一些官員提出抑佛的具體建議，有的還付諸實行。三年（1725），禦史錢以瑛奏請敕下各省督撫，勒令僧尼還俗。直隸唐山縣令驅逐和尚，強奪僧舍，改為民房。有的地方官建言把寺宇改為書院，發展儒學。有的要求重申禁止私度為僧的條令。
雍正對百官的反佛言行，雖然有時暴跳如雷，然而在處理上還是有所克製。如直隸一個趕逐僧道的知縣，被他下旨拿問，侍郎留保為之委婉解頤，說僧道都是無法生活的窮人，寺廟實際上是他們的收容所，皇帝容留他們，就如同周文王視民如傷的意思一樣，不過是把他們當作鰥寡孤獨加以照顧，然而那個學究式的縣令不能領會皇上的聖意，難免犯錯誤。雍正見他說得堂而皇之，捧了自己，又堵了自己的嘴，於是，便沒有嚴懲那個知縣。
麵對群臣僅佛言行，雍正極力為自己信佛辨解。他說佛教的善應感報的學說，有“補於人之身心”，“然於治天下之道則實無裨益”。又說：“凡體國經邦一應庶務自有古帝王治世大法，佛氏見性明心之學與世無涉”，所以沒有“密用僧人讚助之理”。他甚至信口胡說：“試問黃冠緇衣之徒，何人為朕所聽信優待乎”！但他也清楚用緇衣之事總有人知曉，就又為沙門參政作解說。他說其祖順治征召禪僧玉林誘入內廷，研究佛學，就像黃帝到崆峒山訪問廣成子，講求治身之要。黃帝是聖王，所有的行為都是正確的，因此順治延攬僧人，是師法黃帝，當然沒有錯。言外之意是說，我效法古聖王，師法祖宗，與僧衲過從有何過失！抵賴、辨解也說明他不敢公開地以佛教作為執掌朝綱的政治勢力，他信佛、崇佛，也是有所節製的。中國曆史上統治階級中總有一部分人反佛，形成了傳統，密用僧人是不光彩的事情，因此雍正不能不有所顧忌，從而不能恣意信佛、用佛。
幹預佛事
自古皇帝對佛教內部事務的經管，曆來多寡不一。雍正的幹預之多，在許多方麵超過了其他帝王。主要表現在任命寺院住持，擴建，修繕梵宮，賜予佛徒封號，反對僧衲中的“邪說”等方麵。
雍正認為要扶持禪宗，“仍擇宗門法侶具正知正見者，為之表率倡導”，也就是說要使用他認為是正道僧侶持掌寺院事務。如允祥、弘曉父子重修香山臥佛寺成功，因禪師超盛在當時“宗徒內無有出其右者”，特命其去掌法席。又如北京護國寺修繕竣工，雍正選擇玉林琇的徒孫超善去充任方丈。
雍正在晚年大量修繕古刹名寺。江南荊溪（今宜興縣）崇恩寺，係玉林琇國師，溪森禪師傳法之所，雍正以該寺規模較小，容納桑門有阻，於十一年（1733）加以擴充，增建殿宇。浙江紹興報恩寺是玉林琇開堂之所，為傳其法，予以維修。浙江舟山普陀山是所謂觀音大士示現的聖地，該處普濟寺，建於後梁，曆代維修，雍正特發庫帑，派專官董理修飾，同時修繕了普陀山的法雨寺。南恒山是雍正的主壽山，湖南巡撫趙弘恩奏請動用庫銀修葺，以為皇上祝壽。雍正說為朕延壽不必進行，但為崇祀江河山之神則可以，批準了他的建議。華山佛宇遭火災，雍正命江南督撫供給錢財，不計數量，務必恢複原狀，因此佛寺及道觀均修葺一新。他所維修的蘭若，一類是佛教聖地的名寺，再則是他所表彰的玉林琇一派的修行之處，表現了他提倡佛教宗派。
十一年（1733），雍正表彰他認為的聖僧，賜以封號。授鳩摩羅什高足僧肇為大智圓正聖僧禪師，溈仰宗的創始人靈祜及其弟子慧寂分別封為靈覺大圓禪師、真證智通禪師。雍正說這些名僧闡揚佛旨，“救拔群迷”，千百年後帝王旌獎他們，希望時下釋徒力求奉信正宗正論。
