駐馬尼拉的日本海軍最高指揮官是第31海軍特別根據地部隊的岩淵三次海軍少將。與所有海軍官兵一樣，這位失去戰艦的海軍將領既沒有受過正規的山地叢林戰訓練，也不打算到深山密林裏去苦熬，而要在這裏進行最後的頑抗，盡最大可能以長時間地阻止美國人入城。
岩淵三次手裏的部隊主要是兩個大隊的海軍陸戰隊員，還有一些艦艇沉沒的海軍水兵，駐馬尼拉的陸軍部隊4000餘人也主動歸到他的麾下，在美國人逼近馬尼拉時，全城的日本守軍大約有2萬人。
為了與美軍決一死戰，岩淵下令毀掉馬尼拉城的建築，他派工兵和炮兵把雄偉的聖奧古斯塔教堂、馬尼拉大教堂、繁華的聖克魯茲商店街等統統夷為平地，還把巴石河上的所有橋梁全部炸毀。岩淵把部隊部署在城內各處的永備工事和地下室裏，在每一個主要路口都設置了障礙，街道上埋滿了地雷，數以千計的建築物裏安設了餌雷，船上的大炮也被拖到岸上的工事裏。一場殘酷的血腥大戰已經不可避免。
麥克阿瑟一度以為艾克爾伯格能出奇製勝，迅速奪取馬尼拉，現在他也徹底失望了。克魯格的第6集團軍重新進入他的視線。
克魯格夫人第6集團軍這次派出了戰鬥力最強的兩個師：第1騎兵師和第37師。8000多輛卡車和吉普車分別從林加延灣和克拉克機場附近出發，沿著5號公路和3號公路向馬尼拉開進，行軍速度遠比僅靠雙條腿的第11空降師快多了。
麥克阿瑟還專門找到第1騎兵師師長馬奇，告訴他：“開進馬尼拉。我不管你怎麼開進去，隻要開進去就行，而且要快。要避免人員傷亡。你可以繞過日本人，超越日本人，但一定要開進馬尼拉，救出聖托馬斯集中營的戰俘，占領馬拉卡南宮和議會大廈。”
精明強悍的馬奇組織了一支800人的“飛虎隊”。他們乘坐吉普車、卡車和輕型坦克不分白天黑夜地朝馬尼拉進軍，速度之快令敵人來不及引爆事先埋好炸藥的橋梁，在短短的6個小時之內前進了120公裏，於2月4日黃昏前衝進了馬尼拉市區。第37師也沿著3號公路緊趕慢趕，於第二天淩晨進入馬尼拉。
2月6日，麥克阿瑟聽到第1騎兵師和第37師大舉進入馬尼拉的消息時非常興奮，他從距前線幾十公裏的司令部發出勝利公報，宣稱美軍正在迅速清掃馬尼拉的敵人。
但是，麥克阿瑟的勝利公報與接下來美軍在市區的殘酷戰鬥卻形成了強烈的反差。
最初，美軍輕型坦克衝入馬尼拉城時並沒有遇到多少抵抗，成群的菲律賓人湧上街頭，流著熱淚，訴說著日軍的暴行。
但當美軍衝到巴石河岸時，數不清的日軍就像幽靈似地從地縫裏鑽了出來，從殘存的建築物內，從瓦礫堆後麵向美國人開火。依托12米厚、8米高的馬尼拉老城城牆和哥特式塔樓頑抗的日軍也給美國人帶來不小的殺傷。
肯尼怒不可遏，要求派轟炸機朝那些地方丟汽油燃燒彈，用強烈的氣浪和熊熊烈焰來攻擊那些躲在堅固城牆和塔樓裏的日本人。麥克阿瑟不同意。他覺得轟炸機轟炸太不精確，特別是凝固汽油彈會把市內幾百年的古建築付之一炬。不過他同意使用重炮。
於是，美軍運用155毫米、105毫米口徑榴炮營以及配屬給陸軍團隊的75毫米炮，對馬尼拉市內各個日軍死守的據點進行了毀滅性炮擊。
155毫米榴彈炮是當時美國陸軍最具威力的火炮，在歐洲戰場已經威名遠揚，為諾曼底登陸戰、安特衛普進攻戰屢立戰功。它進行直瞄射擊時，一發炮彈就可以把一棟混凝土大樓齊根切斷。155毫米火炮的參戰，加速了日軍滅亡的進程，同時也使馬尼拉的巷戰變得更加殘酷。
馬尼拉的大部市區陷入一片火海之中，絕大多數公共建築被徹底摧毀。一位乘坐飛機從幾千米高空觀察戰場的美國將軍後來描述說：“火焰有1000英尺高，而它噴冒出來的大片大片的黑色濃煙則高達2000英尺。”
2月12日，日軍殘部收縮到南濱海區碼頭一帶，隱蔽在醫院、政府大廈、陸海軍俱樂部、拉薩爾大學、馬尼拉飯店及聖地亞哥堡要塞之中，企圖依靠事先儲備好的大量武器、彈藥、食物和水，進行最後的頑抗。
2月21日，美軍奪取馬尼拉飯店的戰鬥打響了。這個飯店是麥克阿瑟幾年前在菲律賓的住處，由於當時走得匆忙，他的許多東西都沒來得及帶走，麥克阿瑟也急於回去看看。可是當他第二天在衝鋒槍手的簇擁下來到飯店時，發現飯店的西牆已完全坍塌，他居住過的頂樓住宅除了灰燼之外，一切都已蕩然無存。
2月26日，眼看突圍無望，日軍指揮官岩淵三次海軍少將自殺。27日，馬尼拉的3周激烈戰鬥宣告結束。