雍正借用奏折評論人物，並決定或宣布官員的任用取舍。李衛奏折稱仁和知縣紀逯宜“過於拘禁”，不能勝繁劇之任。候補官朱永齡如上諭所說，人去得，確係誠實勤慎，但因係北方人，不熟習南方情況，恐怕難於承擔仁和縣重任。此外還論到浙江知縣張坦熊、雲南知州張坦驄、知州張坦讓的居官情形。雍正則向他評論新發往浙江的袁皞與申成章二人。
雍正時或命人轉傳諭旨，又謂傳錯了，用朱批諭旨改過來。福建按察使劉藩長向布政使潘體豐傳達諭旨，謂“潘體豐人草率，亦鹵莽，因他在那裏搖搖不定，朕也拿不住他。”潘體豐聽後慌懼上折，轉述劉藩之言，雍正閱後，說是被劉藩弄錯混傳了，將之改正為“潘體豐係朕物色之人，但涉於草率，辦事亦鹵莽，因他主見尚在搖搖未定，朕亦未之確許，命他堅定誌向，以精詳和平自勉”。
雍正在朱批中對官員的除陟降調先打招呼，預告其本人，或他的主官。如在江蘇崇明總兵官李燦九年十月初一日奏折上朱批宣布：“今命爾署理浙江總督印務，須當竭力黽勉”。七年八月，廣東瓊州總兵官施廷專奏報香山澳洋船遭風事，雍正批示：“今已調爾離瓊，該鎮地方一切總與爾無涉矣”。
雍正對奏折的批諭，具有很強的針對性，往往因人而異，有的事相近，而批語卻大不一樣。有些事有特別的機密性，雍正通過朱批諭旨下達命令，這可以說是奏折的又一項內容。查嗣庭案發，雍正在李衛奏折上批示，要杭州將軍鄂彌達委派副都統傅森、李衛選派可信屬官一同星速馳去抄查嗣庭的家。這是急待執行的絕密命令，其不走頒布正式公文的渠道，為的是避免被查抄人獲知消息，先行準備，破壞抄檢，這樣，通過奏折途徑保證秘密不至泄露。
奏折內容，包羅廣泛，既然涉及政策的製定和執行，涉及官員的取舍，不要說那些絕密事件的貫徹，就是這些政治事務，也決定了它的保密性。雍正一再以此要求具折人，在命鄂昌書寫奏折的朱批上說：“密之一字，最為緊要，不可令一人知之，即汝叔鄂爾泰亦不必令知。假若借此擅作威福，挾製上司，淩人舞弊，少存私意於其間，豈但非榮事，反為取禍之捷徑也”。對禪濟布的奏折，雍正在保密問題說的更為透徹：“至於密折奏聞之事，在朕斟酌，偶一宣露則可，在爾既非露章，惟以審密不泄為要，否則大不利於爾，而亦無益於國事也。其凜遵毋忽”。又向李秉忠說：“地方上事件，從未見爾陳奏一次，此後亦當留心訪詢；但須慎密，毋借此作威福於人，若不能密，不如不奏也”。不能保密，就不要上奏折，看來，保密是具奏的前提條件。這就是要求具折人不要聲揚文件內容，同時要求領受朱批諭旨的人保守朱批的機密，不得轉告他人，更不能交他人觀看，隻有雍正特別指令告訴某有關人員時，才令其閱讀，或轉傳諭旨精神，若私相傳述，即使是保密性較小的內容，也是不允許的。如原甘肅提督路振聲將朱批中對其弟固原提督路振揚的褒語抄告其弟，路振揚又因此上折謝恩，雍正就此指出，“朕有旨，一切密諭，非奉旨通知，不許傳告一人，今路振聲公然將朕批諭抄錄，宣示於爾，甚屬不合，朕已另諭申飭。可見爾等武夫粗率，不達事體也”。雍正嚴格要求大小臣工保守奏折內容和朱批的機密，特別是對小臣，教導不厭其煩，並以泄密對他們不利相威脅。他考慮到小臣得此榮寵，容易擅作威福，挾製上司和同僚，造成官僚間互相猜忌，政治混亂，對專製統治不利。
對於不遵守奏折機密的人，雍正采取了必要的懲罰措施。雍正初年，封疆大吏多半派親屬或親信在京，拆看奏折，為的是他們了解朝中情況，看此奏折合否時宜，有無罣礙，決定上奏與否，對於皇帝的朱批，他們也先行閱視，以便早作料理和應付。二年（1724），雍正發現了浙閩總督覺羅滿保、山西巡撫諾岷、江蘇布政使鄂爾泰、雲南巡撫楊名時等人的這種情況，決定停止他們上奏折的權力，以示懲罰。這樣一來，需要同皇上商酌的事不好辦了，楊名時等為此承認錯誤，請求恢複他們的密奏權，雍正也從政事出發同意了。沒有處分路振聲，乃因他是武人，不知書。
