尚藥局——直接為帝王服務
隋唐尚藥局因為掌管著皇帝及後宮的醫療，所以地位是最高的，太醫署的最高長官的官階也必須在尚藥局最高長官之下。隋文帝時門下省設有六局，尚藥局也是其一，設典禦2人，侍禦醫、直長各4人，醫師40人，尚藥局的典禦為正五品，侍禦醫也有正七品。隋煬帝時尚藥局改在殿內省六局之下，設奉禦2人，正五品；直長4人，正七品；還有侍禦醫、司醫、醫佐員等。唐代又將隋的殿內省改為殿中省，置監1人，下設六局，尚藥局仍在其中，設有奉禦2人，直長2人；侍禦醫4人，從六品上，負責診療；司醫5人，正八品下；醫佐10人，正九品下。以後尚藥局又改稱奉醫局。有按摩師4人，咒禁師4人，書令史2人，書吏4人，直官10人，主藥12人，藥童30人，合口脂匠2人，掌固4人。尚藥局的尚藥典禦，也就是後來的奉禦主要是管理為帝王製作禦藥、診斷處方等工作，直長為副手，輔佐他們；侍禦醫則主要為皇帝診斷疾病；司醫負責協助侍禦醫的工作；主藥、藥童則是進行藥物加工製作的。
藥藏局——專為太子的保健機構
從隋代開始專門為太子設立了保健機構，屬門下坊，設有六局，管理太子醫療的叫藥藏局，分別設置監、丞各2人，還有4名侍醫。太子藥藏監為正七品。唐代太子東宮的門下坊改為佐春坊，藥藏局設從六品下的郎2人，丞2人，正八品上侍醫4人，後又增設典藥9人，藥童18人等。藥藏郎為主管，丞輔佐郎。皇太子如果生病了，先由侍醫診斷後提出處方，典藥、藥童根據處方製藥，藥製好後，由醫官和大臣品嚐之後才能給太子服用。此外，太子內官中還有掌醫3人，從八品，主要是治療太子宮中宮女的疾患。
醫療管理製度執法嚴苛
唐朝對製藥有明確的規定，將藥材分為上、中、下三品，上藥為君，中藥為臣，下藥為佐。合藥時要按照一君三臣九佐的不同分量入藥，製成湯、丸、膏、散之用。唐代的嚐藥製度也很繁瑣，禦藥製成後，要由中書、門下長官及諸衛上將軍各派一人和殿中省監和尚藥局奉禦共同監督，然後由醫佐以上相關人等試嚐，嚐完後封印，寫上藥方詳細組成，注明製成的年、月、日，最後每個到場的人都要簽名。皇上要吃的那天，奉禦還要先嚐，殿中監接著再嚐，最後皇太子還要嚐，都沒有問題了，才能給皇上服用。尚藥局製作用的禦藥材，每季都要由太常來檢查，如果有變質腐爛的，就不能再用。
在唐代對禦醫的管理製度很嚴格，唐律中明確規定，製作禦藥如果跟處方不相符，包括藥量不符、合成方法不對、服藥說明書寫錯誤等，依律可處以絞刑。如果分揀藥物時出錯，也要受到一年徒刑的懲罰，而相關醫官也要遭到降職處罰。禦醫如果在診治皇上疾病時出問題，那罪過更是不堪設想。