在杜金香的積極努力下，首醫的訴求很快得到了上級部門的重視。最終市委、市政府對北京地區的醫院進行了資源整合，將北京市屬層麵的醫院，如安貞醫院、宣武醫院、友誼醫院、同仁醫院、朝陽醫院、天壇醫院和兒童醫院等13家醫院作為首醫的附屬醫院，形成以首醫為主體的緊密聯合體，這一舉措很好地實現了基礎教學與臨床的結合，為教學、科研與人才培養提供了有利的條件。
為了提高教學質量，首醫著手進行了教學方麵一係列現代化的改革，多次修訂教學計劃，全方位修改教材，使教學與實踐發展結合得更為緊密。由於各大附屬醫院條件設備良好，基礎和臨床師資力量雄厚，以及北京地區病種多、實踐機會多等原因，首醫的學生在此後的全國資格考試中始終是名列前茅。首醫開始立足首都，麵向全國，走向世界，向成為國內一流、國際知名的醫科大學邁進。
拓寬學科，培養人才
學科建設是高等學校發展中具有戰略性的基礎建設，是承載人才培養、科學研究和社會服務三大功能的平台。首醫籌建於上世紀60年代，專業定位比較狹窄，隻有兒科和醫療係。直到80年代中期，學科還相對單一，限製了人才培養，難以適應社會經濟和醫療衛生事業發展的時代要求。杜金香認為，在學科建設方麵，要打破學科單一、專業狹窄的局麵，除了應保持現有的學科專業特色外，還要大力發展新學科，建立新專業，以適應醫學事業的發展。其中，“全科醫學”的概念就是那個時期首醫率先從國外引進的。“全科醫學”是指在整合了生物醫學、行為醫學和社會學的最新研究成果，以及在通科醫療的成功經驗基礎上，發展起來的一門具有獨特的價值觀和方法論的綜合性臨床醫學學科。全科醫學關注人的整體健康，而不僅僅是疾病本身。全科醫療立足於社區衛生服務，全科醫師在社區為個人及其家庭提供連續性、綜合性、協調性、個體化和人性化的預防、醫療、保健、康複、健康教育和計劃生育技術指導，以生理，心理，社會醫學模式作為自己的診療模式。上世紀60年代末，全科醫學誕生於美國。70年代初，在澳大利亞墨爾本成立了世界家庭醫師組織（WONCA）。
首醫將“全科醫學”概念引入我國後，深受政府的重視，並將其視為“2000年人人享有衛生保健”的重要途徑。在中共中央、國務院《關於衛生改革與發展的決定》中，明確提出要積極發展社區衛生服務，逐步形成功能合理、方便群眾的衛生服務網絡。而發展社區衛生服務的關鍵是要大力培養全科醫師，建立一支以全科醫師為主的社區服務隊伍。
重點學科體現了學校的辦學特色和學科優勢，是培養高層次人才、開展科學研究、解決經濟建設與社會發展中重大科技問題的重要基地。在加強重點學科建設，為首都各大醫院培養高水平的醫生的同時，學校還要考慮如何為北京郊區醫院培養一批用得著、留得住的人才。杜金香在上學及工作期間，曾在北京的平穀、延慶、昌平等郊區縣實習工作多年，做過赤腳醫生，深知郊區醫療資源的匱乏。而且，相對於北京市區而言，郊區醫院位置偏遠，條件落後，留住人才有一定的難度。尤其是在首醫讀了5年和7年的醫科生們，大都是專門研究型的人才，他們也希望留在市區，留在條件好的綜合性大醫院。而郊區醫院需要的實用性強的、全科型的、非專門研究型的醫護人員，缺口卻始終很大。為了應對市場需求，首醫決定拓寬辦學層次，除了現有的5年和7年製學製外，與時俱進地開設了3年製專科專業以及“3+2”專升本的模式，實行定點定向。這些學製相對較短、實用性較強的專科學生畢業後，很快注入郊區醫院的人才隊伍中，壯大了郊區醫院的實力。
醫生救死扶傷，醫生的水平決定患者的生命質量。但是，護理也同樣重要，不能忽視。隻有醫療和護理完美結合，相得益彰，才能真正實現我國醫療衛生事業的全麵發展。針對當時醫療行業專業護理人才緊缺的現象，杜金香決定增強護理專業的實力，提高護士的培養質量。為了盡快培養出一大批護士補充到各大醫院的專業護理隊伍中，首醫組建了護理學院，為首都醫療戰線輸送了大批的護理人才。
