雍正對這些官製的變動，有的成為定製，反映了客觀事物發展的需要；有的因特殊情況所必需，事畢即行裁撤；有的是他觀察客觀事物不準確，故亦不能長久；有的是他為酬勞寵臣，特為立製，他說的很明確，人去事變，不為保持。
奏折製度
比台省合一更具影響的政治舉措是奏折製度的全麵施行。
奏折是後發展起來的官文書，在此之前，地方官有事稟報皇帝，凡係地方公事，用題本，若係個人私事，則用奏本，前者蓋官印，後者不用印。兩種文體都交由通政司進呈，在皇帝觀覽之前，已先由有關官員看過，因此這兩種文體的奏章，是公開的，不是隻有皇帝拆閱的秘密奏疏。這樣的文體，有些事情官員不便奏聞，皇帝想知道的從中得不到，不利於下情上達。這本是明朝製度，清朝沿襲以來，皇帝感到不便，據記載，在順治年間產生了補救的文書——秘密奏折，但今天見不到實物，不能證實。而在康熙三十二年（1693），它已確實存在了。今存蘇州織造李煦在那年七月奏報蘇州得雨、糧價和民情的折子，康熙見奏後，朱筆批示，“五月間聞得淮徐以南時暘舛候，夏澤愆期，民心慌慌，兩浙尤甚。朕夙夜焦思，寢食不安，但有南來者，必問詳細，聞爾所奏，少解宵旰之勞。秋收之後，還寫奏帖奏來。凡有奏帖，萬不可與人知道”。由此可知，不得讓第三者知道的奏章，是秘密的，不是題本、奏本；這種文字，當時叫做“奏帖”；它的要點，是在一個“密”字。康熙在江寧織造曹寅於四十三年（1704）七月二十九日的奏折上朱批：“倘有疑難之事，可以密折請旨。凡奏折不可令人寫，但有風聲，關係匪淺。小心，小心，小心，小心！”康熙於再立允礽後，聽到有不同的輿論，苦於不知其詳，因在李煦的奏折上寫道：“近日聞得南方有許多閑言，無中作有，議論大小事。朕無可以托人打聽，爾等受恩深重，但有所聞，可以親手書折奏聞才好。此話斷不可叫人知道，若有人知，爾即招禍矣”。奏折人李煦、曹寅，都是康熙皇帝的家奴，而且是親信。康熙四十年（1701），江蘇巡撫宋犖的奏折，由李煦代呈，這表明當時具有寫、呈奏折權力的人，不在官階，而在同皇帝的關係。五十一年（1712），康熙諭領侍衛內大臣、大學士、都統、尚書、副都統、侍郎、學士、副都禦史等，說他有聽不到的話，常令總督、巡撫、提督、總兵官、將軍在請安折內，“附陳密奏，故各省之事不能欺隱”。因令這些官員也於請安折上，“將應奏之事，各罄所見，開列陳奏。”並表示代為保密，原折朱批後發還。這說明在康熙晚年能上奏折的官員增多了。所以說，康熙朝密折已經產生，大多數的情況是官員利用請安折子，密陳地方官民動態，內容尚不甚廣，能夠書寫奏折的官員也不太多，因而還沒有形成嚴格的奏折製度。
雍正統治時期，奏折人的範圍明顯地擴大了。元年（1723），雍正下令各省督撫密上奏折，於是封疆大吏都有了這個權力，隻是在實行中有的犯了錯誤，遭到處分，停止其使用權。後來雍正又給提督、總兵官、布政使、按察使和學政全體官員書寫密折的權力，隻是在上交的渠道上與督撫有所不同。督撫提鎮藩臬學政均是地方大員，此外，一些微末之員，由於雍正的特許，也可徑上密章，如湖南衡永郴道王柔，廣西右江道喬於瀛、福建鹽驛道伊拉齊、杭嘉湖道徐鼎、浙江糧道蔡仕舢、江安糧道葛森、陝西平慶道李元英、糧鹽道杜濱、直隸通永道高礦、寧夏道鄂昌，雲南驛鹽道李衛、浙江杭州知府孫國璽、山東兗州知府吳關傑、湖廣鄖陽府同知廖坤、山東沂州營副將楊鵬等等。這些道府同知副將是中級官員，而用雍正的話說：“道府等員，乃係小臣，品級卑微，無奏對之分”。他們的能上奏折，是雍正特給的恩寵。這些人或者與雍正有特殊關係，或者為親重大臣的子侄，或在引見時獲得青睞，因得榮膺書寫奏折之寵。由中央派到地方的常設官員，如江寧，蘇州，杭州三織造、各處巡監禦史、稅關監督、各種臨時性的巡察禦史、給事中，或因掛有科道銜名，或因為雍正皇帝家臣，自然賦予密折言事之責。還有的臨時派到地方辦事，也可密上折子，如清理江蘇積欠，負責大員戶部侍郎王璣有此權利自不必說，連分查鬆江府錢糧的王溯維也得奏折言事。在中央，京堂以上和翰詹科道官員都能書寫奏折。雍正擴大奏折人員的範圍，使它達到了一定的數量，僅《朱批諭旨》一書所收的奏折的撰寫人，即達二百二十三人，實際奏折人多達一千人以上。
