雍正在即位之後，在整頓吏治的同時，對行政機構、管理製度也相應作了一些變革，最主要的是確立奏折製度和設立軍機處。
台省合一
元年（1723），雍正說六科的掌印給事中責任緊要，人選交都察院公同揀選保奏。並具體規定各科掌印給事中員缺，該科知會吏部，開列各種不掌印的給事中名單，送都察院揀選二人，出具考語，轉回吏科，繕本具題。題本用都察院的印信。這是把六科給事中的考核交由都察院掌管，使他們成為該院的屬吏，都禦史的屬員。都察院的監察禦史，向例有巡視京師五城、京倉、通倉、巡鹽、巡漕等差，給事中歸都察院考核後，都禦史把他們與禦史一體對待，巡視城、漕、鹽、倉等差。於是給事中與禦史沒有什麼區別了。
六科，原是一個衙署，職責是所謂“傳達綸音，稽考庶政”。它把皇帝批過的臣工題本，從內閣領出，謄抄清楚，發給有關部門執行。它不僅轉發文件，還具有封駁權，已經皇帝批準的奏章，六科認為有不妥的地方，可以封還執奏，若內閣票簽批本錯誤，原奏章的失當之處，就應當接受它的駁正。它還稽察六部，察核奉旨事件完結情況，如有遷延遲誤情事，即行參奏。六科給事中所理之事，在唐朝屬於門下省，是宰執機關的事情，清初雖沿元、明之舊，沒有門下省，但給事中有封還奏章之權，職位雖然不高，但地位極為重要。
給事中自歸都察院管轄，被按照禦史來分派差遣，原來分外的事多了，以至“奔走內外，朝夕不遑”，原屬分內的事，沒有時間和精力去管。有時大量被派遣出去，本科隻留一人，忙不過來，把領到的本章，匆匆發出，來不及詳細審讀，至於封駁就更無從談起了。這樣就削弱了給事中的職權，使他們等同於禦史了。都察院在唐代為禦史台，雍正使六科實質上隸屬於都察院，按當時的說法，是“台省合一”。
六科由都察院管轄的玉旨剛一下達，引起一些人的不滿，給事中崔致遠“嘵嘵陳奏”，反對這一措施，雍正拒不理睬。乾隆初有人說這個做法是“輕重倒置”，是不尊重綸。雍正恰是要重者輕之，使給事中不能違抗皇帝之命，使綸音得到絕對尊崇。
雍正這樣做，還是接受明末黨爭的曆史教訓。明朝六科，比較能夠實現“製敕宣行，大事複奏，小事署而頒之，有失，封還執奏”的權力，明朝統治後期，以言官的身分，較多地幹預了朝政。這種情況，清初已經有所改變，但康熙後期儲位鬥爭，也就是雍正說的朋黨之弊嚴重，明末遺風不息，而六科官員又參預其間，給事中秦道然為允禟管理家政即是一例。雍正為打擊朋黨，就對六科的官製進行了相應的改革。
雍正貶低給事中職能，卻加重了監察禦史的職責，向地方派遣了各種類型的巡察禦史。元年（1723），以黑龍江船廠等處人口增殖，貿易事繁，原設將軍料理不開，命派出禦史、給事中二員，巡視吉林和黑龍江。三年（1725），向各省派遣巡察禦史，其中山東、河南各一人，兩湖一人，江寧、安徽兩布政司共一人，官員由小京堂、科道及各部郎中內揀選，他們到各省，處理一些政事，監察地方官吏，有欽差的味道。四年（1726），因直隸旗下人多，不法者眾，派禦史和給事中數人往八府巡視，凡旗下告退官員、莊頭、內監的親戚、在籍紳衿，犯法的，即會同地方官懲處。七年（1729），又因直隸興建了營田，特派巡農禦史，巡曆州縣，查察農民生產情形，以定州縣考成，以示重視農業。在京城，於四年（1726）添稽察內務府的禦史四員，五年（1727）又增設稽察宗人府的禦史二員。
台省合一，削弱六科諫議權，加強都察院對臣工的監察，兩者相輔相成，是強化皇權的兩個側麵。雍正這一改製，使皇權得以加強了。
向地方委派觀風整俗使，也是雍正的一個創造。浙江文化發達，人才較多，浙籍士人與江南士人一起壟斷科闈，宮員散布朝內外，幕客布滿各衙門。三年（1725）十月發案的汪景祺、四年九月判決的查嗣庭都是浙江人，這兩個案子引起雍正的警覺，加之他聯想到歐秀臣為允造輿論，杭州發生反對攤丁入糧的運動，因此雍正對浙江的印象極壞。四年（1726）八月，浙江巡撫李衛奏稱，該省“民刁俗悍，動則錢糧掛誤，命案參黜”，以致“大吏屢易某人，守令席不暇暖”。這就更使雍正認為“浙江風俗澆漓，甚於他省”，紳衿“好尚議論”，浙江人是“恩德所不能感化者，狼子野心聚於一方”，決心對其大加整頓。是年十月，決定派遣專職官員到浙江“查問風俗，稽察奸偽，應勸導者勸導之，應懲治者懲治之，應交於地方官審結者即交地方官審結，應參奏提問者即參奏提問，務使紳衿士庶有所儆戒，盡除浮薄囂陵之習”。赴浙官員的任務確定後，至於用什麼官名，吏部以為唐太宗貞觀年間派遣蕭瑀、李靖等巡行天下，號“觀風使”，可仿之取名“觀風整俗使”。