但是12到13世紀的阿爾比教派、卡塔爾教派、帕塔蘭教派以及裏昂窮人自己的教派就不是這樣了，這些教派的勢力很快得到了擴張，教皇不得不加強已有的教規。但是，不管是這個舉措，還是十字軍在阿爾比的血腥屠殺，都沒有能夠阻擋這些所謂異端教派的發展，它們首先在土倫和阿爾比安營紮寨，通過激情洋溢的勸說拉了不少新人入教，逐漸征服了佩裏戈爾以及周圍的省區，最後擴展到了整個法國南部地區。
後來沃杜瓦地區1160年由皮埃爾·德沃創建的一個宗教團體引起了教皇伊諾桑三世的極大不安，於是他毫不猶豫地發起了新一次的十字軍東征，比上一次阿爾比東征更為可怕。比如說，在貝齊埃，兩千個居民全被割喉而死，不分年齡和性別，還有七千多人被燒死。
正如我們已經指出過的那樣，在中世紀，異端分子一向被視作是對教堂神聖而至高無上的權力的挑釁，也是對世俗社會的侵犯。這就是為什麼異端行為常常要受到雙重的司法審判，一方麵是教會的，另一方麵是世俗的。
領主和王儲之所以和教會聯合起來對付異端分子，這是因為他們覺得，既然社會製度是建立在天主教信仰之上的，異端就是反叛，是謀反。於是在世俗和宗教的雙重壓力下，焚燒異端的柴堆燃遍了整個歐洲。
1229年．圖魯茲在國王的支持下，成立了一個特別教會法庭，專司揭發和懲治異端分子。
1231至1233年間，格雷瓜爾九世頒布了三道聖諭，宣布在整個基督教國家推廣這種特別教會法庭體製。最後一道聖諭取消了神父在異端分子訴訟案上的預審權，而交由多米尼克才創立的多明我修土會處理。多明我修土會與方濟各修女會經常聯合在一起，構成了宗教裁判所，成了所謂的宗教的正統派。很多人都是以他們為中心辦事，陪審官、推事、神學家、跑腿的、公證人、書記、訴訟記錄保管員……訴訟的場麵非常排場。
他們可以不經過上訴就將人逮捕，不管是世俗的，還是宗教的最高權力機構在任何情況下都應給予他們絕對的支持，除非他們本人也犯下了同等嚴重的罪行。
宗教審判所的訴訟程序有三點特別之處：一是有關審判的一切絕對保密；二是罪犯要進行所謂有益的仔侮；三是宗教裁判所的司法權甚至可以超越墳墓，也就是說哪怕一個死人也可以遭到格控、審判乃至行刑，他的屍體可以被挖出來，扔到火裏。通常，這類審判到最後要把犯人的骨灰撒至風中。在這種情況下，行刑者要在柴堆行將熄滅時走近去，用鏟子鏟上一點熱骨灰，撒向空中。
開始時宗教裁判所還隻限於對異端邪說進行審判，但是很快，它就可以審理叛教罪、巫術和煉金術。
在用刑方麵宗教裁判所也享有特權。在宗教裁判所，用刑是審判的必要程序之一，但是如果犯人是在自由的狀態下招認的供詞，法庭根章不會予以承認。這樣，犯人應該說是掉進了訴訟的陷院，因為他必須回到他在重刑逼供之下的供詞，說自己是個不知改悔的、頑固的、固態複萌的異端分子，這時他會立即被轉移到世俗法庭，由世俗法庭的法官執行火刑。
差不多所有的基督教國家都建立了宗教裁判所，但是從1232年開始，宗教裁判所經常和權力尚存的聖公會聯合起來進行審判。
14世紀時，宗教裁判所變本加厲地對新教教徒，甚至對所有懷疑與改革有關的學者和文學家進行迫害。
艾蒂安·多萊，一個人道主義者．一個印刷廠廠主，1546年在巴黎被活活燒死，僅僅是因為他譯了柏拉圖的一段對話，裏麵否定了靈魂不朽說，並且說自己曾在某些禁日裏滿足過肉欲。
在法國，宗教裁判所一直受到妒忌其他權力的王權的監控。但是盡管如此，我們還是可以說它享有一定程度的自由。是它點燃了焚燒新教教徒的柴堆，在所有新教教徒膽敢與天主教徒作對的地方，在所有他們取得勝利的地方，他們都遭到了殘酷折磨，死於殘酷的折磨之下。16世紀初的路德改革帶來了許許多多新的宗教團體，聖體形式主義教派、公體火炬教派、二律背反論派、多數派、再浸禮教派等等，所有的教派都經過火刑的洗禮。
宗教裁判所曾一度被取消，後在弗朗索瓦一世治下又得以恢複。1560年，羅莫蘭庭法令徹底廢除了宗教裁判所製度，又把這項與異端邪說作鬥爭的權力還給了聖公會，也就是說那些主教們。事實上，審判的力度並沒有因此得到削減。
在西班牙，宗教裁判所對教皇的聖諭具有極為寬泛的解釋權，因此它尤具權威。而這一點在費爾迪南五世和伊莎貝爾治下更是發揮到極致，他們幹脆設立了國家宗教裁判所。自此以後，西班牙宗教裁判所與其說是一個宗教機構，還不如說是一個政治機構。今天，我們都認為，西班牙國王長期征戰贏得莫爾地區後，正是宗教裁判所使之得以實現統一，並且全國隻信一個教：天主教。把所有不信天主教的人都送上柴堆：猶太人、莫爾人、新教教徒、改革教派。在國王的手下。宗教裁判所這部可怕的機器亦成了不必明說的收入來源，對異端分子和其他犯人的掠奪成了豐富國庫的一個重要手段。要知道，那時候的教士可絕對不比常人清貧。