在以上述核算對象為基礎進行成本核算的同時，開展醫療全成本核算的地方或醫院，應將財政項目補助支出所形成的固定資產折舊、無形資產攤銷納入成本核算範圍；開展醫院全成本核算的地方或醫院，還應在醫療成本核算的基礎上，將科教項目支出形成的固定資產折舊、無形資產攤銷納入成本核算範圍。
第三十條科室成本核算是指將醫院業務活動中所發生的各種耗費以科室為核算對象進行歸集和分配，計算出科室成本的過程。
（一）科室區分為以下類別：臨床服務類、醫療技術類、醫療輔助類和行政後勤類等。臨床服務類指直接為病人提供醫療服務，並能體現最終醫療結果、完整反映醫療成本的科室；醫療技術類指為臨床服務類科室及病人提供醫療技術服務的科室；醫療輔助類科室是服務於臨床服務類和醫療技術類科室，為其提供動力、生產、加工等輔助服務的科室；行政後勤類指除臨床服務、醫療技術和醫療輔助科室之外的從事院內外行政後勤業務工作的科室。
（二）科室成本的歸集。
通過健全的組織機構，按照規範的統計要求及報送程序，將支出直接或分配歸屬到耗用科室，形成各類科室的成本。成本按照計入方法分為直接成本和間接成本。
直接成本是指科室為開展醫療服務活動而發生的能夠直接計入或采用一定方法計算後直接計入的各種支出。間接成本是指為開展醫療服務活動而發生的不能直接計入、需要按照一定原則和標準分配計入的各項支出。
（三）科室成本的分攤。
各類科室成本應本著相關性、成本效益關係及重要性等原則，按照分項逐級分步結轉的方法進行分攤，最終將所有成本轉移到臨床服務類科室。
先將行政後勤類科室的管理費用向臨床服務類、醫療技術類和醫療輔助類科室分攤，分攤參數可采用人員比例、內部服務量、工作量等。
再將醫療輔助類科室成本向臨床服務類和醫療技術類科室分攤，分攤參數可采用人員比例、內部服務量、工作量等。
最後將醫療技術類科室成本向臨床服務類科室分攤，分攤參數可采用工作量、業務收入、收入、占用資產、麵積等，分攤後形成門診、住院臨床服務類科室的成本。
第三十一條醫療服務項目成本核算是以各科室開展的醫療服務項目為對象，歸集和分配各項支出，計算出各項目單位成本的過程。核算辦法是將臨床服務類、醫療技術類和醫療輔助類科室的醫療成本向其提供的醫療服務項目進行歸集和分攤，分攤參數可采用各項目收入比、工作量等。
第三十二條病種成本核算是以病種為核算對象，按一定流程和方法歸集相關費用計算病種成本的過程。核算辦法是將為治療某一病種所耗費的醫療項目成本、藥品成本及單獨收費材料成本進行疊加。
第三十三條診次和床日成本核算是以診次、床日為核算對象，將科室成本進一步分攤到門急診人次、住院床日中，計算出診次成本、床日成本。
第三十四條為了正確反映醫院正常業務活動的成本和管理水平，在進行醫院成本核算時，凡屬下列業務所發生的支出，一般不應計入成本範圍。
（一）不屬於醫院成本核算範圍的其他核算主體及其經濟活動所發生的支出。
（二）為購置和建造固定資產、購入無形資產和其他資產的資本性支出。
（三）對外投資的支出。
（四）各種罰款、讚助和捐贈支出。
（五）有經費來源的科研、教學等項目支出。
（六）在各類基金中列支的費用。
（七）國家規定的不得列入成本的其他支出。
第三十五條醫院應根據成本核算結果，對照目標成本或標準成本，采取趨勢分析、結構分析、量本利分析等方法及時分析實際成本變動情況及原因，把握成本變動規律，提高成本效率。
第三十六條醫院應在保證醫療服務質量的前提下，利用各種管理方法和措施，按照預定的成本定額、成本計劃和成本費用開支標準，對成本形成過程中的耗費進行控製。
醫院應建立健全成本定額管理製度、費用審核製度等，采取有效措施糾正、限製不必要的成本費用支出差異，控製成本費用支出。
第六章收支結餘管理
第三十七條收支結餘是指醫院收入與支出相抵後的餘額。包括：業務收支結餘、財政項目補助收支結轉（餘）、科教項目收支結轉（餘）。當期各類收支結餘計算公式如下：
業務收支結餘=醫療收支結餘+其他收入-其他支出
其中：醫療收支結餘=醫療收入+財政基本支出補助收入-醫療支出-管理費用
財政項目補助收支結轉（餘）=財政項目支出補助收入-財政項目補助支出
科教項目收支結轉（餘）=科教項目收入-科教項目支出
第三十八條業務收支結餘應於期末扣除按規定結轉下年繼續使用的資金後，結轉至結餘分配，為正數的，可以按照國家有關規定提取專用基金，轉入事業基金；為負數的，應由事業基金彌補，不得進行其他分配，事業基金不足以彌補的，轉入未彌補虧損。實行收入上繳的地區要根據本地實際，製定具體的業務收支結餘率、次均費用等控製指標。超過規定控製指標的部分應上繳財政，由同級財政部門會同主管部門統籌專項用於衛生事業發展和績效考核獎勵。
財政項目補助收支結轉（餘）、科教項目收支結轉（餘）結轉下年繼續使用。
國家另有規定的，從其規定。
第三十九條醫院應加強結餘資金的管理，按照國家規定正確計算與分配結餘。醫院結餘資金應按規定納入單位預算，在編製年度預算和執行中需追加預算時，按照財政部門的規定安排使用。醫院動用財政項目補助收支結轉（餘），應嚴格執行財政部門有關規定和報批程序。
