但是，養父不知美國文化的影響已經悄悄地浸入這座中國商店。宋嘉樹像一般美國十三、四歲的男孩可能做的那樣——離家出走了。他跑到波士頓碼頭，爬上了一艘從波士頓開往北卡羅來納州的汽船“考爾法克斯號”，偷偷地逃跑了。宋嘉樹不曉得這船要開往哪裏，但也無所謂，隻要離開那個令人窒息的地方，他就感到心滿意足了。
船員們發現了這個“小犯人”，並把他送到船長跟前。船長查理·瓊斯，是一位和善虔誠的信教人。他沒有趕走或懲罰宋嘉樹，而同意留在船上打工掙飯吃。打算汽船返回波土頓時再送他回到養父那裏。每次船入波士頓港時，宋嘉樹就會神秘地消失，直到汽船重新啟錨，遠離波士頓後，他又會突然地冒出來。宋嘉樹以東方人特有的勤勞拚命幹活，贏得了船長的歡喜。船長得知嘉樹希望獲得美國教育的心思後，便把他交給自己在威明頓的朋友，第五號街衛裏公會教堂的佩奇——裏考德牧師。裏考德牧師對這個中國小男孩非常關心。在這裏宋嘉樹接受洗禮，皈依了基督教，取教名為查理·瓊斯·宋，以此感謝查理·瓊斯船長的恩德。這件事很快傳遍了威明頓小城，並引起當地富商卡爾將軍的關注。卡爾將軍約見了宋嘉樹，經過一番認真考查，決定資助他進入學校，實現接受教育的理想。1881年，宋嘉樹進入聖三一學院（後改名杜克大學）。兩年後又轉到田納西州的萬德畢爾特大學就讀。
1913年3月7日，孫中山等人與日本軍界人士的合影。前排左四為孫中山，左二為宋嘉樹1885年，宋嘉樹結束了在萬德畢爾特大學學業，想留在美國再學習醫學。但教會認為他應該回到中國當傳教士。10月初，在馬克諦耶主教的主持下，北卡羅萊納州監理會舉行特別儀式，授予宋嘉樹監理會見習牧師，派回中國傳教，在中國布道區上海布道團負責人林樂知博士手下工作。
1886年1月13日，宋嘉樹乘海輪回到中國上海。在上海他沒有得到同胞的歡迎，人們把他看成是“洋鬼子”。因為他離國多年，隻會講英語和家鄉土話，而不會講上海話。而在那些高鼻梁、藍眼睛的外國傳教士眼中，宋嘉樹是個“無國籍的華人”，一個既是東方人又是西方人的“流浪漢”。更使宋嘉樹不能容忍的是林樂知對他的鄙視。林樂知不讓宋嘉樹回文昌探望父母，還誣蔑他是個智力低下的人。1886年11月，在華傳教大會舉行首次會議時，宋嘉樹被派去蘇州地區昆山一帶傳教。1889年調到上海乍浦區傳教，兼教英文，大名鼎鼎的胡適是其學生之一。
1892年，宋嘉樹辭去教會職務，開始從事實業工作，逐步發展成為一個富有的買辦資本家。他在上海協助組成第一個“中國基督教青年會”，還創辦了一家印刷所——上海華美書館，大量印刷中文聖經。
宋嘉樹作為基督教的世俗領袖和商人以外，還被人認為是個革命者。1894年春，孫中山先生為謀求民富國強的道路，北上上書清廷重臣李鴻章，途經上海，結識了宋嘉樹。宋同情民主革命事業，是國內最早聆聽孫中山宣傳革命道理的人之一，不久參加中國同盟會，成為孫中山的熱情支持者和知心朋友。他冒著被清朝砍頭的風險，常以印刷中文聖經為掩護，秘密印刷反清和宣傳革命思想的文章及小冊子。
宋嘉樹在蘇州地區昆山一帶傳教時，重逢在波士頓早已認識的朋友牛尚周。此時牛已與浙江餘姚倪家的三個女兒之一結了婚。他把妻妹倪桂珍介紹給宋嘉樹。倪桂珍是一位賢淑、端莊、有教養的女子，明代著名科學家《農政全書》的編著者徐光啟的後裔。她早先就讀於家庭私塾，後進培文女子高等學堂讀書，愛好彈鋼琴和文學，思想上受西方文化影響較深。1887年，宋嘉樹與倪桂珍在宋嘉樹是“宋家王朝”的奠基人，他心中有一個宏願，就是要努力將子女培養成中國的林肯、華盛頓式的偉大人物。上海南方衛裏公會教士裏德主持下結了婚。1890年，他們的第一個孩子宋藹齡出世。1892年次女宋慶齡出生。1894年，宋子文出生於上海。宋子文是他們的第三個孩子，也是第一個男孩。此後幾年裏，宋嘉樹夫婦又生了一個女兒、兩個兒子：宋美齡、宋子良、宋子安。他們的六個子女後來都成了中國政治舞台上的重要人物，對中國社會產生了重要影響。