽說兩鎮聯兵，六神無主，隻好殺了王國寶和王緒二人，求王恭退兵。兩人一死，王恭已無借口，隻好暫時作罷。
王國寶死後，司馬道子舉薦譙王司馬尚之和司馬休之兄弟為心腹，密商對策。司馬尚之勸說司馬道子說：“地方勢力強盛，宰相的勢力就會減小，應當暗中樹立羽翼，以便來保護自己。”司馬道子深以為然。於是，在司馬尚之的建議下，司馬道子以王恂為江州刺史以防備王恭，並且割庾楷管轄的四郡歸王恂節製。這一來引起了麻煩。庾楷本來結黨於司馬道子，是道子強有力的外援，萬萬沒想到道子竟會拿他開刀，一怒之下，派遣兒子去遊說王恭再次起兵。上次王恭沒有敢大動幹戈，原因之一就是擔心庾楷兵馬太盛，威脅到其側背，現在庾楷自己送上門來，自然求之不得，立刻知會殷仲堪與桓玄，自為盟主，約期在隆安二年再次進兵，會攻建康。
司馬元顯時年16歲，正是意氣風發的時候。他自告奮勇，要求討伐王恭。他慷慨地對父親說：“去年不討伐王恭，才有現在的事。如今若是再滿足他的胃口，宰相的災難就不太遠了。”他自薦為征討都督。司馬道子日夜飲酒，見兒子主動請纓，就把軍權交給了元顯。司馬元顯雖然年少，但卻聰明多智，果敢敏銳。他命令衛將軍王恂、右將軍謝琰對付王恭，司馬尚之對付庾楷，企圖利用謝琰與北府兵的關係，瓦解北府兵的戰鬥力。
王恭桀驁不馴，手握北府勁旅。可是他既不知兵，又不會用人，軍權全交給大將劉牢之等人，而且平時又不恤士卒，因此劉牢之等人對他早已恨之入骨。司馬元顯抓住了這一點，派密使遊說劉牢之，答應事成之後，把王恭的名號授給他。於是劉牢之陣前倒戈，殺死了王恭。
司馬尚之進軍也頗順利，打敗了庾楷，接任豫州刺史，但不久就被桓玄和楊期的部隊打敗。桓、楊的軍隊進圍建康，京城麵臨威脅。司馬元顯急命劉牢之人衛京師。劉牢之能征慣戰，在淝水之戰中享有很大的威名，桓玄由此而生怯心。司馬道子又采納了桓修的意見，發表桓玄為江州刺史，楊期為雍州刺史，而貶殷仲堪為廣州刺史，由桓修接任其職務，企圖以此收買桓、楊二人。此舉果然奏效，桓、楊二人拒絕殷仲堪的號令，準備和道子聯手。但殷仲堪也老謀深算，他一知道朝廷的任命，馬上退回尋陽（今江西九江），命令桓玄和楊佳期也回撤，如不聽命，他一回江陵，就將他們所統帥的士兵家屬全部殺掉。此計非常毒辣，桓、楊所部軍心不穩，再不回撤，軍隊就會嘩變，隻好服從殷仲堪的命令。此後，三人互換人質，共推桓玄為盟主，和朝廷討價還價。司馬道子和元顯也知道劉牢之絕不會為他們賣命，就趁此收回成命，一場禍亂暫告平穩。