軍機處還有被谘詢的任務，比如雍正命軍機大臣議奏增加登州駐軍問題，即為征詢意見，以備采擇，這是指皇帝主動提出的問題。朝內外官員所上奏疏，雍正有的發給軍機大臣審議。這樣軍機大臣可以和皇帝麵議政事，有參議的職責和權力。
官員的奏折，皇帝覽閱，朱批“該部議奏”、“該部知道”的，或沒有朱批的，交軍機處抄成副本（即“錄副奏折”），加以保存，這也是軍機處的一項工作。
軍機處三項任務，最後一項是保存文件，對決定政事無關緊要。參議政事一項，要由皇帝決定參議某事，不是固定職權，似有顧問的性質，其與聞事務的多少，與皇帝從政能力、興趣有關。雍正統治時期，軍機大臣不過是承旨辦事，乾隆時當過軍機章京的趙翼說：雍正以來，軍機大臣“隻供傳述繕撰，而不能稍有讚畫於其間”。這個結論，用在雍正時代最為確切。軍機處作文字工作，王昶就此說它職司的“知製誥之職”。唐代知製誥，為翰林學士官，專掌詔令撰擬，它是朝廷官職，但又具有“天子私人”的性質，即秘書性質，所以軍機處似乎成為皇帝的秘書處了。軍機大臣對皇帝負責，它的下屬軍機章京因係其他部門官員兼任，所以他們之間雖有上下級關係，但後者不是前者的絕對屬吏，很難結成死黨，因此軍機大臣不能對皇帝形成尾大不掉之勢，隻能是絕對秉承君命。
軍機大臣奉旨撰擬機務和用兵大事，而這是原來內閣的職權，至此卻被軍機處所奪，使內閣隻能票擬尋常事務的文件，這實際上是降低了內閣的職權。軍事要務由軍機處承旨，內閣的兵部從事軍官考核、稽查軍隊名額和籍簿，這是些日常瑣務，用兵方略、軍政區劃方麵都無由問津了。
雍正所用的滿人軍機章京，係從議政處調來，這是給議政處來了個釜底抽薪，也使它名存實亡。
雍正統治時期，軍機處的性質，可以從軍機大臣和軍機章京的任用顯示出來。雍正任命怡親王允祥，大學士張廷玉、蔣廷錫、鄂爾泰、馬爾賽、平郡王福彭、貴州提督哈元生、領侍衛內大臣馬蘭泰、兵部尚書性桂、內閣學士雙喜、理藩院侍郎班第、鑾儀使訥親、都統莽鵠立、豐盛額等為軍機大臣，內閣侍讀學士舒赫德、蔣炳、兵部主事常鈞、庶吉士鄂容安、內閣中書柴潮生、翰林院編修張若靄等人為軍機章京。允祥、張廷玉、鄂爾泰與雍正關係密切自不必說，蔣廷錫於雍正四年任戶部尚書，協助允祥辦理財政，從而獲得雍正的信任。馬爾賽被雍正用為北路軍營撫遠大將軍，早得眷寵。莽鵠立於雍正初年為長蘆鹽政，即得雍正的歡心。哈元生，在西南改土歸流中立有大功，雍正見他，解禦衣賜之，寵待有加。訥親，雍正病篤，以之為顧命大臣，可見信任之專。張若靄、鄂容安分別為張廷玉，鄂爾泰之子。雍正的軍機大臣，原來的官職，由正一品至從四品，相差懸殊，所以他們之被任命為軍機大臣，官職是必要條件，但主要的取決於他同雍正的私人關係，吳振棫就此指出：“軍機大臣惟用親信，不問出身”。這些親信入選之後，必定更秉命於雍正，所以軍機大臣隻能從事撰述傳達工作，而不能成為與天子有一定抗衡權的宰相。雍正給軍機處書寫“一堂和氣”的匾額，是希望他的親信們和衷共濟，不另立門戶，共同對他負責，安心做忠順奴才。
歸軍機處辦的事情，不問大小，“悉以本日完結”，絕不壓積。這樣的辦事作風，效率自然較高。寄信方法也是快捷的。張廷玉提出的廷寄辦法，是軍機處將上諭函封後交兵部，由驛站遞相傳送。軍機處根據函件內容，決定遞送速度，寫於函麵，凡標“馬上飛遞”字樣的，日行三百裏，緊急事，另寫日行裏數，或四、五百裏，或六百裏，甚至有八百裏的。這就和內閣發出的不同了，內閣的明發上諭，或由六科抄發，或由有關部門行文，多一個衙門周轉，就費時日，保密也不容易，往往被地方官員探到消息，雇人先行投遞，他們在正式公文到來之前，已悉內情，作了準備，加以應付。這樣的事不乏其例，如四川布政使程如絲貪婪、人命重案，在成都審理，待後刑部的判處死刑意見被雍正批準，程如絲竟在公文下達前五、六天獲得消息，自殺於獄中。