太醫院圍著皇上轉
明代是個高度中央集權製的國家，在宮廷醫事上也是以太醫院為中心，設置了非常細致的各類機構，而且互相製約。明代的太醫院不同以往朝代的太醫院，前代太醫院無論職能如何變化，在中央和地方都能起到一定作用。明代完全不同，太醫院幾乎變成了皇帝的專屬，名義上還是全國最高的醫藥管理機構，實際上都是在皇宮內為皇帝和皇室貴族服務，宮廷之外的醫療更多地轉向由地方機構來管理。這時的太醫院應該說就是純粹的禦醫院了，雖然仍然是管理者的角色，但是太醫院下的其他醫療機構都相對獨立，不完全由太醫院統一領導，太醫院的職責主要是培養禦醫、派駐禦醫和對禦醫進行選拔。不過一旦在診治過程中出了問題，太醫院卻要承擔很大的責任，可以說，明代的太醫院擔當著一個左右為難的角色。
明代的太醫院建製分為三個階段，從醫學提舉司到太醫監再到太醫院。醫學提舉司主要是沿襲元醫學提舉司的職能，進行醫學教育的推廣。設有提舉為從五品，同提舉從六品，副提舉從七品，醫學教授正九品，其餘還有學政正、官醫及提領等職，均為從九品。
三年後，醫學提舉司改名為“太醫監”，主要的任務是幫助皇帝來監察全國的醫藥事務，主管官員少監升為正四品，監丞正六品。公元1367年，“太醫監”改名為“太醫院”，第二年，朱元璋登基，太醫院的建製基本定型，設有院使、院判、同知、典簿等官，院使為正三品，院判正五品，同知正四品，典簿正七品。其後又改為設太醫令、丞、吏目、禦醫四種職位。到公元1389年，重新規範太醫院官職，改成院使、院判、禦醫、吏目四級，另設醫生、醫士數名，同時正式敕封太醫院為正五品衙門。禦醫當時為正八品，吏目為正九品，官階還是比較低的，這個編製一直延續到明末。
南北兩院製，北院握大權
明代的太醫院還有一個特色，就是兩院製。因為明始建於南京，因此最初是在南京建的太醫院，遷都北京後，興建紫禁城時，在紫禁城的東南又新建了一個太醫院，從此形成了以北京太醫院為首的兩太醫院製。由於政治中心的北移，南京的政治勢力基本上已是形同虛設，北京的太醫院在建製規模上完全占有了主導地位，加上北京的太醫院直接為皇宮服務，地位也就更加顯著，北京太醫院的人數最多時已經達到160人以上。而南京太醫院基本上都不再設院使、禦醫、吏目等官職，僅僅設置一些醫士充數，最多的時候也不過60人，僅僅負責南京一帶的醫藥工作。太醫院屬吏部和禮部同時管轄，院使院判的職位都是由兩個部同時選拔考核，最後核定人選的。不過皇上往往會根據個人的喜好，親自選定。
北京太醫院除統管全國醫政管理之外，同時負責皇帝包括皇子、後妃、大臣等人的醫療。院使、院判、禦醫等，要分班在宮內的禦藥房輪值。帝王出巡，太醫院官也要隨從侍奉，醫官加上禦醫及藥員每次都要跟上二十多位一起護駕。
北京太醫院要製定、監督、執行和協調國家的醫政法令。由於受到皇權的獨裁，太醫院很少能親自訂立製度，基本上都是從上至下實施，皇上一句話就是一道令，太醫院的醫官們不管是否合理，也會跟著執行。明嘉靖世宗皇帝朱厚在一次瘟疫流行時，下令太醫院籌置藥方和藥品下發，藥方定好後他要親自檢查後才下發下去，以一國之君，連治瘟疫的方劑也要欽定，這更促成了太醫院惟命是從、不敢負責的惰性。明代對於醫藥事故的處罰，相對唐、宋來說略微輕一些，諸如唐宋禦藥製作出錯，要處以絞刑，而明代僅處以杖刑一百下。藥材揀選製作不精細的，從原來的杖刑一百減少到六十。
負責帝王的醫療保健是太醫院最重要的職能之一。在宮廷中還設有很多其他的保健機構，諸如禦藥房、典藥局、安樂堂、浣衣局、月子房等等，這些機構的辦事人員都要從太醫院中輸出，同時太醫院管理著整個宮廷的藥材的采購、保存、製作、發放。太醫院和這些醫療機構有著千絲萬縷的關係，哪個環節出了紕漏，都有可能牽扯到太醫院這裏。
太醫院唯一比較有發言權的職責就是負責醫官、醫生的選任、差派、考核、獎懲等。宮廷各醫療機構以及地方醫療機構的人員派遣都由太醫院來統籌安排。
明代的醫學教育都以地方教育為主，中央沒有專門的醫學教育學校，而太醫院所需要的禦醫都需要自己來培養，太醫院內設十三科，以培養禦醫的後備人才。禦醫的培訓也有統一標準：必須是正宗的醫戶子弟，術業精通，有培養前途的經考核考試選拔後方可入學；入選學生須進行分科學習；分科學習同時還要學習相應其他相關內容；根據學習的課程，每年有四次考試，考試成績的優劣決定日後的升遷等等。太醫院針對每個學生的情況，向皇上或者直接管理的吏部和禮部推舉人才。
禦藥房裏三件事，件件要命
明代的禦藥房是為皇帝健康服務的一個最直接部門。明初叫尚藥局，後改為禦藥局，嘉靖十五年（公元1536年），在紫禁城的文華殿後麵又建了聖濟殿，作為禦藥房辦公所在。聖濟殿在李自成攻入紫禁城後被燒毀，清代在聖濟殿舊址上建造了藏書的文淵閣。聖濟殿禦藥房由提監和太監管理，設有尚藥奉禦、直長、禦醫、藥童、吏目等人員，人數隨時增減。公元1587年，禦藥房下又設置了禦藥庫，建在聖濟殿的後麵。當時還刻了一枚“禦藥庫關防”的印章，由提督太監掌管，日常禦藥房的藥品調入、領取等事項，都要有這個禦藥庫關防作為憑證；同時禦藥庫所有藥品清單、藥品進出記錄等定期要清查造冊，之後送禮部存檔。一旦有什麼意外發生，這些記錄就是追究責任的依據。明代宦官專權也體現在醫療製度上，禦藥房的最高負責人不是院使、院判、禦醫這些專業的醫生，而是由太監來管理，這也是一件令人奇怪的事情。