第五十條醫院應當對固定資產定期進行實地盤點。對盤盈、盤虧的固定資產，應當及時查明原因，並根據規定的管理權限，報經批準後及時進行處理。
固定資產管理部門要對固定資產采取電子信息化管理，定期與財務部門核對，做到賬賬相符、賬卡相符、賬實相符。
第五十一條醫院出售、轉讓、報廢固定資產或者發生固定資產毀損時，應當按照國有資產管理規定處理。
第九章無形資產及開辦費管理
第五十二條無形資產是指不具有實物形態而能為醫院提供某種權利的資產。包括專利權、著作權、版權、土地使用權、非專利技術、商譽、醫院購入的不構成相關硬件不可缺少組成部分的應用軟件及其他財產權利等。
購入的無形資產，按照實際支付的價款計價；自行開發並依法申請取得的無形資產，按依法取得時發生的注冊費、聘請律師費等支出計價；接受捐贈的無形資產，按捐贈方提供的資料或同類無形資產估價計價；商譽除合作外，不得作價入賬。
無形資產從取得當月起，在法律規定的有效使用期內平均攤入管理費用，法律沒有規定使用年限的按照合同或單位申請書的受益年限攤銷，法律和合同或單位申請書都沒有規定使用年限的，按照不少於十年的期限攤銷。
轉讓無形資產應當按照國有資產管理規定處理。
第五十三條開辦費是指醫院籌建期間發生的費用，包括籌建期間人員工資、辦公費、培訓費、差旅費、印刷費以及不計入固定資產和無形資產購建成本的其他支出。
開辦費在醫院開業時計入管理費用。
第十章對外投資管理
第五十四條對外投資是指醫院以貨幣資金購買國家債券或以實物、無形資產等開展的投資活動。
對外投資按照投資回收期的長短分為長期投資和短期投資。投資回收期一年以上（不含一年）的為長期投資。
第五十五條醫院應在保證正常運轉和事業發展的前提下嚴格控製對外投資，投資範圍僅限於醫療服務相關領域。醫院不得使用財政撥款、財政撥款結餘對外投資，不得從事股票、期貨、基金、企業債券等投資。
投資必須經過充分的可行性論證，並報主管部門（或舉辦單位）和財政部門批準。
第五十六條醫院投資應按照國家有關規定進行資產評估，並按評估確定的價格作為投資成本。
醫院認購的國家債券，按實際支付的金額作價。
第五十七條醫院應遵循投資回報、風險控製和跟蹤管理等原則，對投資效益、收益與分配等情況進行監督管理，確保國有資產的保值增值。
第十一章負債管理
第五十八條負債是指醫院所承擔的能以貨幣計量，需要以資產或者勞務償還的債務。包括流動負債和非流動負債。
流動負債是指償還期在一年以內（含一年）的短期借款、應付票據、應付賬款、預收醫療款、預提費用、應付職工薪酬和應付社會保障費等。
非流動負債是指償還期在一年以上（不含一年）的長期借款、長期應付款等。
第五十九條醫院應加強病人預交金管理。預交金額度應根據病人病情和治療的需要合理確定。
第六十條醫院應對不同性質的負債分別管理，及時清理並按照規定辦理結算，保證各項負債在規定期限內歸還。因債權人特殊原因確實無法償還的負債，按規定計入其他收入。
第六十一條醫院原則上不得借入非流動負債，確需借入或融資租賃的，應按規定報主管部門（或舉辦單位）會同有關部門審批，並原則上由政府負責償還。
醫院財務風險管理指標和借款具體審批程序由各省（自治區、直轄市）財政部門會同主管部門（或舉辦單位）根據當地實際情況製定。
第十二章淨資產管理
第六十二條淨資產是指醫院資產減去負債後的餘額。包括事業基金、專用基金、待衝基金、財政補助結轉（餘）、科教項目結轉（餘）、未彌補虧損。
（一）事業基金，即醫院按規定用於事業發展的淨資產。包括結餘分配轉入資金（不包括財政基本支出補助結轉）、非財政專項資金結餘解除限製後轉入的資金等。
事業基金按規定用於彌補虧損，用於彌補虧損的最高限額為事業基金扣除醫院非財政補助資金和科教項目資金形成的固定資產、無形資產等資產淨值。
醫院應加強對事業基金的管理，統籌安排，合理使用。對於事業基金滾存較多的醫院，在編製年度預算時應安排一定數量的事業基金。
（二）專用基金，即醫院按照規定設置、提取具有專門用途的淨資產。主要包括職工福利基金、醫療風險基金等。
職工福利基金是指按業務收支結餘（不包括財政基本支出補助結轉）的一定比例提取、專門用於職工集體福利設施、集體福利待遇的資金。
醫療風險基金是指從醫療支出中計提、專門用於支付醫院購買醫療風險保險發生的支出或實際發生的醫療事故賠償的資金。醫院累計提取的醫療風險基金比例不應超過當年醫療收入的1‰—3‰。具體比例可由各省（自治區、直轄市）財政部門會同主管部門（或舉辦單位）根據當地實際情況製定。
醫院應加強對職工福利基金和醫療風險基金的管理，統籌安排，合理使用。對於職工福利基金和醫療風險基金滾存較多的醫院，可以適當降低提取比例或者暫停提取。
其他專用基金是指按照有關規定提取、設置的其他專用資金。
各項基金的提取比例和管理辦法，國家有統一規定的，按照統一規定執行；沒有統一規定的，由省（自治區、直轄市）主管部門（或舉辦單位）會同同級財政部門確定。