雍正接受這個建議，任命光祿寺卿、河南學政王國棟為右僉都禦史銜浙江觀風整俗使。十二月，雍正說浙江風俗既如此敗壞，士人“挾其筆墨之微長，遂忘綱常之大義，則開科取士又複何用？”因命停止浙江人的鄉會試。同月，浙江人，吏部左侍郎沈近思奏請整頓其故鄉風俗十事，說該省逆種疊生，“越水增羞，吳山蒙恥”。雍正認為這十議切中浙江情弊，敕令浙撫和觀風整俗使貫徹施行，又誇獎沈近思不為惡俗所染，足“洗越水吳山之羞恥”。王國棟赴任前進京覲見，雍正給他關於浙江棚民的兩份奏折，又要他清查錢糧積欠。王國棟到任，遍巡浙江府縣，到處召集紳衿在孔廟明倫堂訓話，宣布雍正整飭浙江士俗民風的宗旨。那時查嗣庭的家鄉海寧縣發生“屠城”的謠傳，有的居民遷出縣城，人心惶惶，王國棟前往宣講，使紳士“戰戰栗栗叩頭謝恩，切齒查〔嗣庭〕賊”。他在一般的宣講之外，做了三件事，一是清查錢糧，行文各府州縣依限催征，及時將征收情況報告給他，凡未按期完納的，如係紳衿黎庶頑抗，不待州縣詳報，即分別輕重處分，應參究的參究，應革職的革職，以使錢糧清楚。他為清積欠，嚴懲包攬紳衿，還預備在仙居縣清丈土地。一是清查各府州縣命盜訟獄案件。再一項是清查保甲，編審棚民。此外，他對整理營伍，興修水利，買糧備荒等事亦行參預。雍正對王國棟的舉措很是滿意，在他的奏折上批示：“爾到浙與〔巡撫〕李衛協衷任事，能推誠布公，宣明朕旨，風俗人心頗覺轉移，朕聞知嘉悅之至”。“所奏辦理數事，均屬公當明白”。他到任半年多，雍正就將他升為湖南巡撫，把他同鄂爾泰、田文鏡相提並論，說“朕又慶得一好撫臣矣”。王國棟調任後，由浙江糧道許容接任，六年（1728）其升至甘肅巡撫，遺缺由糧道蔡仕舢補進，七年（1729）蔡仕舢署巡撫。八年（1730），雍正以浙江風俗已漸改移，又有總督李衛善於訓導，因而不再派遣觀風整俗使。從雍正的曆次上諭和王國棟在浙江的實際做法可知，這個官職，是針對某省的特殊情況設置的，其使命主要是懲治不法紳衿，改變當地風俗，強化對紳衿和人民的統治。觀風整俗使所辦理的事務，有的與巡撫職責相衝突，因此雍正要王國棟與李衛和衷共濟，又命他將征收錢糧等具體業務交李衛辦理，避免雙方矛盾的發展，並在觀風整俗使任務完成之後，即行撤銷。
曾靜案發後，湖南被官方認為“風俗不端，人情刁惡”，雍正即向這裏派遣觀風整俗使。七年（1729），雍正以廣東“盜案繁多，民俗獷悍”，設置觀風整俗使加以整訓。廣東礦徒問題嚴重，雍正對此很是擔憂，這是他向廣東派出觀風整俗使的主要原因。福建地處沿海，民窮事繁，雍正也派了觀風整俗使。湘、粵，閩等省的觀風整俗使，在職權上都不如王國棟。八年（1730）六月，粵藩王士俊折奏觀風整俗使焦祈年行為虛浮，與地方官發生了衝突。雍正為支持觀風整俗使，並不責備焦祈年，卻說：“其責任不過為稽查耳目之寄，非有專閫重權，縱使儀製少逾，庸何傷乎？”說明這個職務已不能管理多少政事了。
與觀風整俗使性質相近似的，是雍正向陝甘派出的宣諭化導使。雍正統治後期，陝甘人民因西北用兵負擔加重，不滿情緒大增，雍正派尚書史貽直、侍郎杭奕祿、署理內務府總管鄭禪寶率領翰林院庶吉士，進士分赴六部學習人員、國子監肄業的貢生，到陝甘宣撫，希望民人“篤尊君親上之義，消亢戾怨懟之情”。
雍正統治間，或用人惟賢，或因事權授，往往不拘定製。督撫的設置亦時有變化。直隸原設巡撫，為李維鈞改作總督，後成為定製，原無布、按二司，亦行增設。河南巡撫田文鏡為雍正寵信，特為他授予河南總督，又置河南、山東總督，轄這兩個省。閩浙總督先為一人，雍正用李衛為浙江總督，兼理江南五府二州的盜案，於是福建也單獨為一總督。兩廣總督轄下的廣西割歸雲貴總督，廣東仍保留總督。巡撫，曆來各省隻有一個，雍正在有的省派人協理。當王國棟任山東巡撫時，雍正又用吏部左侍郎劉於義協辦山東巡撫事務。伊都立為晉撫，布政使高成齡協辦巡撫事。馬爾泰署陝撫，宣諭化導使史貽直亦為協理巡撫，待史任署撫，雍正又用內閣學士德齡協辦巡撫事，後又命甘肅布政使鄂昌協辦。直隸總督宜兆雄任上，禮部侍郎劉師恕被任命為協辦總督，後來何世璂接替宜兆雄，劉師恕協辦如故。齊蘇勒任河道總督多年，雍正又命署理廣東巡撫尹繼善為總河協辦。大學士也增添協辦。二年（1724），雍正命田從典為協理大學士，六年（1728），命尹泰、陳元龍為額外大學士，十年（1732），用福敏為協理大學士，到乾隆時，協辦大學士就成了定製。