雍正深知這些情弊，不止一次地講到這類問題，並設法加以遏製。五年（1727）三月，他說泄密嚴重：“內外谘呈文書往來，該衙門尤易疏忽，以致匪類探聽，多生弊端，間有緝拿之犯，聞訊遠揚，遂致漏網，此皆不慎之故，貽誤匪輕。”他命令，“有關涉緊要之案，與緝拿人犯之處，內外各衙門應密封投遞，各該管應謹椹辦理，以防漏泄。”如有疏忽，嚴懲不貸。雍正在軍機處設立前，已著手解決重要公文的保密和驛遞問題。軍機處成立後，經張廷玉規劃，創廷寄之法，“密且速矣”，於是既保證中央政令的嚴格貫徹，速度又較前加快，從而提高了清朝政府的行政效率。
軍機處是在雍正清理財政之後設立的，當時整個吏治比較好。軍機處官員雖居機要之地，但沒有什麼特權。軍機大臣有每日晉謁皇帝之榮，沒有分外特權。雍正允許軍機章京和軍機處筆帖式掛朝珠，表示寵異。朝珠，文職五品、武職四品以上才許懸掛，出任軍機章京的大多是六七品官員，其中編修、檢討、內閣中書均是七品小官，他們破例得同四品以上官員一樣掛朝珠，是雍正給的特殊榮譽。然而這種虛榮，並沒有實質性的好處。其時軍機處官員非常注意保密，不與不相幹人員往來。嘉慶五年（1800），仁宗曾就軍機處漏密事件發布上諭，他說：“軍機處台階上下，窗外廊邊，擁擠多人，借回事畫稿為名，探聽消息。”因此規定不許任何閑人到軍機處，即使親王、貝勒、貝子、公、大臣亦不得到軍機值房同軍機大臣議事，違者重處不赦。又特派科道官一人，輪流在軍機處糾察。這是乾隆後期以後吏治敗壞下的情況，雍正年間完全不是這樣。張廷玉任職年久，據說“門無竿牘，饋禮有價值百金者輒卻之。”訥親“門庭峻絕，無有能幹以私者”。雍正年間軍機處官員的廉潔，使他們有可能不違法，保守機密，得以忠實的履行職責。
雍正創設軍機處，使它日益取代內閣的作用，是行政製度上的重大改革。它使議政處名存實亡，使內閣形同虛設，軍機大臣雖具有一定權力，但主要是秉承皇帝意旨辦事，沒有議政處的議決權，內閣的票擬權，這些權力都統歸於皇帝了。所以行政機構的改革，加強了皇權，削弱了滿洲貴族和滿漢大臣的“相權”。軍機處設立與奏折製度的確立相輔相成，雍正親自批答奏折，向軍機大臣麵授機宜，天下庶務皆歸他一人處決。由此可見，雍正的專權與明朝的朱元璋相同，但是又有不同。朱元璋日理萬幾，忙不過來，找幾個學士做顧問，然而不是固定的班子在皇帝指導下處理政事，因此皇權是強化了，行政效率卻不一定高；而雍正建立軍機處，加強皇權的同時，還提高了行政效率，使得皇權能夠真正地充分地實現，所以他的權力實際上比朱元璋還要集中，他以前的其他帝王對他更是不可企及的了。
修改律令
大清律，訂於順治三年（1646），大體上沿襲於明律。康熙中有所變化，以《現行則例》頒發執行，對律文未作正式變動。雍正元年（1723），禦史湯之旭以《現行則例》有擬罪輕重不一、事同而法異等弊病，建議重新修訂律例。雍正采納了他的建議，指令吏部尚書朱軾為總裁主持這件事。與此同時雍正認為事關國體，非常重視，朱軾所擬條文，“一句一字，必親加省覽”，還同諸臣討論，加以裁定。三年（1725），書成，五年（1727）正式公布。律文四百三十六條，附例八百二十四條，卷首有《六贓圖》、《五刑圖》、《獄具圖》、《喪服圖》、《納贖諸例圖》等圖。律有正文和注釋，其文字比舊律多有改易。它刪除舊律七條，如婚姻門的“蒙古、色目人婚姻”條，清朝不像明朝存在這個問題，它已成為具文；新律將舊律的一些瑣碎的條文加以合並，如將“邊遠充軍”條歸入“充軍地方”條內；它對舊律的某些條文作了若幹變動，又增添了新的條文。這次律文製成之後，後代雖有變化，但隻是增加附例，而律文本身沒有任何改動。到宣統年間，《現行刑律》製定，才對它作了較大的更改。