專用基金要專款專用，不得擅自改變用途。
（三）待衝基金，即財政補助收入和科教項目收入形成的資本性支出淨值。
（四）財政補助結轉（餘），即醫院曆年滾存的有限定用途的財政補助結轉（餘）資金，包括從業務收支結餘轉入的基本支出結轉以及項目支出結轉（餘）。
（五）科教項目結轉（餘），即醫院尚未結項的科教項目累計取得科教項目收入減去累計發生支出後，留待以後按原用途繼續使用的結轉資金，以及醫院已經結項但尚未解除限製的科研、教學項目結餘資金。
（六）未彌補虧損，即事業基金不足以彌補的虧損。
第十三章財務清算
第六十三條醫院發生撤銷、劃轉、合並、分立時，應當進行清算。
醫院清算時，應由各級政府授權主管部門（或舉辦單位）、財政部門負責按有關規定組成清算機構，並在相關部門的監督指導下開展工作。清算機構負責按規定製訂清算方案，對醫院的財產、債權、債務進行全麵清理，對現有資產進行重新估價，編製資產負債表和財產清單、債權清單、債務清單，通知所有債權人在規定期限內向清算機構申報債權，提出財產作價依據和債權、債務處理辦法，做好國有資產的移交、接收、劃轉和管理工作，並妥善處理各項遺留問題。清算期間，未經清算機構同意，任何組織機構和個人不得處理醫院財產。
醫院財產包括宣布清算時的全部財產和清算期間取得的財產。
清算期間發生的財產盤盈、盤虧或變賣，無力歸還的債務，無法收回的應收賬款等按國有資產管理有關規定處理。
第六十四條在宣布醫院終止前六個月至宣布終止之日，下列行為無效：
（一）無償轉讓財產；
（二）非正常壓價處理財產；
（三）對原來沒有財產擔保的債務提供財產擔保；
（四）對未到期的債務提前清償；
（五）放棄應屬於醫院的債權。
第六十五條醫院撤銷時清償的順序為：
（一）清算期間發生的費用；
（二）應付未付的醫院職工的工資、社會保障費等；
（三）債權人的各項債務；
（四）剩餘資產經主管部門和財政部門核準後並入接收單位或上交主管部門。
醫院被清算財產不足以清償的，應先按照規定支付清算期間發生的費用，再按照比例進行清償。
第六十六條醫院清算完畢，清算機構應當提出清算報告，編製清算期間的收支報表，驗證後，報送主管部門（或舉辦單位）和財政部門審查備案。
第六十七條經國家有關部門批準宣布醫院劃轉、合並、分立時，其資產按照國有資產管理規定處理。
第十四章財務報告與分析
第六十八條財務報告是指反映醫院一定時期的財務狀況和業務開展成果的總括性書麵文件，包括資產負債表、收入支出總表、業務收入支出明細表、財政補助收支明細情況表、基本建設收入支出表、現金流量表、淨資產變動表、有關附表、會計報表附注以及財務情況說明書。
財務情況說明書主要說明醫院的業務開展情況、預算執行情況、財務收支狀況、成本控製情況、負債管理情況、資產變動及利用情況、基本建設情況、績效考評情況、對本期或下期財務狀況發生重大影響的事項、專項資金的使用情況以及其他需要說明的事項。
第六十九條醫院應通過相關指標對醫院財務狀況進行分析，具體分析參考指標詳見附2。
第七十條醫院應當按月度、季度、年度向主管部門（或舉辦單位）和財政部門報送財務報告。
醫院年度財務報告應按規定經過注冊會計師審計，具體辦法另行規定。
第七十一條醫院在辦理年度決算前，應對財產物資、債權、債務進行全麵清查盤點，並編製盤存表，對盤盈、盤虧、報廢、毀損等按本製度規定及時處理。
第十五章財務監督
第七十二條財務監督是根據國家有關法律、法規和財務規章製度，對醫院的財務活動及相關經濟活動所進行的監察和督促。
第七十三條財務監督的主要內容包括：預算管理的監督、收入管理的監督、支出管理的監督、資產管理的監督和負債管理的監督等。
第七十四條醫院的財務機構履行財務監督職責。醫院應當建立健全內部監督製度和經濟責任製。
第七十五條醫院財務監督應當實行事前監督、事中監督、事後監督相結合，日常監督與專項檢查相結合，接受財政、審計和主管部門（或舉辦單位）的監督。
第十六章附則
第七十六條醫院舉辦非獨立法人分支機構的收支是醫院財務收支的一部分，必須納入醫院財務統一管理。
第七十七條醫院必須在取得行醫資格之日起30日內，持批準文件向主管部門（或舉辦單位）進行財務登記，並由主管部門（或舉辦單位）向財政部門備案。
第七十八條醫院基本建設投資財務管理除按照本製度執行外，還應執行國家基本建設投資方麵的財務管理製度。
第七十九條各省（自治區、直轄市）財政部門和主管部門可依照本製度，結合本地實際情況，製定具體實施辦法，並報財政部、衛生部備案。
第八十條本製度由財政部、衛生部負責解釋。
第八十一條企業事業組織、社會團體及其他社會組織舉辦的非營利性醫院可參照本製度執行。
第八十二條本製度自2011年7月1日起在公立醫院改革國家聯係試點城市執行，自2012年1月1日起在全國執行。1998年11月17日財政部、衛生部發布的《醫院財務製度》（財社字〔1998〕148號）同時廢止。