雍正在賜號、修廟中已表明其尊崇的是玉林琇一派，但又覺不夠，又親自著述《揀魔辨異錄》，發布有關上諭，直接參加佛教宗派學術鬥爭。明崇禎年間，漢月藏（法藏）著《五宗原》，密雲悟與之論辨，產生宗旨之爭。漢月藏法嗣弘吉忍（弘忍）作《五宗救》闡述師說，深受學者歡迎，密雲悟又作《辟妄救》駁難。雍正把漢月藏、弘吉忍之說當作邪魔外道，說自己明於“禪宗之旨，洞知魔外之情，灼見現在魔業之大，預識將來魔患之深”，為了拯救佛徒，“不得不言，不忍不言”，乃摘抄藏、忍語錄八十餘條，一一指斥，成《揀魔辨異錄》一書。同時命令銷毀藏、忍語錄及《五宗原》、《五宗救》等書，若有僧徒私自收藏的，以大不敬律論罪。又命地方官查明漢月藏派下徒眾，盡除出禪宗臨濟宗，永遠不許複入祖庭。與此同時，為了不許“邪說橫行”，雍正又在僧侶的語錄中，選擇“提持向上，直指真宗”的，編輯了《禦選語錄》一書，入選的有僧肇、永嘉覺、寒山、拾得、溈山祜、仰山寂、趙州諗、雲門偃、永明壽、紫陽真人、雪竇顯、園悟勤、玉林琇、溪森等僧侶，道士的語錄，還編入他自己的《圓明語錄》、《圓明百問》，附錄《當今法會》。於十一年作序，刊刻問世。十二年，雍正令沛天上人組織四十多名僧侶校勘藏經。他還刻印釋典《宗鏡錄》、《宗鏡大綱》、《經海一滴》諸書。由此可見，雍正采取行政手段的方法解決宗教內部的派別鬥爭、宗旨之爭、以其皇帝的權威幹涉宗教內部事務。
揉合三教
早在雍正謀求儲位時，很是相信武夷山道士的算命，已見其對道家的態度。他在當皇子時也和道士結交，了解老氏之學，在他的《藩邸集》中，收錄《贈羽士》（二首）、《群仙冊》（十八首），記錄了他對道家的認識和要求。《碧霞祠題寶旛步虛詞》之二雲：
瓊宇璿宮日月長，奇花瑤草總飄香。
琉璃作殿蒼龍衛，雲霧裁帷青鳥翔。
拂露霓旌珠燦爛，禦風鸞駕玉鏗鏘。
常將天福人間錫，獎孝褒忠佑乃方。希望道士們存濟世之心，宣傳忠孝，協助君王的治理。
雍正即位後，對道家的興趣仍不減當年。北京白雲觀，據說是金代所建，長春真人邱處機曾在此著書，是道家的重地。雍正為政時即與白雲觀道士素有往來。該觀道士羅清山於五年（1727）初死去，雍正命內務府官員為他料理喪事，指示按道家禮節從優辦理，又追封他為真人，可見他們之間的關係非同一般。道士婁近垣，江西人，雍正將他召來，居於光明殿，還把他收為自己的佛家子弟，他為雍正“結幡招鶴”，被封為“妙應真人”。雍正把道士賈土芳、張太虛、王定乾等人養在宮苑，用他們治病和修煉丹藥。
雍正對道家思想並不看得那麼重要。他在即位後作的《蓬萊洲詠古》中寫道：
唐家空築望仙樓，秦漢何人到十洲。
塵外嘯歌紅樹晚，壺中坐臥碧天秋。
廟堂待起煙霞侶，泉石還看鶴鹿遊。
弱水三千休問渡，皇家自有濟川舟。是啊，古來誰到過蓬萊瀛洲，唐明皇佇立望仙樓，既無仙人來會，自己也是肉胎俗身。可見雍正相信他的辦法能夠治理天下，沒對道教思想寄托多大希望。
作為封建統治階級的意識形態，儒佛道三學有許多共同之處，雍正抓住它們，參以己意，給予說明。他講三教有共同的目標，即教育百姓如何作人：“三教之覺民於海內也，理同出於一原，道並行而不悖。”比如勸人為善棄惡，儒家用五常百行之說，“誘掖獎勸”，佛家的五戒十善，也是“導人於善”。他說：“勸善者，治天下之要道也。”儒佛都勸善，共同起著“致君澤民”的作用。他還以天命論的觀念解釋儒佛的共性。儒家天人感應說警戒人們省修過愆，雍正認為求佛也是如此，他說：“天人感應之理無他，曰誠敬而已。”當人誠心拜佛，那怕是微賤的，愚夫愚婦，他的精神，會引起神明的憐憫而給予拯救和惠澤。在他看來，儒佛有共同的思想，同一的育民作用。
釋老矛盾重重，雍正以皇帝之權威予以調和。他說“性命無二途，仙佛無二道”，強把佛道捏合在一起。他收佛門弟子，卻接受了妙應真人婁近垣；他編選佛家的語錄，把道家紫陽真人張伯端的著述選了進去；他給沙門賜封號，也贈張伯端為“大慈圓通禪仙紫陽真人”。他認為張伯端的《悟真篇》，盡管是道家的著作，即在佛學中也是最上乘的。
儒家思想曆來處於神聖不可動搖的統治地位，雍正尊儒，又把儒佛道拉在一起，是以儒助佛，抬高佛教的地位，為自己信佛辯解。他把道家的著作歸入佛家典籍，使佛經駁雜了，但卻是把道歸入於佛，含有揚佛的意思。所以雍正揉合儒佛道三家，要旨在於提倡佛教。當然，揉合了三教，更可以全麵利用它們，充分發揮它們在自己專製統治中的作用。