胡洋等在確定了新型農村合作醫療定點醫療機構的模式後，認為要按照模式的要求製定定點醫療機構醫療服務質量評價的內容。評價內容可以由結構、過程、結果3方麵的評價組成。
羅力等在對浙江省新型農村合作醫療模式係統評價研究中，從就醫風險變化、社會公平變化、服務利用變化和利益驅動變化四個方麵調查了27個試點縣，分析了新型農村合作醫療降低就醫風險能力的情況、緩解因病致貧的能力情況、醫療費用負擔對農村居民收入差距（公平性）影響、新型農村合作醫療對農民收入公平性影響等，做了較為全麵的評價。認為新型農村合作醫療降低了就醫風險能力，因病致貧率結付後比結付前下降了65．40%，對調節農民收入公平性有積極作用等。
劉丹等認為對新型農村合作醫療的評價，其評價層次結構要從評價結果總指標始，分層分類，依次分解。首先，按照新型農村合作醫療運行管理性質和運行結果這一標準，總指標向下分解出第一層（最高層）組織管理等5個主幹指標；繼之，按照管理形式內容和結果標誌方麵這一標準，主幹指標向下分解出第二層（中間層）15個支幹指標；最後，按照最能反映基礎工作特點完成程度和基礎結果標誌這一標準，支幹指標向下分解出第三層（最低層）45個初始指標。其中，新型農村合作醫療綜合評價總指標，由組織管理、基金管理、醫療服務管理、監督管理、結果5個主幹評價指標組成，反映新型農村合作醫療評價指標是綜合管理、綜合服務和最終結果造福於農民的統一。
總起來看，對新型農村合作醫療的綜合評價，考慮新型農村合作醫療的特點和內容，從不同方麵選定指標建立評價體係，優點是全麵、係統，適合年度考核，但對於日常的新型農村合作醫療管理和監測控製來看，不是太適應，原因是評價體係選定的指標太多，太細，涉及的麵太廣，太全，實際不好操作。從指標看，有很多指標如計劃免疫和非計劃免疫疫苗的覆蓋率（%）、孕產婦係統管理率（%）、婦幼保健保償製覆蓋率（%）、死亡率（‰）、嬰兒死亡率（每1千活產）、孕產婦死亡率（每10萬活產）、家庭衛生服務調查的二周患病率（%）等對新型農村合作醫療影響太小，也羅列進來；有很多指標雖然很重要但實際操作難度較大，如抗生素使用率、參合農民、政府、管理機構三方滿意度、門診、住院費用中藥品費用的比例等；還有很多定性指標如對新型農村合作醫療的可行性評價意義不是太大主觀判斷性又太強，因此如何選擇指標，使指標敏感性強、代表性強、可操作性強，做到少而精，是新型農村合作醫療綜合指標評價考慮的一個重要問題。
另外，指標的可獲得性也是一個很重要的問題，上述評價指標資料主要來源於4個方麵：查閱有關文件、經常性登記數據、向有關部門索取和專項調查。由經常性工作記錄或向有關部門索取的數據，常有不完整、不準確的情況發生；專項調查或全麵調查又耗費人力、財力。因此指標的資料來源是要需要考慮的一個重要方麵，指標的來源最好應用常規登記，與新型農村合作醫療管理信息係統相銜接，使管理人員能隨時掌握工作情況，像抗生素使用率、參合農民、政府、管理機構三方滿意度、門診、住院費用中藥品費用的比例等指標是很重要，這樣類似指標在年度考核或專項調查中可以考慮，但我們不可能在日常工作中去數處方計算抗生素使用率、專門設計調查表調查參合農民、經辦機構、定點醫院的滿意度，因此新型農村合作醫療的評價指標最好來源於日常報表。
評價的重點主要在過程和效果，這應當是合作醫療的評價方向。
從評價的方法看，現有綜合評價主要包括專家谘詢法、百分製法和層次分析法，今後如何考慮在方法上突破也是合作醫療評價研究的一個方麵。
4．小結
總之，對於新型農村合作醫療的綜合評價，現階段還是以條件、過程和結果評價為主，以參合農民的受益、補償、公平性、基金使用等為重點，評價的對象主要是機構評價，指標的選擇以可操作性和重要性為主要依據。評價的內容從理論研究向應用研究發展，評價方法以定性和定量相結合，定量主要以數理統計學方法為主。隨著新型農村合作醫療的逐漸推廣，今後的評價，應以結果評價為主，注意不同定量方法的組合，得到較為可靠的評價結果。注意將評價結果與指標的預警體係的建立和影響因素的分析相結合，以發現問題，改進工作，做到新型農村合作醫療的實時控製。
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