削旗主權
清太主努爾哈赤創建八旗製度，由子侄分任各旗旗主，旗主與旗下有著嚴格的主從關係，皇帝要調發旗下人員，必須通過旗主。旗下隸屬於旗主，同皇帝是間接關係，也就是說旗下有兩個主人，即旗主和皇帝。各旗內親王、貝勒、公是世襲的，他們世代掌管所在旗。這樣在對待旗民的統治上，皇帝要直接掌管旗民，加強皇權，旗主要維持對旗下的所有權，因而產生皇權與旗主權的矛盾。自清太宗皇太極起的清朝前幾代皇帝都謀求削弱旗主的權力，太宗、順治兩朝使鑲黃旗、正黃旗、正白旗成為上三旗，由天子自將，於是剩下其他五旗，即下五旗旗主問題。康熙在統治後期，派皇七子胤祐管理滿洲、蒙古、漢軍正藍旗三旗旗務。康熙皇帝將其子派至下五旗中作管主，代替原來的旗主，實際上削弱了旗主的權力。所以，早在雍正即位之前，八旗旗主勢力逐漸衰微，已無力與皇權抗衡，但是他們還擁有一部分權力，影響著皇權在八旗中的進一步行使。
雍正即位初年，承襲其父遺策，任用親信弟兄和王公管理旗務。如以康親王祟安管理正藍旗三旗事務，皇十七弟果郡王允禮管理鑲紅旗事。他在對管主的使用中，發現它和皇帝及八旗內官員的矛盾，管旗務的諸王因身份崇高，還是影響皇帝對旗民的直接統治，而管主同都統等官員職權難分，往往互相摩擦，對於“公事，亦未免耽誤”，雍正於是在六年（1728）減少管主，取消崇安、錫保及信郡王德昭等的管理旗務。七年（1729），雍正命莊親王允祿管理鑲白旗滿洲都統，九年（1731），改命莊親王允祿管理正紅旗滿洲都統事務，十年（1732），用平郡王福彭管理鑲藍旗滿洲都統事務。允祿、福彭是管理都統事務，與管旗務大不相同，管旗務是八旗都統的“太上皇”，是管主，都統得惟命是從，管理都統事務，本身相當於都統，或是兼職都統。都統是所謂掌“八旗之政令，稽其戶口，經其教養，序其官爵，簡其軍賦，以讚上理旗務”。是八旗的軍政長官，是一種職務，由皇帝臨時任命，不能世襲，與所在旗的旗民是官民關係，而不是主從關係。允祿是雍正第十六弟，又以親王身份管都統事，他已不是管主，降為一旗長官了，而這不是他個人的榮辱問題，因為他長期受雍正信任，後來為乾隆顧命大臣之一，他的出任管理都統事務，表明皇子、親王在八旗中地位的降低，表明管主的被取消。至此，清代管理八旗事務人員經過了三個階段的變化：旗主——管主——宗室貴族管理都統事務，每一次的變化，都是旗內主從關係的削弱，旗主不再具有原先的旗內自主權，皇帝將它剝奪淨盡了。這個三部曲是皇權在八旗內（主要是下五旗）強化的過程，雍正的宗室貴胄管理都統事的辦法，則是它的終結。這是八旗製度內皇權、旗主權消長過程的主線，圍繞著它，雍正還采取了許多相應措施。
八旗都統，清文為“固山額真”，印信即以此為文，“額真”，滿語意為“主”。雍正元年（1723），給事中碩塞條奏：“額真二字，所關甚巨，非臣下所可濫用”，請加改定。雍正為正名分，崇君主，接受他的建議，命將“固山額真”改為“固山昂邦”，意為總管，即漢文的都統，又將“伊都額真”改為“伊都章京”，意為領班。臣下不能稱為“主”，隻能尊奉一個主人——皇帝。“固山額真”，是努爾哈赤建旗時的舊稱，後來的都統早已不複是旗主的意思，至此，雍正又在文字上加以改變，從意識形態上革除旗主的痕跡，從而也標誌旗主權力的實際消失。
