一代為醫，代代為醫
受到元代世襲製度的影響，明代也繼承了這種世襲的製度。明政府將戶口分為民、軍、醫、儒、灶、僧、道、匠等，規定每戶必須子襲父業。就是說一旦被劃歸醫戶，那麼他的子孫就必須世代行醫，隻有殘廢或年逾七十不能行醫了，才可以退休。這種醫戶製度，雖然在一定程度上保證了各家的醫術能夠代代相傳，但是卻很大程度上限製了醫學人才的發展，甚至在後來的科舉考試，醫戶也不能參加，醫戶的發展僅被局限在醫業之內，想做官都難。這種醫戶世襲製度的弊病日漸顯現，在明末終於被廢止。
醫戶世襲製度對明代醫學人才的補充還是有所作用的。雖然醫生在明代地位不高，但是明政府還是給予了一定的重視。在製度上後來也有所寬鬆，增加了醫戶子弟進入仕途的途徑。一條是在太醫院增設了醫學，挑選各地醫戶子弟中的優秀人才進行培養，不過人數很少，因此競爭十分激烈，入選後學成的學生就能夠進入太醫院任職。另外一條是明代在各地也興辦醫學，鼓勵醫戶子弟入學深造，以備朝廷不時之需。
禦醫選拔三條路：考試、推薦和捐錢
對醫學人才的選拔都是通過考試、推薦及捐納錢財免試為官。考試有針對入選太醫院學生的，有針對醫士的，還有針對醫官升補的。太醫院學生學習期滿後考試合格，可以在太醫院做醫士，如果不合格，就重新學一年再考。如果三次都沒考核通過，就會被退學。醫士考核是針對各地醫學學生進行的選拔，這裏除了醫學世家的可以參加，另外一些受到推薦的精通醫業的人也可以參加。太醫院裏的醫官升補考試主要是禦醫、吏目的升補，吏目由醫士升補，禦醫由吏目升補。升補的條件都非常嚴，比如醫士升禦醫，醫術優異者，在內廷做滿3年，或者外派工作滿6年，可以考試升補禦醫，後來又改為內廷做滿6年或者外派滿9年。而禦醫升做院判，要做滿9年，如果有空位才可以升職，沒空位則規定暫不升職，但可以升俸。
推薦選拔是當時選才最主要的方式，推薦的人選經過朝廷考核，有時帝王可能還會親自過問，之後可以進入太醫院。明初的唐毓、徐富等都是因名而被舉薦進入太醫院的。洪武年間，吳彥高因為治愈了皇上的疾病而受寵，進了太醫院做官。明代最有名的是戴思恭、盛寅、許紳、吳訥等人，其中許紳曾經做到工部尚書一職，官至一品，可謂禦醫史上的奇跡。而另外3人也是做到太醫院最高院使。
明代還實行了捐納錢財為官的方式，這種方式，慢慢導致了不良風氣的出現，渾水摸魚的現象屢見不鮮，很多人利用不正當的途徑希望升遷，使得一些在民間通過世襲家學潛心研究醫術的人才難以出人頭地。
好藥源源上貢，香料最吃香
明代社會經濟相對穩定，而且科學技術也在不斷發展，醫學在明代也得到了較快的發展，並且明代各類醫家都非常重視藥物學的研究。為了保證為王室保健服務和進行醫學研究的宮廷用藥，明代對全國的藥物產出、采集、納貢、貯藏、調撥等等都做了明文規定。禦藥房下設的禦藥庫和太醫院下設的生藥庫，都是專門從事藥品收貯的機構。生藥庫主要是為普通民間醫療機構的惠民局之需而建，收集的藥材主要用於惠民局藥局向民間貧困病人施藥以及遇到天災瘟疫的時候發放防病藥品。
上貢藥品的來源都是各地進貢的地道藥材，中央對各地的藥材每年征收一次。比如浙江的紫菀、江西的香蒲、湖廣的貝母、白花蛇、朱砂、麝香，四川的附子、天雄、犀角、琥珀，山西的蒼術、遼東的人參等，對這些地方都有規定數量的進貢標準，必須按時按量上繳。為此，各地的藥農因為如此沉重的上貢負擔十分不滿，為安撫民心，明朝采取變通的方式，把貢藥的十分之一折成銀兩作為給藥農的酬勞，這種方式在一定程度上緩解了藥農的怨憤，不過明朝對上貢藥品的需求量日益加大，這點酬勞加上再被地方官吏層層克扣，藥農依然是苦不堪言，而宮中的用藥就是靠著各地的不斷上貢才得以保障。
明代由於經濟的強盛，對於周邊各國的影響也十分大，所以藥材的另一個來源是國外進貢的進口藥材。這些藥材包括犀角、硫磺、蘇木、蘇合油、胡椒等。最受宮廷喜歡的是香料藥、蘇木、胡椒。香料類的種類非常多，包括降真香、木香、丁香、檀香、沉香、乳香、金銀香等等。在明代香料不但已經成為宮廷中最不可缺的藥材，連民間也都有所流行。當時用香料主要是浴佛浴身、進行宗教祭祀、熏衣、去除異味、美容等。而香料在治療上也得到普遍使用，甚至都到了濫用的地步，禦藥房及生藥庫中的香料藥多得不計其數。這些香料大都為國家統一控製，珍貴的香料民間很少能夠找到，曾經有一段時間，香料、蘇木、胡椒等藥材還被朝廷當作俸祿來發，開了以藥代俸的先河，而珍貴藥品被當作賞賜品更是屢見不鮮。