宋儒治經以意推測的很多。南宋朱文公憑他的臆測釀成很多謬誤。朱氏治經，有些地方原有功於經，但是功不能掩過。現且分別指明：
一、《易經》本為十二篇，鄭、王合彖辭於經，已非本來麵目，朱氏分而出之，是他的功。他取陳摶的《河圖》、《洛書》並入《易經》——《河圖》、《洛書》由陳摶傳至邵康節，再傳至朱文公，他就列入《易經》。有清王懋竑為朱文公強辯，謂《河圖》、《洛書》非朱文公所列，那就太無謂了。因為朱文公對於道士煉丹之術，很有些相信。他曾替《參同契》（漢時道家書）作注釋，在書上署名“空同道士鄒炘”，“鄒”、“朱”雙聲，“炘”、“熹”通訓，他的本名已隱在裏麵了。這是他的過。分《易》是還原，為功很小；增《河圖》、《洛書》是益迷信，過很大。可以說是功不掩過。
二、朱文公從文章上，懷疑《偽古文尚書》開後人考據的端續，是他的功夫；他懷疑《書序》（今文所無古文所有）也是偽托，他的弟子蔡沈作集傳，就不信《書序》，是他的過。這可說是功過相當。
三、古人作詩托男女以寓君臣，《離騷》以美人香草比擬，也同此意。朱文公對於《詩序》（唐時《本事詩》相類）解詩指為國事而作，很不滿意，他逕以為是男女酬答之詩，這是不可掩的過。當時陳傅良反對朱文公，有“城闕為偷期之所，彤管為行淫之具”等語（不見於今《詩傳》，想已刪去）。清人亦有指斥朱文公釋《丘中有麻》詩為女人含妒意為不通者。
與朱文公同時有呂東萊，治毛詩很精當，卻不為時人所重。元代，朱子學說大行，明代更甚。在這二代中，經學無足觀，士子受拘束也達極點，就激成清代的大反動。
清初，毛奇齡（號西河）首出反對朱子的主張。毛為文人，於經沒徹底的研究，學說頗近王陽明。他駁斥朱子的地方固精當，他自己的主張，和朱子一般荒謬。朱子注《四子書》，也有援引原注的，毛也一並指斥無餘了。繼起為胡渭（朏明），他精研地理，講《禹貢》甚精當，對於《河圖》、《洛書》有重大的抨擊。在那時雙方各無所根據，憑主觀立論，都不能立在不敗之地，漢學便應運而起。
閻若璩力攻古代書籍已和漢學接近，不過對於朱子，不十分叛離，有許多地方仍援用朱說的。後江慎修出，對於音韻有研究，也傾向到漢學，但未揭明漢學的旗幟。
揭漢學旗幟的首推惠棟（定宇）（蘇州學派），他的父親惠士奇著《禮說》、《春秋說》已開其端，定宇更推揚之，漢學以定。他所謂漢學，是擯斥漢以下諸說而言。惠偏取北學，著有《九經古義》、《周易述》、《明堂大道錄》等書，以《周易述》得名。後惠而起有戴震（東原），他本是江永的弟子，和惠氏的學說不十分相同，他著有《詩經小傳》等書，不甚卓異。
就惠、戴本身學問論，戴不如惠，但惠氏不再傳而奄息，戴的弟子在清代放極大異彩，這也有二種原因：
甲，惠氏墨守漢人學說，不能讓學者自由探求，留發展餘地。戴氏從音韻上辟出新途徑，發明“以聲音合文字，以文字考訓詁”的法則。手段已有高下。
乙，惠氏揭漢學的旗幟，所探求的隻是漢學。戴氏並非自命為漢學，叫人從漢學上去求新的發見，態度上也大有不同。戴氏的四弟子，成就都很多，戴氏不過形似漢學，實際尚含朱子的臭味，他的弟子已是擯除淨盡了。今將其四弟子分別說明如下：
一、孔廣森講音韻極精，著有《詩聲類》一書。
二、任大椿著有《弁服釋例》一書，很確實的。
三、段玉裁以《六書音韻表》、《說文解字注》聞名。
四、王念孫本非戴的傳經學生，戴在王家教授時，隻不過教授些時文八股。王後來自有研究，所發明的比上列三家較多，《廣雅疏證》一書，很為學者所重。
上列四家，孔、任尚近漢學，段已和漢學不同，王才高學精，用漢學以推翻漢學，誠如孟子所謂“逢蒙學射於羿，盡羿之道，於是殺羿”了。
王念孫及其子引之著《經義述聞》，引用漢代訓詁，善於調換，於諸說中采其可通者，於是佶屈聱牙的古書，一變而為普通人所能懂得了。曆來研究經學的，對於名詞動詞有人研究；關於助詞，都不知討論。王氏父子著《經傳釋詞》，於古書助詞之用法列舉無遺，實於我們研究上有莫大的便利，如《孟子》中“然而無有乎爾，則亦無有乎爾”二句，本不易解，王氏訓“乎爾”為“於此”、“於彼”，便豁然可悟了。我以我們不看《經傳釋詞》，也算是虛詞不通。
上列二派，在清代稱為“漢學”，和“宋學”對立，厥後崛起的為常州派，是今文學家。
今古文的複歸與衰亡
“常州派”自莊存與崛起，他的外甥劉逢祿、宋翔鳳承繼他的學說。莊氏治《公羊》，卻信東晉《古文尚書》，並習《周禮》。劉氏亦講《公羊》，卻有意弄奇，康有為的離奇主張，是從他的主張演繹出來的，但他一方麵又信《書序》。這兩人不能說純粹的今文學家。朱氏以《公羊》治《論語》，極為離奇，“孔教”的促成，是由他們這一班人的。今文學家的後起，王闓運、寥平、康有為輩一無足取，今文學家因此大衰了。
今文學家既衰，古文學家又起。孫詒讓是一代大宗，《周禮正義》一書，頗為學者所重。在他以外，考典章製度原有江永、惠士奇（作《禮說》）、金榜（著《禮箋》）、金鶚（作《求古錄》）、黃以周（著《禮書通古》）等人，但和他終有上下床之別。自孫詒讓以後，經典大衰。像他這樣大有成就的古文學家，因為沒有卓異的今文學家和他對抗，竟因此經典一落千丈，這是可歎的。我們更可知學術的進步，是靠著爭辯，雙方反對愈激烈，收效方愈增大。我在日本主《民報》筆政，梁啟超主《新民叢報》筆政，雙方為國體問題辯論得很激烈，很有色彩，後來《新民叢報》停版，我們也就擱筆，這是事同一例的。
自漢分古今文，一變而為南北學之分，再變而為漢宋學之分，最後複為今古文，差不多已是反原，經典的派別，也不過如此罷。