一個規模化豬場每天排放大量的糞汙，如果不加處理，會給環境帶來很大的汙染，影響人類健康，製約它自身的可持續發展。而且病死豬的無害化處理也非常重要，養豬場即使在正常情況下也有3%～5%的死亡率。很多養豬場將病死豬隨意拋於河道、地間、路邊等，嚴重影響了環境衛生，也會導致疫病的傳播蔓延。豬場糞便及汙水合理的處理和利用，既可以防止環境汙染，又可以變廢為寶。豬場糞汙處理方法與其利用和飼養工藝有關。
一、糞便無害化處理和利用方法
1.作為肥料
豬糞可以直接作為農家肥施用。也可以通過好氧發酵法、厭氧發酵法、快速烘幹法、微波法、膨化法、充氧動態發酵法等方式在畜禽有機肥生產廠裏，先將豬糞進行加工處理成為適用於各種不同作物生產專用的有機肥後再施用。
2.作為畜禽飼料
豬糞既含有豐富的營養成分，如氮素、礦物質、纖維素，能作為取代飼料中某些營養成分的物質，但又含有大量的有毒有害物質，主要包括病原微生物（細菌、病毒、寄生蟲）、化學物質（如真菌毒素）、殺蟲藥、有害金屬、藥物和激素等。需經過加工消除有毒有害物質方可作為畜禽飼料。加工方法有：幹燥法、青貯法、有氧發酵法和分離法等。
3.作為能源
豬糞通過厭氧發酵能生產出沼氣，沼氣是極好的能源物質。豬糞通過厭氧發酵也解決了大型豬場的豬舍糞便汙染問題。生產沼氣不但可以利用大量糞便，殺滅病原菌和寄生蟲卵，而且開辟了對二次能源的利用。此外，由於沼氣生產過程中氮素損失較少，產氣後的沼渣汁含有較高的氮、磷、微量元素及維生素，可作為魚塘的良好餌料。沼液可用來喂豬，沼渣是一種無臭的良好肥料。
為使沼氣能順利生產，必須具備下列條件：良好的厭氧環境(發酵池必須嚴格密封)；適量的有機物和水分含量［畜糞等有機物與汙水之比為1∶（1.5～3）］；適當的溫度(25～35℃)；適宜的pH值(6.5～8.5)和合理的碳氮比例［（25～30）∶1］。
以萬頭豬場為例，需要建造5個100m3的沼氣池，即配種區、保育區各1個，育肥區3個。再建造1個1000m3的淨化池，150m3的貯氣罐1個，1000m3的集汙池1個。
二、尿液與汙水的無害化處理與利用方法
（一）汙水淨化
首先將衝洗豬舍產生的汙水排入生物塘、曝氣池或人工綠地，經過7～15d時間的有效淨化和吸收，降低生化需氧量（BOD）、化學需氧量（COD）。或者通過沼氣池處理，汙水通過厭氧發酵產生沼氣，同時降低汙水濃度，沼液和沼渣可以達到農田灌溉水質標準時，將處理後的汙水引入農田或灌溉稻田使用。
1.生物塘
生物塘主要是通過生物根係上附著的微生物降解有機汙染物，植物吸收汙水中的N、P元素達到淨化水質的目的。
處理工藝流程：汙水→溝渠→生物塘→排放
建議方式：一般在豬舍附近挖深0.5～1.0m的處理水塘，水麵種植水葫蘆和細綠萍等水生生物或者蔬菜、花卉等陸生植物。
2.人工綠地
人工綠地和人工濕地都是主要用於處理生活汙水。
人工生態綠地處理係統是在一般綠地的基礎上進行特殊結構設計的，由人工建造和監督控製的有一定長寬比的生態模塊。它利用模塊中基質、植物、微生物之間的相互作用，通過自然生態係統中的物理、化學和生物三者協同作用，達到對汙水的淨化處理。模塊主體為卵石、粗沙、細沙、微生物組成的填料床，並在床體表麵種植具有處理性能好、耐汙性好、適應能力強、根係發達且美觀的植物。汙水中的營養物質通過微生物降解，由植物吸收，植物通過光合作用吸取汙水中的富營養物質，同時植物通過光合作用提供微生物氧化反應所需的氧源。
處理工藝流程：汙水→糞池→預處理係統→生態綠地處理→排放
3.沼氣池
沼氣處理主要是利用厭氧生物汙水處理技術對規模化畜禽養殖場汙水進行處理。