從美國歸來後，吳祖強很快就投入到了繁忙的工作中。這期間，他的頭銜仍然很多：從被音樂界同行稱為“史無前例的創舉”的“黑龍杯”管弦樂作曲大賽評委負責人，到總共主持3屆評判工作的第五屆全國青少年小提琴演奏比賽，他是中國第一次舉辦國際鋼琴比賽的藝術總監，他還是文化部、廣播電視部和中國音樂家協會聯合主辦的全國音樂作品評獎連續8屆的評委會主任……
這期間最值得一提的，是在1992年至1994年間，在海內外產生了廣泛影響的、由中華民族文化促進會發起的“20世紀華人音樂經典”活動。對於這次活動及吳祖強對此次活動的參與和貢獻，王安國教授是這樣評價的：
“……可以說這是對整個20世紀華人音樂創作的一次大檢閱，確實是史無前例的一次華人音樂文化壯舉。盡管最終的評選結果由於各種原因或條件所限不可能全都盡如人意，但這次活動的深層意義和巨大影響則是毋庸置疑的，即生活在海內外的炎黃子孫對20世紀中華音樂文化的認同，以中國人不能忘懷的20世紀音樂作品為紐帶，維係並延伸中華文化的傳承。吳祖強作為此項活動的藝術委員會主任，是決定整個活動麵貌的核心。最後他主持了由海內外17位知名音樂家組成的藝術委員會的投票評選工作，使命神聖，責任重大，貢獻良多。”王安國：《晚霞映朝暉——吳祖強80歲人生》，選自《七老八十集》318頁，中央音樂學院出版社2007年4月版。
活動中，各界人士在推薦時，不分作者是來自過去“解放區”還是“國統區”的背景，不分生活、居住在國內或海外，不限題材、體裁和形式，凡20世紀華人音樂家創作的作品，都在推薦和入選之列。確如王安國教授評價的那樣，這個由中華民族文化促進會發起的“20世紀華人音樂經典”活動，實為中國樂壇的一大盛事。
在被推薦的500多首（部）作品中，最後評選出124首（部）作品，基本上都是20世紀華人音樂家創作的精品。而以吳祖強為主創作的《魚美人》和《紅色娘子軍》則是其中僅有的兩部舞劇音樂。
經過1992年歲末最後一輪作品的評選，於1993年6月在北京人民大會堂隆重舉行了頒獎典禮、開幕式、首季演出活動和連續十多場獲獎作品分類演出及其他專場演奏、演唱音樂會。獲表彰的作曲家們及已故者的家屬或親人，從全國和世界各地彙集北京。其中最熱烈、最感人的是開幕式慶典音樂會和第二天的聲樂作品音樂會，黨和國家領導人及國務院有關部委都對“20世紀華人音樂經典”活動表示熱烈祝賀，無論其場麵和氣氛，都可說是北京音樂會活動多年來未曾有過的盛況。海內外文化、新聞界更是稱此次活動為“中國現代音樂史上空前的壯舉”，“華人世界前所未有的文化盛典”。
繼北京的活動之後，9月底在重慶、成都的幾場音樂會及11月27日起在深圳舉辦的3場音樂會也同樣轟動。作為“20世紀華人音樂經典”係列活動藝術委員會和最後一輪作品評選的負責人，吳祖強專程來到深圳出席了在深圳大劇院舉行的首末兩場音樂會，雖然隻有短短的3天，卻給他留下了深刻的印象。
首場音樂會不僅座無虛席，而且連劇場兩側的門前都擠滿了人。曲目演出時間將近3個小時，由於電視直播，中間也沒有休息，但聽眾卻自始至終全神貫注，並且不時爆發出雷鳴般的掌聲，演出結束時大家的掌聲更是熱烈異常、經久不息。
對此，吳祖強十分感慨地說：“我的確不得不感到非常驚訝了。這沒有別的理由可以解釋，隻能歸結為音樂本身的感染力和薈萃舞台上的著名演奏家、演唱家的精湛表演技藝。所以，如果作品和演奏、演唱都很精彩，又怎麼能認為嚴肅音樂無法博得廣大聽眾的歡迎和喜愛呢？”
對於“20世紀華人音樂經典”活動的舉辦及其深遠影響，吳祖強曾多次接受電台、電視台和一些報刊記者的采訪，我們可以在《多情的回眸，莊嚴的肯定》一文中看到他的一些看法：
“中華民族文化促進會倡議並主辦了‘20世紀華人音樂經典’係列活動。其意圖正如發起者在策劃方案中所提出的，是為了‘展示、褒揚本世紀中國音樂家們的卓越成就’，對之‘作一次多情的回眸’和‘作一次莊嚴的肯定’。
就中華民族而言，20世紀是個天翻地覆的世紀。政治、經濟乃至整個國家、社會的劇烈變革及震蕩，催動了新文化的開拓、壯大。中國近代新音樂也正是於此刻孕育、滋生、茁長。一個世紀以來，華人音樂創作的成果凝結了幾代音樂家的心血。伴隨著世紀的黑暗和光明，戰亂與安寧，憂傷及歡樂，留下了多少動人的歌調，何等激情的樂章！
……
最重要的是，中華民族的音樂事業還有待更蓬勃興旺的發展。深盼此項尚無先例的活動，能成為華人世界未曾有的文化盛典，以促進海內外炎黃音樂家齊奏嘹亮樂音，奔向未來的世紀！”