後來，太子府和魏府的鬥爭越來越激烈，不幸地是，關鍵時刻，太子的腳生病，成了跛子。這時，他身邊的人都勸太子謀反，太子采納了他們的意見。他們暗中把兵器運到西宮。太子身邊的謀臣杜荷說：“一旦事情發生變故，必須迅速發動，太子你稱自己得了重病，皇上就一定會來探望，這樣就可以見機動手了。”
太子聽說齊王在齊州謀反時，對乞幹承基說：“這傻帽謀反管個屁，我隻要翻過牆，就可以殺進皇宮，哪有那麼困難？！”
太宗得知太子也謀反，氣得差點暈過去。太宗命令長孫無忌、房玄齡、李勣和大理寺、中書省、門下省一起來審理，結果情況屬實。
凡參與太子謀反的一律斬首，這其中有漢王李元昌、侯君集等。
侯君集曾追隨李世民南征北戰，沒想到……太宗親自審理了他。在堂上太宗語重心長地說：“我實在不忍心讓獄官來ling辱你，所以我親自來審問你。”
起初，侯君集並不承認，但是當他見到別人的供詞的時候，也隻好承認了。
太宗就群臣說：“君集曾經對朝廷有功，我想為他乞求赦免死罪，可以嗎？”
謀反在當時可是十惡不赦的大罪，群臣堅決不同意。
太宗無奈地望了一眼侯君集說：“看來，我和你要永別了。”說著，流下了眼淚。
侯君集撲倒在地，難過地無以複加。
可是，究竟怎麼來處理太子呢？太宗一想到長孫皇後，一下子心如刀割。
太宗問群臣：“該怎樣處理承乾呢？”
群臣無語，通事舍人來濟進諫說：“陛下是一個仁慈的父親，怎麼可以殺兒子呢？”太宗也不忍心殺自己的兒子，就把太子廢為庶人，囚禁於右領軍所。
太子承乾已經獲罪，魏王李泰便天天都宮中侍奉皇上，岑文本和劉洎也勸告太宗封魏王為太子，但是隻有長孫無忌始終都堅決請求立晉王李泰為太子。太宗對群臣說：“昨天李泰靠在我的懷裏說，‘如果我當了皇上，我一定要把兒子殺掉，把皇位傳給弟弟晉王’哪一個人不疼愛自己的兒子，我見到他這個樣子，非常憐愛他。”
諫議大夫褚遂良說：“陛下，這樣的話大錯呀！哪有一個父親不愛自己的兒子，哪裏還肯殺他把皇位傳給別人呢？陛下是你先前立承乾為太子，可是又寵愛魏王，禮數上又超過了太子，所以才釀成了今天的禍亂。陛下，要立魏王，希望先把晉王安置好，才能確保安然無恙！”
太宗聽完，大驚，是啊，也有自己的過錯啊……太宗想著，久久地陷入了沉思。。。
太宗曾親自責備承乾謀反，太子反駁：“我都是太子了，還能有什麼要求？！要不是李泰圖謀不軌，我哪裏會這樣？現在如果立李泰為太子，那正好就落進了他的圈套！！”
一天，太宗到了兩儀殿，群臣已走光，隻留下了長孫無忌、房玄齡、李勣、褚遂良，還有晉王李治。太宗無奈地說：“我三個兒子，一個弟弟，竟然都這樣？我真感到難過。。”
太宗於是投身撞倒在床上，長孫無忌等爭著向前去抱住太宗，太宗想拔劍，褚遂良把劍奪過來交給了晉王。
長孫無忌等請求太宗說出他的願望。
太宗歎了口氣說：“我想立晉王？”本來這是一個試探的疑問句。
長孫無忌立馬大喊：“我恭敬封守皇帝的詔命，誰敢異議，格殺勿論！”
太宗望著“仁弱”的李治說：“你舅舅都同意你為太子了，你應該感謝他!”
這場風波，最大的贏家居然是從來不受注意的晉王李治。。不知道這是曆史的偶然，還是必然。。。