奏折，幾乎全有雍正皇帝的朱筆批語，叫做“朱批諭旨”，批過的奏折稱做“朱批奏折”，奏折和朱批諭旨構成奏折製度的必備成分。
雍正朝的奏折內容，比康熙朝大大豐富了。君臣籌商全國的或地方的政務，是最重要的內涵。二年（1724）十一月，雍正向大學士等發出上諭：“凡督撫大吏任封疆之寄，其所陳奏皆有關國計民生，故於本章之外準用奏折，以本所不能盡者，亦可於奏折中詳悉批示，以定行止”。督撫所要陳奏的政事，限於題本程式和保密要求，很難詳盡，皇帝就不能徹底了解臣下隱衷和下情，而皇帝的指示也以同樣的原因不能盡述，使臣下對皇帝的意圖了解也受到限製。這樣，上邊難於決策，下麵不能全力奉行。雍正就是要用奏折這種公文，使臣工和皇帝雙方亮明觀點，經過討論，定策施行。雍正朝的重大改革，許多是先經君臣密商，而後決策付諸實行，如攤丁入糧製度，就是雍正同黃炳、李維鈞及九卿通過奏折，反複商酌決定下來的。改土歸流的政策，也是在多人的奏折中，君臣密籌，議而後定。雍正元年（1723），禮部掌印給事中繆沅就處理苗民事務，疏請令土司諸子分襲以殺其勢，雍正把它交湖廣總督楊宗仁議奏，其不同意，認為那樣做會出現強弱兼並的後遺症，雍正朱批不以為然。
可見，至於改土歸流，雍正起始並不讚成，他於二年（1724）在廣西巡撫李紱的奏折上批示：
土官相襲已久，若一旦無故奪其職守，改土為流，誰不驚疑？
李紱聽從主子之見，上奏折表態，雍正又批道：
斟酌處頗為合宜，諸凡總在爾等封疆大吏審擇中道而行也。
三年，貴州提督馬會伯奏請對苗民用兵，以推行改土歸流，雍正讓他同雲南巡撫管雲貴總督事鄂爾泰商討。
這時署理貴州巡撫石禮哈亦欲用兵，雍正內心讚同他們的意見，但怕他們年少魯莽，把事情辦壞，故而壓住了。不久，何世璂出任黔撫，折奏主張招撫，雍正內心不以為然，但亦允許他實行，然而不見其效。四年四月，鄂爾泰折請貴州用兵，雍正大加讚賞。
至此決定強力推行改土歸流。這是幾年間持有不同意見的君臣往複磋商的結果，就中，雍正從對苗民事務的不熟悉，拿不定主意，到把握實情，做出裁斷，是他吸收臣下意見的過程，所以這種奏折，便於君臣商討事務，決定政策措施。
河工的問題，雍正也是先通過河臣的奏折進行探討，決定行止。李紱曾向雍正當麵提出疏浚淮揚運河的建議，雍正覺得有些道理。命他與河道總督齊蘇勒商酌，其以工程浩大，不敢輕定，擬於實地考察之後，再提出具體意見。
李紱的建議是否可行，雍正說的全是活話，他並非為推卸己責，事鹹則居乾斷之功，事敗則推諉臣下，而是要大家商量，他則從中吸收意見，考慮決策。即如治黃專家靳輔的兒子靳治豫奏稱滾水壩無益，減水壩有利，雍正說他“實未洞徹”其利弊，而“河務關係甚大，不便自立主意。”因將靳治豫打發到齊蘇勒處，命他們“悉心通盤打算，酌量為之”。有一官員折奏河工備料的弊端，雍正匿去撰折人姓名，將折轉發齊蘇勒，命其“盡心籌畫”，齊蘇勒遵旨陳奏事情原委，雍正覽後朱批，“所奏是當之至，朕原甚不然其說，但既有此論，其中或不無些少裨益，所以詢汝者，此意耳。今覽爾奏，朕洞徹矣”。河工事務複雜，學問甚大，雍正早年雖曾隨侍康熙南巡視察河工，參預過永定河工程，但畢竟不是身任其事，了解有限，即位後要拿主意，又不能魯莽蠻幹，自認知識有限，多方考察，臣工奏折就成為他考慮決策的一種材料。上述與齊蘇勒商議的幾件事，都被否定了，也是處決了政事。雍正君臣利用奏折籌商政務，雖巨細非一，行否不定，但卻是奏折的重要內容。