雍正知道，製裁不能成為主要手段，重要是製定奏折保密製度。他采取了四項措施，一是收回朱批奏折。雍正即位的當月，命令內外官員上交康熙朱批、朱諭的上諭中，又規定：“嗣後朕親批密旨，亦著交進，不得抄寫存留”。此後定製，奏折人在得到朱批諭旨的一定時期後，將原折及朱批一並上交，放在宮中保存，本人不得抄存留底。奏折中的朱批，亦不得寫入題本，作為奏事的依據。楊名時有一次把朱批敘入本章，暴露了機密，雍正指責他是有意這樣辦，以證明他過去泄漏朱批沒有罪。二是打造奏折專用箱鎖。雍正於內廷特製皮匣，配備鎖鑰，發給具奏官員，凡有奏折，均裝匣內，差專人送至京城。鑰匙備有兩份，一給奏折人，一執於皇帝手中，這樣隻有具折人和皇帝二人能夠開匣，別人不能也不敢私開。為具折人不斷書寫奏折的需要，奏匣每員發數個，一般為四個，它隻作傳遞奏折用，凡所上奏折隻能用它封裝，否則內廷亦不接受。廣州巡撫常賚的奏匣被賊盜去，隻得借用廣東將軍石禮哈的奏匣，不敢仿製。三是奏折直送內廷。奏折由地方送至京城大內，不同於題本投遞辦法，不送通政司轉呈，若是督撫的折子，直接送到內廷的乾清門，交內奏事處太監徑呈雍正；其他地方官的奏折不能直送宮門，交由雍正指定的王大臣轉呈。雍正說若小臣徑赴宮門送折，不成體統，其實他是為具折的小臣保密，不使人知道除了一些大員以外還有什麼人能上折子。被指定轉傳奏折的人，有怡親王允祥、尚書隆科多、大學士張廷玉、蔣廷錫等人，如趙向奎、鄂昌的奏折送怡親王府，潘體豐、王溯維的交張廷玉，呂耀曾的交蔣廷錫，朱綱的交隆科多。邊遠地區的小臣，還有送交巡撫代呈的，如雍正命廣西右江道喬於瀛將奏折交巡撫李紱或提督韓良輔轉送。轉呈的王大臣都是雍正的親信，他們隻是代轉，亦不得拆看，具折人也不向代呈人說明奏折內容，如朱綱一再在奏折中保證所奏內容絕對秘密，連隆科多“亦不敢令聞知一字”。四是雍正親自開閱，不假手於人。折子到了內廷，雍正一人開閱，寫朱批，不要任何人員參予此事。他說：“各省文武官員之奏折，一日之間，嚐至二三十件，多或至五六十件不等，皆朕親自覽閱批發，從無留滯，無一人讚襄於左右，不但宮中無檔可查，亦並無專司其事之人”。由於他要專斷，以及奏折的保密性，不會讓他人與聞，他在這裏所說的是實際情況。雍正批閱以後，一般折子轉回到具折人手中，以便他們遵循朱批諭旨辦事，有少量折子所敘問題，雍正一時拿不定主意，就將它留中，待到有了成熟意見再批發下去。
關於朱批奏折的作用，雍正歸結為兩點，一是通上下之情，以便施政；二是啟示臣工，以利其從政。
躬理庶務
雍正即位滿一年時，他說“國家政治，皆皇考所遺，朕年尚壯，爾等大學士所應為之事，尚可勉力代理，爾等安樂怡養，心力無耗，得以延年益壽，是亦朕之惠也”。他代行臣下之事，除朱批奏折外，就是設立軍機處，躬理庶務。
七年（1729），雍正開始對準噶爾策妄阿拉布坦用兵。為了這場戰爭的順利進行，他采取了許多措施，設立軍機處，便為其中的一項。六月，雍正發出上諭：“兩路軍機，朕籌算者久矣。其軍需一應事宜，交與怡親王、大學士張廷玉、蔣廷錫密為辦理”。這時，軍機房正式建立，命允祥、張廷玉等主持其事。
軍機處設有軍機大臣，雍正從大學士、尚書、侍郎等官員中指令充任，人數不限，正式稱呼是“軍機處大臣上行走”、“軍機大臣上學習行走”，統稱“辦理軍機大臣”，“軍機大臣”則是它的簡稱了。它是軍機處的主官，下屬有軍機章京，雍正時也沒有定員，由內閣、翰林院、六部、理藩院、議政處等衙門官員中選擇充任，他們負責滿、漢、蒙古諸種文字工作。
軍機處要辦理機密緊急事務，辦公地點必然要靠近寢宮，而不能像內閣在太和門外。據王昶記錄，軍機值房最初設在乾清門外西邊，不久遷至乾清門內，與南書房相鄰，後來移到隆宗門的西麵。無論是在乾清門內或門外，都離雍正寢宮養心殿很近，便於勾通。雍正初設軍機處時，它的房舍是用木板蓋成，乾隆初年才改造瓦房，建築很不講究。
