吳祖強對鄧小平同誌充滿了崇敬與懷念，他在1997年2月26日題為《永久的紀念——追念小平同誌》的文章中寫道：
“敬愛的鄧小平同誌永遠離開了我們。偉人辭世，舉國同悲，雖然他已是93歲高齡，但是大家都還是感覺走得過早了，這表明他在人們心目中的位置和分量。他是我黨領導人的傑出代表，為我國也為這個世界所做的偉大貢獻和輝煌業績將永垂青史。我參加了在人民大會堂舉行的極其隆重的追悼大會，聆聽了江澤民主席深情的悼詞，覺得既沉痛又讓人充滿信心。小平同誌的無私無畏崇高精神、品德與革命風範，將繼續激勵我們奮發向前。”
吳祖強最欣幸的是曾經與鄧小平接觸的難得機緣，雖然很少，但卻無法忘懷。第一次見到鄧小平，是在1949年的秋天，那個時候，吳祖強還是南京國立音樂院的學生，同時也是一名在新中國建國之前就已參加地下黨的共產黨員。在南京解放後首屆各界代表會議上，吳祖強被選為代表出席了此次會議，並代表南京全市的學生在會上作了發言。
最讓吳祖強難忘的是鄧小平在會議上的發言，鄧小平同誌以二野政委身份為大會作政治報告。他為大家講解放戰爭向全國各地推進的大好形勢，雖然沒有講稿，卻言語流暢、熱情洋溢地講了兩個多小時，以致全場氣氛熱烈，大家異常振奮。吳祖強更是把鄧小平作報告時那神采飛揚的形態牢牢印在了腦海中。
在《新華日報》隨後報道的圖片專版上，吳祖強興奮地看到，自己作為學生代表發言的一張照片與鄧小平作報告的照片刊登在同一版麵上。他很高興地將這張報紙悉心保存下來。幾十年過去了，這張報紙已經發黃，不僅平安躲過了“文革”中“破四舊”命運，而且一直完好無損。
新中國成立後，擔任中共中央書記處書記的鄧小平，雖然黨政事務纏身，工作極度繁忙，卻時刻都在關注文藝界的工作，對於吳祖強創作音樂的舞劇《魚美人》和現代芭蕾舞劇《紅色娘子軍》，鄧小平都給予了極大關注。尤其是吳祖強與杜鳴心作曲的《魚美人》，在當時的文藝主管部門出現不小爭議的情況下，鄧小平兩次親臨劇場觀看演出，每次都不驚動大家，第二次甚至就直接坐在後排觀眾席中觀看，散戲時和觀眾一同退場。兩次觀看演出，無形中給了《魚美人》的創作者們極大的支持。
1988年11月，全國第五次文代會召開。作為中國文聯黨組書記的吳祖強，是這次大會籌備和具體事務的主要負責人之一。中央指定胡啟立同誌主管這次會議並代表中央在會上致祝詞。鄧小平同誌雖然年事已高，但仍不顧高齡出席了開幕式。那一天，小平同誌提前到達休息廳，親切平易地和吳祖強握手，還很關心地向吳祖強詢問大會的情況。開幕式上，鄧小平一直很注意聽會，並親切會見了參加大會的代表。這次會議結束後，吳祖強保留了一張寶貴的新華社記者拍下的會見大會代表時自己走在鄧小平身旁的照片。
從解放後南京首屆各界代表會議，到建國後的舞劇音樂創作，再到20世紀80年代的全國文代會，吳祖強與鄧小平的接觸雖然隻是“難得的機緣”，卻讓吳祖強無法忘懷。正如他在《永久的紀念——追念小平同誌》一文中寫的那樣：
“48年前的一張舊報紙，對舞劇《魚美人》創作不動聲色的關注，以及9年前這張非常難得的彩色照片，將長留下我對小平同誌永久的紀念！”