首醫的人才培養一直是以我國醫療衛生事業發展的需求為依據。經濟體製改革和經濟增長方式的兩個根本性轉變、衛生服務體係和衛生服務模式的深刻變革所導致的醫學模式的轉變，以及人民群眾日益增長的衛生服務的需求，都將對醫學教育目標、培養模式、課程體係以及教學內容、教學方法和教學手段的改革產生深遠的影響。在此基礎上，首醫製定了以本、專科教育為基礎，學位與研究生教育為提高，繼續教育為保障和責任的人才培養模式。在人才培養過程中，實行學科帶頭人負責製、課程負責人製和導師製，以保障教育教學的水平和質量。由於教學條件的不斷改善、教學管理的不斷加強、教學水平的不斷提高，首醫的臨床教學質量得到了充分保證。1994年和1995年，首醫臨床醫學專業的學生曾先後兩次參加臨床階段全國的聯考，在有許多高水平醫科大學參加的情況下，兩次聯考結果均名列前茅。目前，首醫的畢業生已成為北京市醫藥衛生戰線的業務和管理骨幹，部分優秀畢業生已成為國家、北京市、區縣行政管理部門的領導幹部，學校、各級醫院、研究機構的領導及科室主任與學術帶頭人。根據畢業生的質量調研，各醫療衛生機構對首醫畢業生的能力、素質始終給予較高的評價。首醫畢業生一次就業率排名始終保持在北京地區高校前列。
培養多層次、多規格、高質量人才，是首都醫科大學的辦學標準。而高標準的辦學，需要一支好的教師隊伍。當時，首醫最突出的問題是教師年齡老化。為了避免老教師退休之後出現後繼無人的嚴峻局麵，首醫通過各種手段從國外、國內、社會上引進人才，尤其是稀缺性人才。當時正值改革開放初期，大批人才外流。因此，學校在引進人才和留住人才方麵都麵臨著一定的挑戰。為此，在積極引進人才的同時，首醫更注重加強現有教師隊伍的培養，積極創造各種條件使他們在實踐中提高水平。同時，加大對青年教師的培養力度，鼓勵他們在國內外進修訪學。
以德為先，全麵發展
人無德不立。做人、做事，第一位的是崇德修身。一個人隻有明大德、守公德、嚴私德，其才方能用得其所。作為醫生，醫術重要，醫德更重要。當今社會是專業逐漸細化的社會，這就要求學生需要在有良好的大局觀和廣博的知識麵之餘，做到“三專”，即專心、專注和專業。在21世紀這個發展迅速、信息渠道多而繁雜的互聯網時代，如何專心、專注地做一件事，並且努力培養自己的專業性才能，是一個時代性人才應當具備的素質。在學生的素質培養上，杜金香特別注重“三講”：講品行，講曆史，講中華民族傳統美德。她始終堅信，“衣不舉領者倒”。品德意識就是我們衣服的領子，不把這個領子提好了，就會出差錯。職業道德也是如此，各行各業都有自己的操守，必須嚴格按照它們來要求自己。為了讓廣大學生能夠在未來的職業中德藝雙馨，杜金香在擴大辦學規模和層次、全麵提高教育質量的同時，更加重視強化德育體係的建設。在她看來，醫生這個職業，服務對象是一個個鮮活的生命。隻有全麵提升學生的綜合素質，加強學生社會主義核心價值觀教育，秉持科學與人文的精神，培養“健康所係、性命相托”的職業責任，確立“敬畏生命、珍重健康”的醫學終極價值觀，使學生懂得做人、做事、做學問的道理，才能使其擔負起救死扶傷這一崇高而偉大事業的職責。
學生思想品德的培養與提高，必須建立在專業思想和專業教育的基礎上。每一屆新生入學，杜金香都要親自給學生上一節“以德為先，全麵發展”的課。她認為，要使德育教育產生良好的效果，不能隻停留在課堂上的宣傳和口頭上的說教，“動人以言者，其感不深”。榜樣是看得見的力量，“一個榜樣勝過書上二十條教誨”。唯有好的榜樣，才是最好的引導和最好的說服。而且，通過榜樣，用身邊事教育身邊人，能夠起到春風化雨、潤物無聲的效果。為此，學校定期請一些奮鬥在醫學戰線上德高望重的專家和學者進行現身說法，以他們精湛的醫術和崇高的境界感染學生。這種把抽象的標準轉化為具象的樣本的德育教育方式，收到了很好的效果。在忙於日常管理工作的同時，杜金香還抽時間親自撰寫這方麵的教材，比如，記錄醫學專家談如何成才的《德藝雙馨之路》、醫學教育楷模談治學行醫之道的《智慧之光》。與此同時，杜金香還重視加強學生在臨床醫學倫理學方麵的教育。她為此出版了《臨床醫學倫理學概論》和《醫學倫理學教程》，加強學生在這方麵的素質培養。
