最高領導是翰林
兩宋時期特別是北宋，是中國醫學史上的輝煌時期，除了前代醫學發展的鋪墊作用，宋代帝王對醫療的高度重視，也是這一時期醫學快速發展的一個契機。
北宋在中央設置了翰林醫官院。翰林最早在唐朝已經設立，翰林院招募有識之士，是為國家儲備人才的地方，這些翰林學士以文學擅長，主要是為皇帝草擬詔書。而到北宋時期，翰林院的權力逐漸擴大，主管天文、書藝、圖畫、醫療四局，翰林醫官院掌管著為朝廷提供醫藥、派遣禦醫、選拔人才、編纂醫書的重要職能，是宋代醫療的最高管理機構。公元1078年改名為翰林醫官局，但在職能上沒有變化。
翰林醫官院初建時期，定員在140人左右，但後來管理不善，冗員大增，最高的時候竟然達到1000多人，經過減員，逐步縮小了編製。醫官在宋代剛開始為武階，後來改為文階，共有14階：和安大夫、成和大夫、成安大夫為從六品，是官職最高的；成全大夫、保和大夫、保安大夫、翰林良醫為正七品；和安郎、成和郎、成安郎、成全郎、保和郎、保安郎、翰林醫正為從七品。之後又添加了8階，變為22階：包括翰林醫官、翰林醫效、翰林醫痊都為從七品；翰林醫愈、翰林醫證、翰林醫診、翰林醫候都為從八品；翰林醫學為從九品，是最低者。現在人們習慣把醫生稱為“大夫”，這大約從宋代就開始了。
這個時期的禦醫都是從翰林醫官中進行選拔的。對於翰林醫官的錄用，首先要具備年齡在40歲以上、必須經過正規醫學知識學習的基本條件，才可以參加經義或方脈用藥的錄用考試，通十分為滿分，通六、七分以上者就算合格，可以進入翰林醫官院。南宋宋孝宗時，曾經下詔，從民間征召名醫，由各地方保舉醫療人才，經初試合格者，參加第二年的省試，從省試合格的人裏麵，五人選一名，作為候補醫生，這些候補醫生還要再參加一次省試，依然是從合格者中五人取一名，成績為八通的可以進入翰林醫官院做翰林醫學，六通的則可以做翰林醫候。
太監管著禦藥院
宋代撤銷了隋唐時期專為太子設置的藥藏局，翰林醫官院下設的機構主要有尚藥局、禦藥院、太醫局和保壽粹和館。
尚藥局隸屬殿中省，負責宮廷的所有禦藥、和劑，由典禦、奉禦負責管理，下設醫師、禦醫、醫正、醫佐、藥童、藥工、掌庫、庫典、直史、書吏、貼書等等，人員配備齊全，從管理層、醫生、製藥、庫房、病案整理等負責人員一應俱全，已經成為一個完備的宮廷醫院。尚藥局的醫生都是皇帝的禦醫，因此挑選十分嚴格，要經過翰林院的考試，皇帝親筆禦批之後才能進入尚藥局供職。醫療的懲罰製度在宋代也非常嚴酷，如果禦醫治療疾病沒有效果，一般都要被罰款、撤職，甚至有可能被流放。
禦藥院是宮中的禦用藥房，掌管宮內藥品的采購、保管、加工製作等，設有典禦、藥童、匠等崗位。皇上吃的藥直接由禦藥院製成後試嚐，然後進給皇上，因此責任也非常重大，直接管理者又增加了由內侍省派來的太監，由他們進行監察，檢查最後的成藥和處方上的分量、調劑方法是否一致，是否符合藥理，稍有差錯，禦藥院的禦醫就會被處以絞刑。宋代，皇上外出巡視的時候，尚藥局、禦藥房也要派人隨行，每次一去就得跟著二十多人，以備皇上在巡視途中生病之需。禦藥院還有一個職責是為皇上製作禁方，這些禁方是曆代宮內秘不可宣的藥方，禦藥院煉製成功後，把這些秘方整理好，後來的《禦藥院方》就是我國的第一部皇家的禦用藥方集。