軍機處隻有值房，沒有正式衙門，有軍機大臣和軍機章京，但他們都因有別的官職，派充的軍機處職務；軍機大臣不是專職，本職事務仍照常辦理；軍機章京以此為職責，但仍屬原衙門的編製，占其缺額，升轉也在原衙門進行，因此王昶說軍機處“無公署，大小無專官”。
正因為如此，軍機處這樣聞名後世的行政機構，原來是以至於自它問世後的一段時間內，竟沒有被人們承認為正式衙門。比如最早擔任軍機大臣的張廷玉，在乾隆年間自陳履曆，備言他曆任各種官職和世爵，以及臨時性的差使，惟獨沒有提到擔任軍機大臣的事。乾隆五十年前後纂修成功的《清朝通典》、《清朝通誌》、《清朝文獻通考》等官書，也沒有把軍機處作為正式衙署看待。軍機處成立了，人們還沒有充分意識到它的重要性，這是由於它沒有官署和專職人員的特點所決定。
軍機處的職責是，麵奉諭旨，書成文字，並予轉發。雍正每天召見軍機大臣，形成一套製度，因其記載尚缺，不得其詳。稍後的情形是，每天寅時（三點至五點），軍機大臣、章京進入值房，辰時（七點至九點），皇帝召見，或有緊要事務，提前召見。每天見麵一次，有時幾次。退出後，軍機大臣書寫文件。雍正勤政，估計他召見軍機大臣的時間不會晚，次數不會少。當雍正即位之初，辦理康熙喪事，特命吏部左侍郎張廷玉協辦翰林院文章之事，那時，“凡有詔旨，則命廷玉入內，口授大意，或於禦前伏地以書，或隔簾授幾，稿就即呈禦覽，每日不下十數次”。由於撰寫諭旨的需要，每日召見多至十幾次，這當然不是張廷玉後來軍機大臣任上的情況，但它卻是日後雍正召見軍機大臣，指授區劃的預演。及至張廷玉為軍機大臣時，“西北兩路用兵，內直自朝至暮，間有一二鼓者”。八九年間，雍正身體不好，“凡有密旨，悉以諭之。”這時，張廷玉在圓明園內軍機處值房中工作，雍正不分晝夜地召見，以至一二更後才返回住宅。在鄂爾泰入閣以前，張廷玉是雍正最親近的朝臣，他的繁忙程度與一般官員相比又有所不同，不過他的每日頻被召見，則還是反映了軍機大臣的重要性。
雍正向軍機大臣所授旨意，以西北兩路用兵之事為重要內容。如十年（1732）二月，寧遠大將軍嶽鍾琪奏劾副將軍石文焯縱敵，雍正命辦理軍機大臣議奏。同年，西路軍大本營要移駐穆壘，雍正為它選定六月初四日巳時啟行，於四月十三日命軍機大臣通知嶽鍾琪，“將一應事宜預先留心備辦，但軍營切宜慎密，以防漏泄”。其他方麵的軍政、八旗事務，也命軍機大臣辦理。九年（1731），雍正認為山東登州是濱海重鎮，所轄地方遼闊，隻有六千兵丁，怕不夠用，命軍機大臣詳細討論，是否酌量增添兵額。次年，打牲烏拉地方的丁壯問題，也命軍機大臣提出處理意見。看來，在軍機處設立之初，主要是辦理戰爭、軍政和八旗事務，而後擴大範圍到所有的機要政事。
軍機大臣當麵聆聽皇帝旨意，草擬文書。在清代，皇帝的詔令有數種。“旨”，批答朝內外官員關於一般事務的題本的文書，“敕”，頒給各地駐防將軍、總督、巡撫、學政、提督、總兵官，榷稅使的文書。這兩種文書均由內閣草擬，經內閣發六科抄出，宣示有關衙門和人員。上諭，有兩種，一是宣布巡幸、上陵、經筵、蠲賑以及侍郎、知府、總兵官以上官員的黜陟調補諸事，這也由內閣傳抄發送，叫做“明發上諭”，另一種內容是“誥誡臣工，指授兵略，查核政事，責問刑罰之不當者”，由軍機處撰擬，抄寫，密封發出，叫做“寄信上諭”，它因不是由內閣，而是朝廷直接寄出，故又稱“廷寄”。這幾種公文，軍機處承辦的寄信上諭最重要，內閣所辦理的倒是一般性事務。廷寄，經由張廷玉的規劃，形成一套製度，凡給經略大將軍，欽差大臣，參讚大臣，都統、副都統、辦事領隊大臣、總督、巡撫、學政的，叫“軍機大臣字寄”，凡給鹽政，關差、布政使、按察使的，叫“軍機大臣傳諭”。字寄，傳諭封函的表麵都注明“某處某官開拆”，封口處蓋有軍機處印信，所以保密程度高。有關軍國要務，麵奉諭旨，草擬繕發，這是軍機處的主要任務。