身體是革命的本錢，作為未來的醫生，如果沒有好的身體做支撐，即便思想境界再高、醫術水平再精湛，也很難將這個職業完美地進行到底。而且醫生，尤其是一線坐診和臨床醫生，更是經常需要為了工作加班、倒班，如果在學校期間就通過引導培養他們對體育鍛煉的興趣，這將會使他們養成良好的運動生活習慣。為了讓學生全麵發展，除了特定時期的軍事訓練，學校還非常重視通過日常體育鍛練來提高學生的身體素質。但是，枯燥的“跑、跳、投”這樣的傳統體育課已無法激起學生們的興趣，為此，首醫不僅改變了傳統的授課方式，還增設了許多廣受歡迎的課程，如遊泳、太極拳、健美操等，並進行學生體質健康測試，根據測試結果，指導學生如何進一步參加體育鍛煉。
加強黨建，以人為本
杜金香在首醫科擔任了17年的黨委書記，黨建工作一直是她工作的重心。在黨委領導下的校長負責製體製下，如何發揮黨委領導的核心作用，是杜金香一直不斷探索的問題。她認為，黨建工作是做人的工作，做人的工作就要滿足人的需求。為此，無論是學校頂層設計的戰略統籌，還是每一位師生的切身利益，杜金香都以陽光的心態來成就，力爭把“人的工作”做到極致。
正是因為多年來始終堅持“以人為本”的管理經驗，才使得杜金香在加強黨政領導班子建設、思想理論建設、製度建設、能力建設和作風建設中，贏得了廣大師生的信賴和認可，為一係列工作的開展鋪平了道路。也正因如此，才使得首都醫科大學在學科建設、人才培養、科學研究、社會服務、師資隊伍建設和國際交流合作方麵取得了顯著成績，進入學校發展的新時期。
作為黨委領導下的校長負責製，杜金香雖然是黨政領導班子的班長，但她從來不獨斷專行。她始終認為，在學校的發展建設中，校級領導班子的和諧非常重要。一個團結奮進、求真務實、真抓實幹且能贏得群眾信任的領導班子是學校發展的前提。為此，她在推行自己的觀點時，從來不以“命令性”或“政策性”的方式壓製領導班子裏的其他聲音，發揚民主集中製的原則，是她一貫堅持的作風。而且，她與負責行政的校長一直相處得和諧融洽。他們共同合作17年，使首醫形成了一個堅強有力的領導核心，使學校出現了良性運行的工作局麵。即便是她擔任黨委書記之初，與她一起上任的校長到國外攻讀博士，幾年中她一個人扛著學校發展的大旗負重前行的情況下，她也沒有任何怨言。在黨政領導班子的合作過程中，杜金香和校長各自發揮所長，各盡其責。身為黨委書記，她負責全校的思想政治工作，使大家思想統一，行動一致。對於校長在業務方麵提出的想法，她總是給予積極的配合，支持校長把想幹的事幹成。在工作中，杜金香堅持放棄個人的東西，視學校事業發展為重。上行下效，由於黨政領導班子作出了榜樣，中層領導幹部紛紛效仿，乃至廣大教職員工也以和諧為重，以大局為重，首都醫科大學在全校形成了團結向上、積極進取的校園氛圍。外界對首醫人的評價是：首醫人善良友好，首醫是北京南邊的一塊淨土。
在思想理論建設方麵，杜金香注重通過學習來提高領導班子和廣大黨員的思想覺悟和理論水平。她帶領領導班子成員認真學習中央、教育部、北京市委的精神，使大家不斷增強理論思維和辯證思維，始終保持政治上的清醒和堅定，始終堅持社會主義的辦學方針，在思想上、政治上、行動上與黨中央保持高度一致。杜金香擔任黨委書記之際，正是隨著改革開放的進一步深入，資產階級自由化風潮興起泛濫的時候。於是，她把加強廣大師生的政治思想工作，保持正常秩序，鞏固和發展安定團結的局麵當作是繁重而艱巨的任務。為此，在1989年春夏之交的政治風波中，首醫在校黨委的領導下，各級黨組織堅決貫徹黨中央的指示，動員與教育廣大師生旗幟鮮明地堅持四項基本原則。由於在關鍵時刻保持清醒的頭腦，堅決維護黨的聲譽，對待學生也是既愛護又把關，處理事情的分寸拿捏到位，使學校平穩地度過了這一非常時期。