旗員的官缺，向分旗缺、翼缺、公缺數種。旗缺，是某一官職例由某旗人員充任；八旗又分左右兩翼，翼缺是專屬於某一翼的人員的官缺；公缺是所有八旗人員的。旗缺、翼缺隻在某旗某翼內進行挑選，旗主、管主可以把持這些缺位，也使得各旗之人具有向心力，團結自固，但在八個旗內，各旗人才不一，因而有的旗升轉較快，有的則較慢，也不公平。麵對這一問題，早在康熙初年，康熙皇帝即著手解決，八年（1669）、十年（1671），分別將各部堂主事、郎中改為公缺，通同論俸升轉，但員外郎、主事仍按旗升轉。雍正六年（1728），以銓法劃一為理由，將原屬於旗缺、翼缺的各部員外郎、主事、內閣中書、監察禦史、給事中、工部造庫郎中，一律改為公缺。既解決銓法的不公平，亦不使旗主、管主幹預旗缺中任何一部分旗員的任用。對八旗內部缺分的補授，雍正亦行更改，原來下五旗王公所謂公中佐領之缺，隻在該王屬下挑選，八年（1730），雍正認為這樣做不易得到合適的人選，命於該旗中挑選官員引見補授，若該王屬下之人可用的當然也可以挑選。企圖使諸王所用之人盡量少同他有密切關係。
佐領是八旗基層牛錄的主官，職位雖不高，但其地位重要，特別是原管佐領（勳舊佐領），是清朝開國時期率族眾歸來的，被編為牛錄，佐領在一個家族世襲，也即使它永遠掌握這個基層組織。世管佐領，也是早期投誠後金政權的部眾，佐領也是世襲。雍正於四年（1726）二月說，他們中年幼的，愚昧的，衰老不能辦事的，隻給佐領的俸祿，不許管理事務，其事另選擇該旗大臣官員兼理。這就等於取消了原管佐領、世管佐領的世襲罔替。可見雍正對八旗各級主人下手，褫奪他們的統治權。
對於王公與屬下的關係，雍正作了許多規定。元年（1723），禁止王公在所屬佐領內濫派差役，隻許挑選人員充任護衛、散騎郎、典儀、親軍校、親軍，不許兼管家務，若用作包衣官職，或令跟隨子侄，都要列名請旨，並且要知會該旗都統，由都統複奏。若屬下犯罪，王公要奏聞，交刑部處理，雍正指示：“不請旨，斷不可也”。這是說王公對屬人沒有任意使用權和處罰權。二年（1724），雍正不許下五旗王公聽信讒言，將屬下妄加殘害，或借端送刑部治罪，若有此種情況，則將這些被害者撤離原主門下。同時規定，王公屬下有被問罪發遣的，不許發往該王公打牲處所，免得他們發生聯係，私自回到該王公門上。政府懲治王公屬下，不容原主包庇，王公迫害其屬下，政府不容許其肆惡。同年，更定王公擁有的護軍、領催、馬甲數。親王為護軍、領催四十名，馬甲一百六十名；郡王護軍、領催三十名，馬甲一百二十名；貝勒護軍、領催十六名，馬甲八十名；貝子護軍、領催十六名，馬甲六十四名；鎮國公護軍、領催十二名，馬甲四十八名；輔國公護軍、領催八名，馬甲三十二名，比原來的數目減少了。同年還下令，諸王所屬佐領，凡移出的，其內人員不得再與舊主往來，否則嚴懲不貸。這是使王公對舊部不能發揮影響。
