對人民敬愛的共和國總理周恩來，吳祖強雖然沒趕上有更多的接觸，卻保留著難忘的記憶。從青少年時代在重慶，到20世紀50年代初在蘇聯留學，再到後來60年代前後的舞劇音樂創作，吳祖強都曾和周恩來總理有過接觸，其中接觸比較多的是在舞劇音樂創作的工作中。
當年由吳祖強創作音樂的舞劇《魚美人》和《紅色娘子軍》上演時，周恩來總理都去觀看，演出結束後則上台對作者和演員們表示祝賀，對吳祖強和演員們熱情鼓勵。這其中，尤其是對現代芭蕾舞劇《紅色娘子軍》，周恩來總理不僅十分讚賞，而且給予了很多關懷和支持。
1964年，為慶祝建國15周年，同時為了探索芭蕾舞劇“革命化”，《紅色娘子軍》終於在國慶節前正式彩排，周恩來在百忙中，親自來到彩排現場和周揚等同誌觀看並提出了中肯、寶貴的意見。讓吳祖強難忘的是，周恩來總理不僅對《紅色娘子軍》給予很高評價，而且親自指定以《紅色娘子軍》作為招待當時的蘇聯總理柯西金的晚會節目。
1965年，北京舉行了中蘇兩國政府總理的會晤，這是在“文化大革命”前已經十分緊張的中蘇關係中的一件大事，因此，周恩來總理對柯西金在北京的全部活動日程都精心做了安排。為柯西金演出《紅色娘子軍》的地點定在人民大會堂三樓小禮堂，由於場地比較小，尤其是舞台和樂池很難滿足這樣大型舞劇的演出要求，周恩來總理請舞劇的編導們設法重新處理舞台上的演員調度，管弦樂隊也要求將編製壓縮到40人以下，這樣才能進入樂池。
作為這部舞劇音樂創作集體的負責人，吳祖強承擔了調整總譜、壓縮樂隊人員的工作。他和樂隊指揮李華德一起，抓緊時間，用了一整天把樂隊演奏員壓縮到39名，加上樂隊指揮正好40人，終於沒有超過限額，完成了這項艱巨任務。演出結束後，柯西金總理盛讚《紅色娘子軍》的創作和演出，晚會獲得成功。客人離開後，周恩來總理特意到樂池邊和樂隊人員握手，高興地向大家表示感謝。
周總理親自安排的這一次在人民大會堂小禮堂演出的成功實踐後不久，毛澤東、劉少奇等中央領導人也來到小禮堂審看舞劇《紅色娘子軍》，並接見了全體創作人員和演員。這一切，無疑都離不開周恩來總理對文藝工作的關懷和支持。
因此，吳祖強在《不會忘卻的美好回憶》一文中寫道：
“……後來，我常常聽到不少老同誌談起周總理在世時對文藝工作何等地細心關注，並對此深深懷念。他們都說周總理是國家領導人中最愛好文藝的一位，他是帶著對文藝巨大的興趣來關切和支持文藝工作的。而且尤其難能可貴的是，他懂文藝，也理解文藝工作者，他真摯地和文藝家們交朋友，很自然，他也成了文藝家們最感親切的好朋友。對中國文藝界來說，‘良師益友’這四個字，他確實是當之無愧的。”
而吳祖強最難忘的則是在重慶的中學時代與周恩來總理的第一次接觸。他記得是在1946年的初春，為了悼念在莫斯科病逝的中國音樂家冼星海逝世1周年，重慶的音樂界進步人士在旅渝江蘇同鄉會大廳舉辦了一次演出冼星海遺作的紀念音樂會，最後的節目是由遠在青木關的國立音樂院和鬆林崗音樂幹部訓練班的師生特意前來演唱的冼星海名作、用鋼琴伴奏的《黃河大合唱》。
這在當時的重慶自然是進步文藝界的一次重大聚會，一時很多人前往。中學生吳祖強雖然很想去卻沒能弄到票。於是他找了一個要好的同學，一起到門口靠著一個熟人的幫忙，兩個中學生終於如願進了會場。
果然場內已是客滿，早已沒了座位，連靠牆的走道都站滿了人，還有的人幹脆在第一排座位前鄰近台口邊沿地上坐了下來。好在舞台比較低，坐在地上還可以看到台上，而且也不會妨礙座位上觀眾的視線。吳祖強抬眼望去，正好接近台口的中間還有空檔，於是拉著同學趕緊擠了過去，坐上了第一排前的“地座”。回過頭來，吳祖強看到他的背後就是第一排，正中還有幾個讓人看著的空位，很顯然那是“留座”。