第七章流動資產管理
第四十條流動資產是指可以在一年內（含一年）變現或者耗用的資產。醫院的流動資產包括貨幣資金、應收款項、預付款項、存貨等。
第四十一條貨幣資金包括現金、銀行存款、零餘額賬戶用款額度等。醫院應當嚴格遵守國家有關規定，建立健全貨幣資金管理製度。
第四十二條應收及預付款項是指醫院在開展業務活動和其他活動過程中形成的各項債權，包括應收醫療款、預付賬款、財政應返還資金和其他應收款等。
醫院對應收及預付款項要加強管理，定期分析、及時清理。
年度終了，醫院可采用餘額百分比法、賬齡分析法、個別認定法等方法計提壞賬準備。累計計提的壞賬準備不應超過年末應收醫療款和其他應收款科目餘額的2%—4%。計提壞賬準備的具體辦法由省（自治區、直轄市）財政、主管部門確定。
對賬齡超過三年，確認無法收回的應收醫療款和其他應收款可作為壞賬損失處理。壞賬損失經過清查，按照國有資產管理的有關規定報批後，在壞賬準備中衝銷。收回已經核銷的壞賬，增加壞賬準備。
第四十三條存貨是指醫院為開展醫療服務及其他活動而儲存的低值易耗品、衛生材料、藥品、其他材料等物資。
購入的物資按實際購入價計價，自製的物資按製造過程中的實際支出計價，盤盈的物資按同類品種價格計價。
存貨要按照“計劃采購、定額定量供應”的辦法進行管理。合理確定儲備定額，定期進行盤點，年終必須進行全麵盤點清查，保證賬實相符。對於盤盈、盤虧、變質、毀損等情況，應當及時查明原因，根據管理權限報經批準後及時進行處理。
低值易耗品實物管理采取“定量配置、以舊換新”等管理辦法。物資管理部門要建立輔助明細賬，對各類物資進行數量、金額管理，反映低值易耗品分布、使用以及消耗情況。低值易耗品領用實行一次性攤銷，個別價值較高或領用報廢相對集中的可采用五五攤銷法。低值易耗品報廢收回的殘餘價值，按照國有資產管理有關規定處理。
醫院要建立健全自製藥品、材料管理製度，按類別、品種進行成本核算。自製藥品、材料按成本價入庫。
第八章固定資產管理
第四十四條固定資產是指單位價值在1000元及以上（其中：專業設備單位價值在1500元及以上），使用期限在一年以上（不含一年），並在使用過程中基本保持原有物質形態的資產。單位價值雖未達到規定標準，但耐用時間在一年以上（不含一年）的大批同類物資，應作為固定資產管理。
醫院固定資產分四類：房屋及建築物、專業設備、一般設備、其他固定資產。
圖書參照固定資產管理辦法，加強實物管理，不計提折舊。
第四十五條固定資產按實際成本計量。
（一）外購的固定資產，按照實際支付的購買價款、相關稅費、使固定資產達到預定可使用狀態前所發生的可歸屬於該項資產的運輸費、裝卸費、安裝費和專業人員服務費等相關支出作為成本。
以一筆款項購入多項沒有單獨標價的固定資產，按照同類或類似資產價格的比例對購置成本進行分配，分別確定各項固定資產的成本。
（二）自行建造的固定資產，按照國家有關規定計算成本。
（三）融資租入的固定資產，按照租賃協議或者合同確定的價款、運輸費、運輸保險費、安裝調試費等作為成本。
（四）無償取得（如無償調入或接受捐贈）的固定資產，其成本比照同類資產的市場價格或有關憑據注明的金額加上相關稅費確定。
大型醫療設備等固定資產的購建和租賃，要符合區域衛生規劃，經過科學論證，並按國家有關規定報經主管部門會同有關部門批準。
第四十六條在建工程是指醫院已經發生必要支出，但按規定尚未達到交付使用狀態的建設工程。
醫院除按本製度執行外，還應按國家有關規定單獨建賬、單獨核算，嚴格控製工程成本，做好工程概、預算管理，工程完工後應盡快辦理工程結算和竣工財務決算，並及時辦理資產交付使用手續。
第四十七條醫院原則上應當根據固定資產性質，在預計使用年限內，采用平均年限法或工作量法計提折舊（固定資產折舊年限見附1）。計提固定資產折舊不考慮殘值。計提折舊的具體辦法由各省（自治區、直轄市）主管部門會同財政部門規定或審批。當月增加的固定資產，當月不提折舊，從下月起計提折舊；當月減少的固定資產，當月仍計提折舊，從下月起不提折舊；已提足折舊仍繼續使用的固定資產，不再計提折舊。
第四十八條為增加固定資產的使用效能或延長其使用壽命而發生的改建、擴建或大型修繕等後續支出，應當記入固定資產及其他相關資產；為維護固定資產的正常使用而發生的修理費等後續支出，應當計入當期支出。大型修繕確認標準由各省（自治區、直轄市）財政部門會同主管部門（或舉辦單位）根據當地實際情況確定。
第四十九條醫院應設置專門管理機構或專人，使用單位應指定人員對固定資產實施管理，並建立健全各項管理製度。
建立健全三賬一卡製度，即：財務部門負責總賬和一級明細分類賬，固定資產管理部門負責二級明細分類賬，使用部門負責建卡（台賬）。
大型醫療設備實行責任製，指定專人管理，製定操作規程，建立設備技術檔案和使用情況報告製度。
醫院應當提高資產使用效率，建立資產共享、共用製度。