雍正特別不許王公勒揹屬下，元年（1723），他說五旗諸王不體恤門下人在外省做司道府縣官的，向他們分外勒取，或縱容門下管事人員肆意貪求。為除此弊，允許該等官員封章密揭。次年，他發現公爵星尼向屬人王承勳勒取幾千兩銀子，為此特發上諭，說星尼才是公爵，而王承勳不過是州縣官，就要這麼多銀子，若主人是王府，屬人為地方大員，則不知要多少了。他就此事警告王公，若不悛改，“必將五旗王府佐領下人一概裁撤，永不敘用”。十一年（1733），太原知府劉崇元告發他的佐領李永安，在其回京時，李永安到他家索去銀子一百二十兩及馬匹、衣物，後李永安又派人到他任所，勒取騾頭、潞綢，還要三二百兩銀子。雍正下令對李永安嚴行查處。
削弱八旗王公與屬下的私屬關係，在雍正初年有特殊意義。雍正嚴禁諸王濫役屬人時說：早先諸王對屬下尚知恩撫，而“聯之兄弟，分給包衣佐領之人既少，而差役複多，其餘諸王亦從而效之”。他把諸兄弟視作罪魁，借此整飭，收回王公任用屬人的權力，所以這是他打擊宗室朋黨的一個內容。他把嚴禁王公勒索旗下，納入了清查錢糧、打擊貪贓、肅清吏治的措施之中。他指責王公的勒逼造成旗下官員的貪贓：“該員竭蹷饋送，不能潔己自好，凡虧空公帑，罹罪罷黜者多由於此”。可見他在即位之初，急於改革旗務，是同打擊朋黨、整頓吏治緊密結合。
二年（1724），雍正下令設立宗學，按八旗的左右兩翼各立一學，招收宗室子弟學習，每學設正教長、副教長，由翰林院編修、檢討充任。宗學招收宗室子弟，學習滿文、漢文，演習騎射，由政府按月發給銀米、紙筆。每年雍正派大臣去考試，進行獎勵和懲罰。七年（1729），雍正因宗學不能容納覺羅子弟，特於各旗設立覺羅學，令覺羅子弟讀書學射。此外，雍正還設立鹹安宮八旗官學，選擇八旗子弟中俊秀者入學，內務府包衣佐領的景山官學中的優秀者亦可入選。雍正對他興辦宗學的原因作過說明，他認為宗室中人各懷私心，互相傾軋，把骨肉視為仇敵，更有甚者，“要結朋黨，專事鑽營”；還有一種人驕奢淫侈，蕩盡產業，也是不肖子孫。為改變這種風習，要作許多工作，但必須加強對他們的教育，以事挽救——“急籌保全之道，若非立學設教，鼓舞作興，循循善誘，安能使之改過遷善，望其有誡”。他又說：“必教以典禮倫常及治生之計，俾各好善惡惡，崇儉戒奢，方可謂教育有成”。他把辦宗學與削奪諸王權力、宗室朋黨同時進行，以鞏固他在政治上的統治地位。
關注旗生
清廷入關之初，八旗人口微少，他們為官作宦，當兵吃糧，又有旗地可以耕作，不存在生計問題。但隨著時間推移，人口在逐漸增長。如到了雍正即位，這時人口增殖甚多，而官職缺額和兵額都有限量，旗地沒有增加，除了上述職業以外，清政府又不允許他們自謀生活出路，因此出現了新添人口的生活問題，此外旗人因長期脫離生產，出現生活上追逐奢華的問題。二年（1724），雍正向八旗官員和民人說：
爾等家世武功，業在騎射，近多慕為文職，漸至武備廢弛；而由文途進身者，又隻僥幸成名，不能苦心向學，玩日愒愒時，迄無所就；平居積習，尤以奢侈相尚，居室用器，衣服飲饌，無不備極紛華，爭誇靡麗，甚且沉湎梨園，遨遊博肆，不念從前積累之維艱，不顧向後日用之難繼，任意糜費，取快目前，彼此效尤，其害莫甚。
