（二）實行了“事後認定、被動保護”製度
根據《商標法實施條例》中的相關規定，隻有在商標注冊、商標評審、商標使用過程中發生爭議時，馳名商標所有人才可以申請馳名商標認定機關認定其商標是否構成馳名商標。沒有發生爭議時，馳名商標所有人不能主動申請認定，馳名商標認定機關也不能主動認定，更不允許主動認定、批量公布。此外，依據最高人民法院的司法解釋，隻有在涉及商標的民事案件中，才可能去認定馳名商標。
馳名商標的認定方式可以分為主動認定和被動認定兩種。主動認定又稱事前認定，是指在不存在糾紛的情況下，有關部門根據商標權利人的請求，對商標是否馳名進行認定。被動認定又稱事後認定，是在發生商標權糾紛後，有關部門根據商標權利人的請求，對商標是否馳名進行認定［6］。主動認定著眼於預防可能發生的糾紛，其優勢在於商標權被侵犯以後，商標權人可以直接根據有關規定來請求特殊保護，其缺點是馳名商標的馳名與否隨企業經營狀況的變化而變化，具有不穩定性，可能該商標已經銷聲匿跡了但仍舊戴著“馳名”的光環。事後認定可以避免這些不足，所以是各國普遍采用的認定原則。我國1996年的《暫行規定》采取了主動認定的方式。1998年國家工商局修改了《暫行規定》，改變了對馳名商標批量認定、集中管理的做法，轉而采取“以主動認定為主、被動認定為輔”的模式。2003年的《馳名商標認定和保護規定》則采取了被動認定的原則。在司法程序中，基於司法權的中立性和被動性，最高人民法院提出了被動認定的原則，即隻有在當事人明確提出馳名商標認定的事實請求時，法院才予以考慮認定，當事人沒有提出該項事實請求，法院不應主動進行認定。
（三）明確確認馳名商標的認定效力僅在個案中有效
依新《商標法》和2003年頒布的《馳名商標認定和保護規定》的規定，馳名商標所有人提供的其商標曾被我國有關主管機關作為馳名商標予以保護的記錄，隻能作為認定機關考慮的一個因素，而不是當然地承認已認定的結果。也就是說，經馳名商標認定機關認定為馳名商標的，其效力僅限於使認定成為必要的案件本身，隻在此相關案件中享有特別保護，具備超越普通商標權而對抗有關行為的特別效力。在此特定案件之外，其仍然是普通商標，隻能享受普通商標法所能給予的保護。當發生新的爭議，馳名商標所有人還必須再次提供其商標構成馳名商標的證據材料，由認定機構再予以認定。換言之，馳名商標的認定都是一次有效的，不能產生永久性或者任何在時間上具有延續性的效力。同時，認定機構針對每一個案件的特殊情況作出的裁決，原則上隻能是對原被告有效，不能適用第三人，也不能對社會普遍有效。尤其作為新興方式的法院對馳名商標的認定，其認定結果僅相對於法院判決當時的商標事實狀態有效，而不能隨意擴大到法院認定之前或之後的某個時期內［7］。
但是，在實踐中並非如此。最高人民法院《關於適用〈民事訴訟法〉若幹問題的意見》和《關於民事訴訟證據的若幹規定》均規定：已為人民法院發生法律效力的裁判所確認的事實，當事人無需舉證證明。那麼，個案有效原則與以上規定是否存在矛盾？實際上，個案有效原則與生效裁判認定事實的拘束力並不矛盾。最高人民法院在《關於審理商標民事糾紛案件適用法律若幹問題的解釋》第二十二條第三款中對此作出了折中的規定，即當事人對曾經被行政主管機關或者人民法院認定的馳名商標請求保護，對方當事人對涉及商標馳名不持異議，人民法院則不再審查。提出異議的，人民法院依照《商標法》第十四條進行審查。可見，最高法院采取的是一種有限的個案有效原則。此外，我國《商標法》第十四條將作為馳名商標受保護的記錄作為馳名商標認定應考慮的因素，這一規定亦使得馳名商標的個案有效原則僅是一種相對的個案有效，在先案件中馳名商標的認定對於其他案件能否認定馳名商標具有一定程度上的影響［8］。而且，民事審判的特點是解決訴訟當事人各方的爭議，隻對當事人雙方發生法律效力。因此，馳名商標認定的意義僅限於可用來對抗被指控的對象，並在日後類似的案件中作為支持馳名商標認定的參考依據。總而言之，個案原則的確立在根本上符合馳名商標動態變化的特征，也契合於殘酷的市場法則。
（四）在雙軌認定機製下，不得不麵對兩者之間可能發生的認定衝突
事實上，由於1996年頒布的《馳名商標認定和管理暫行規定》中排他性的表達方式，以及我國行政機構一貫比較強勢，法院對馳名商標的認定權顯得很不清晰，在實踐中更未實施過。世界知識產權組織中的“保護馳名商標問題專家委員會”的傾向性結論卻認為，鑒於相當多的商標注冊機構不具備評價一個商標是否馳名或者收集結論性證據的充分能力，不應將認定馳名商標的職權賦予商標注冊機構［9］。
法院和工商部門的標準不同，法院和法院的標準也不同。有的地方法院在短時間內認定的馳名商標多達幾十個。法院在審理案件時不僅要考慮有利於認定馳名商標的證據，而且要考慮相反的證據，比行政機構僅依據一方的證據作出決定更為客觀。但是，法院認定馳名商標與行政認定之間，並不存在著必然的衝突，更沒必要去完全取代行政認定。在新建立的認定雙軌製模式下，行政認定可以繼續存在與加強，但隻在行政係統內有拘束力。在審判過程中，行政認定的結果可以作為權威機構出具的鑒定結論，即證據的一種來使用。法庭應有權根據雙方當庭提交的證據，決定是否采納行政認定的結果，是否進行司法複核，而沒有義務接受行政認定的結果。對未經行政認定的商標馳名與否，法院應當有權直接作出裁決。也就是說，鑒於馳名商標認定的複審和司法審查製度，商標局和法院對馳名商標認定權的效力是不相同的［10］。商標局的認定權不具有終局性，應接受商標評審委員會的複審及人民法院的司法審查。相反，法院對馳名商標的確定權具有終局效力，直接決定了馳名商標的最終歸屬。這也體現出現代法治文明發展的一般規律。