太醫局則發展成專門培養醫學人才的醫學院。設有提舉、判局、教授、醫學博士、助教等。他們是從翰林醫官或者從太醫局畢業的學生中選拔出來的。學生一般有120至300名，北宋對太醫局進行了改革，不再隸屬太常寺，提舉、判局這些管理者也必須由醫家充任。專業上分為方脈、針灸、瘍科三個專業，其中包括了九個分科。
保壽粹和館主要是給宮中的人們進行養病治療的地方，建於政和四年(公元1114年)，十年之後被撤除。
太醫局專司教育
太醫局在醫學教育方麵的作用，在宋代有了更為長足的發展，已經成為一個專門的醫學教育基地，源源不斷地為翰林醫官院提供優秀的人才，並輸送到宮廷。
太醫局首先對學生的來源嚴格把關，通常在每年春季招生，規定年齡在15歲以上，有召命官、使臣或翰林醫官做保，學生3人一組，結為連保，在太醫局旁聽一年後才能獲得一個候補的入學資格。所謂的候補入學資格，就是不能馬上就進入太醫局學習，因為太醫局每科的學習人員都有定員，隻有等有了空缺，獲得候補入學資格的學生才有機會參加這科的選試。選試的題目是問答題，考官會提出10道題目，這些題出自《難經》、《素問》、《諸病源候論》、《神農本草經》等書的內容，回答出5道以上為合格，由太常寺發給一個正式入學資格的“牒”，這樣才可以進入太醫局開始真正的學習。學製為三年，畢業還要有考試，考試優秀的，可以選送到翰林醫官院。
學醫要經“三舍考選法”
到宋神宗熙寧時期，在全國推廣新的教育製度模式，這種製度也推廣到太醫局的醫學教育，叫做“三舍考選法”，即將學生按照入學的時間分為三舍。初入學的為外舍，學期1年，經私試、公試合格後升入內舍，私試指的是學習中的月考，公試則為學習期滿後進行的年度考試；內舍學期是2年，經舍試，即2年考一次，可升入上舍；上舍還要再學習2年，經舍試後合格者才授予官職。太醫局實行的三舍法，在熙寧九年時，學生定額為300人，外舍200人，內舍60人，上舍40人。對於學生的考核分為理論考試和實際臨證考查。理論考試每月一次私考，每年一次公考，考試成績評定分為優、平、否三等；舍考一次，成績優、平者，可由外舍升內舍，內舍升上舍。在注重理論學習的同時，這個時期也非常重視實際臨床經驗的培養。在學習過程中，太醫局的學生要輪流為其他太學生及將士診療疾病，來培養、提高他們的實際診療能力。他們在診療過程中，必須對治療經過、用藥、治療效果等做詳細而真實的記錄，每年太醫局會在年終根據實際臨證療效的優劣來進行考查評定，實際臨證考查分為三等，全部正確的十全為上等，有一次失誤的十失一為中等，有兩次失誤的十失二就為下等，表現優秀者還會給以適當的獎勵。如果10個病人隻治愈了5位，即十失五，那麼按規定就會被開除學籍，畢業後這些學習成績都將是學生分配的參照標準。
醫學教育製度的改革，對醫學人才的培養非常有利，但是在北宋末期，隨著三舍法的廢止，醫學教育的發展也出現了低潮。到了南宋，戰亂不斷，因此太醫局幾經廢止和恢複，因此也沒有更大的發展。當時記載的太醫局考試題目，看起來都是非常難的，不過因為考風腐敗，舞弊現象屢見不鮮，因此這些題目也說明不了什麼，還是有很多不學無術的人通過不正當手段進入太醫局學習，這也大大妨礙了那個時期醫學教育的推進。