雍正對律例所作的變動，以有關盜賊方麵的為多。康熙中，對竊盜、窩主、逃人，處以割腳筋的刑法。雍正二年（1724）二月，他認為這個刑法將受刑者變成殘廢，使用應當謹慎，次年又說受此刑的人甚多，沒有能區分輕重，起不到警戒的作用，下令將它永遠廢除。六年（1728）十一月，改定奴仆盜竊家長財物例，原例犯此罪者，照平民犯罪減等論處，免刺字，罪止僉流。改定為：若奴仆自盜，依平民處理，不減等，仍刺字；若勾引他人，按贓數，遞加一等，贓在一百二十兩以上者擬絞刑，監候處決，三百兩以上則擬斬刑，俱不準援赦。這個改動，由雍正主動提出，他比照監守自盜例論處，是將這類案情從重處理。七年（1729）四月，刑部奏請製定盜賊家屬處分例，提議：凡盜賊同居的父兄伯叔，明知其為匪，或者還分受財物，隻要據實出首，均準免罪，連本犯亦得照律減免，如不出首，不分贓而知情的，照知人謀害他人不行首告律，杖一百，若知情而又分贓，照本犯罪減一等發落。雍正批準了他們的建議。八年（1730），雍正以直隸盜案多於他省，為嚴行懲治，將盜賊不分首從，概行正法，是所謂“以辟止辟”，至十一年（1733），以盜案減少，遂取消實行於該地的這個特殊條例，再有盜案，仿照其他省份，按“法無可貸”、“情有可原”不同情況擬定結案。
雍正從維護宗族製度出發，改定有關律例。清朝秋審，原將案件分為情實、緩決、可矜、可疑四種，判決有死刑立即執行的、有緩刑的，有留待進一步調查處理的。康熙五十年後情況複雜一些了，這一年定例：凡犯死罪而非常赦所不原的，高、曾、祖父母及父母年在七十以上又有疾病需要侍養的，家中又沒有次丁，成丁，可以根據他犯罪情節，由皇帝決定是否處以死刑；若犯徒流罪的，就杖一百，餘罪收贖，存留養親。雍正即位後，就將這一規定製度化，他於二年（1724）指示要看被害者家中是否有成丁、次丁、否則殺人之人反得留養，死者家中若無次丁，成丁，就不合情理了。同時他嚴格要求留養者賠償銀兩，於三年（1725）定出具體數目，若不能賠償，仍照應得之罪法辦。同年又規定：凡軍流徒犯及免死流犯，家中祖父母，父母老疾，沒有次丁，成丁侍養，軍流徒犯，照數決杖，餘罪收贖；免死流犯，枷號兩月，杖一百，俱準存留養親。存留養親，本為養活尊親，也包含有使尊親後嗣有人，家門永存，香火不斷之意，雍正十一年的有關定例，把這個意思進一步明確了。如有關條例規定：若夫毆死妻，不是故殺，父母已故，別無承祀之人，可將該犯枷號兩月，責四十板，準其存留承祀。設立了這類條例，自雍正起，秋審四類處分外，增加“留養承祀”一類。
對於宗族內成員之間的犯罪律例，雍正也有所改動。江西永新縣民朱寧三屢次犯竊，迫使乃兄朱倫三賣子鬻產代為賠償，後又偷牛被發現，朱倫三遂和其侄朱三傑把朱寧三淹死。案發後，刑部擬朱倫三流徒，朱三傑徒刑，雍正不批準。他認為賠累伯叔兄弟的惡人，犯罪可能不至於死，而族人為剪除凶惡，訓誡子弟，治以家法，至於身死，亦是懲惡防患之道，情非得已，不當按律擬以抵償，因此將朱倫三、朱三傑二人免罪釋放。同時命製定類似事例，於是經九卿討論，雍正批準，定出新例：合族公憤，以家法處死不肖子孫，如死者確有應死之罪，將為首者照罪人應死而擅殺律予杖，若罪不至死，將為首者照應得之罪減一等，免其抵償。又如有福建建安縣民人魏華音，偷割人稻禾，竟將已故之胞兄獨子勒死，嫁禍於人，以圖逃脫自身的偷竊罪。刑部擬罪，按尊長致死卑幼論刑，雍正不讚成。他認為魏華音固然是死者的親叔，但其凶惡慘毒已在倫常之外，凶手與死者就不能論尊卑長幼名分了。對於這樣的事情，過去條例沒有詳加分析，並不妥當。他指示：“其將卑幼致死以脫卸己罪及誣賴他人者，應另定治罪之條。”於是議定：凡屬這類情形的，“應照親伯叔奪兄弟之子房產等情故殺例擬絞監候”。他針對原來律例中尊長卑幼名分關係而處刑不合理的問題，改定新例，既維護尊長的權力，又不允許他們恣意為非作歹，使刑律改得合理一些。他所定為代表宗族利益懲治惡逆的人減刑的律例，使宗族在實際上具有一定的司法權，這是維護宗族製度的法律手段。