他清楚地認識到旗人逐漸丟掉尚武精神，向追求生活享樂方麵發展。對後一方麵感受尤深，他知京中一部分旗人以酗酒、賭博、赴園館、鬥雞、鶉、蟋蟀為事；更知盛京旗人以“演戲、飲酒為事”，以至城中酒肆多的不得了。他還知道，有的旗人的享樂，靠著變賣家產和錢糧來維持，他說他們“多有以口腹之故而鬻賣房產者，即如每飯必欲食酒，將一月所得錢糧，不過多食肉數次，即罄盡矣。又將每季米石，不思存儲備用，違背禁令，以賤價盡行糶賣”。
雍正針對一些旗人糜費和不善治生的問題，采取種種措施維持旗人的生活，希望他的國家的根本——八旗軍不致為生活問題而減威。
雍正告誡旗人“量入為出，謀百年之生計”。他嚴厲禁止旗人分外享樂，元年（1723），不許旗人酗酒、鬥雞，重定公侯及八旗軍民婚喪儀製，讓旗人崇尚節儉是重要的原因。到十二年（1734），他就此事說：“近聞八旗人等仍有未改陋習，以誇多鬥靡相尚者”，因命八旗都統務必加強教育。這些禁令，主要是進行教育，收效自不會大多，即如變賣祿米，仍是司空見慣之事。五年（1727），順承郡王錫保奏報，賈富成私自偷買旗軍甲米，又向旗人放高利貸，雍正命他加以追查，將所買甲米及高利貸本利銀追出，賞給破獲此案的官兵。他感到一個一個追查不是杜絕旗丁出賣祿米的辦法，於是在六年（1728）令在京倉附近設立八旗米局二十四個，即滿、蒙、漢軍每旗一個，在通州倉附近按八旗左右兩翼，設立米局兩處，每局都派有專官，稽查祿米的買賣。這是限製旗人的糜費，以便量入為出。
雍正為增加旗人的收入，實行優恤政策。元年（1723），發內帑銀八十萬兩，分給各旗，作為官兵婚嫁喪葬的費用，於是規定護軍校、驍騎校等婚事給銀十兩，喪葬給銀二十兩，馬甲、步軍等給銀遞減。這是臨時性的補助，對八旗生活幫助有限。
旗人增多了，而八旗兵額是固定的，所以出現很多餘丁，沒有職業，生活無著落。雍正想擴大兵額，但又受政府財力的限製，就略為增加兵數，令從滿、蒙、漢軍中選取四千八百人為養育兵，每一旗滿、蒙、漢軍分配六百名，其中滿洲四百六十名，蒙古六十名，漢軍八十名。每一個滿洲、蒙古養育兵每月關餉銀三兩，漢軍每月也應為三兩，但實給二兩，多餘的餉銀給額外增加的養育兵，這樣漢軍每旗又可增添四十人，這次總計添加養育兵五千一百二十人。同年，雍正又特別增長漢軍額數，把漢軍二百六十五個佐領又二個半佐領，擴充為二百七十個佐領，兵額從一萬七千五百二十八名，增至二萬名。適當增加八旗兵額，雍正堅持了這項政策。九年（1731），西安將軍秦布奏稱，他所管轄官兵定額八千名，然因戶口繁盛，旗丁已近四萬人，因請在餘丁中挑選一千名當差，每月僅給餉銀一兩、米三鬥，雍正批準了他的奏請。就此，他考慮到駐防各地的八旗情況相類似，因命其他駐防地也擴大兵額，挑選餘丁充任。
八旗莊田是公田，旗人隻有使用權而沒有所有權，但是時間長了，旗人實際上成了所有者，因而能將所使用的旗地典當或出售，當然這是不合法的。七年（1729），雍正過問這類事情，他考慮典賣旗地之事相沿已久，不便依法懲治，又不能不處理而任其發展，因此命各旗查明典賣情況，動支內庫銀按原價贖回，留在旗內，限原業主一年之內取贖，過限不贖，準本旗及別旗人照原價購買。十二年（1734），命清查直隸旗地。他力圖保持旗人產業，不令流落八旗之外。