當年陝北的“肅反”運動，不僅在當時當地造成了惡劣的影響，釀成了大患，就是在後來的幾十年中，因陝北“肅反”所引發的仇怨進而導致黨內鬥爭激化的事例依然不斷。陝北“肅反後遺症”直到上世紀90年代還糾纏不清。
當年，正在長征途中的毛澤東已經對北上建立根據地作了最壞的估計。假如西北根據地喪失了，就不存在後來的革命形勢，這也就是毛澤東後來所說的“也是陝北救了中央”、周恩來所說的“互救”的本源所在。這個當時在第二次國內革命戰爭中僅存的、唯一的一塊能給黨中央和中央紅軍的武裝鬥爭提供落腳點的根據地，卻因為“肅反”運動的濫捕濫殺，差點兒被淪陷斷送了。
1935年9月，以毛澤東為代表的中共中央和中央紅軍突破天險臘子口，到達哈達鋪鎮後，毛澤東同誌從國民黨政府發出的一份“圍剿”劉誌丹的布告，和一張“紅軍占領中心城市”瓦窯堡的傳單中，才判斷出陝北有紅軍、有根據地。因為那些布告和傳單中說“陝北劉誌丹20萬共匪正在受到圍殲”。
毛澤東同誌一聽到這個消息，立即把賈拓夫同誌找來，向他了解劉誌丹和陝北紅軍的情況。賈拓夫同誌說，他離開陝西已經一年多了，不清楚現在是什麼情況。但是，毛澤東卻果斷地說：劉誌丹領導的紅軍不要說是20萬，就是有兩萬也好。於是他任命賈拓夫為白區工作部部長，並由王首道、賈拓夫、劉向三等同誌組成先遣隊，前去尋找劉誌丹和陝北紅軍。隨後，在通渭縣榜羅鎮召開的中央政治局常委會上，毛澤東和黨中央正式決定，長征的目的地是陝北，將中共中央和中央紅軍的落腳點放在陝北。
1935年10月19日，中共中央和中央紅軍突破國民黨軍隊的圍追堵截，到達西北根據地吳起鎮（今吳旗縣城）。11月3日，中共中央政治局在甘泉縣下寺灣召開常委會議，聽取陝甘晉省委副書記和西北軍委主席聶洪鈞彙報工作。當他們彙報到“肅反”問題時，毛澤東立即下令：“刀下留人，停止捕人，一切聽候中央解決。”在甘泉縣下寺灣召開的中共中央政治局常委會上，毛澤東還說：“我們剛剛到陝北，僅了解到一些情況，但我看到人民群眾的政治覺悟很高，懂得許多革命道理，陝北紅軍的戰鬥力很強，蘇維埃政權能牢固地堅持下來，我就相信創造這塊根據地的同誌們是黨的好幹部。”這時，黨中央正忙於戰事，就先派國家保衛局局長王首道和賈拓夫等同誌組成工作組，前往陝甘晉省委駐地瓦窯堡調查並製止“肅反”。
11月5日，王首道等人抵達瓦窯堡。王首道等同誌來後，首先對陝甘晉省委製造的“肅反”進行了全麵接管，製止了殺人行動。王首道時任國家政治保衛局副局長（局長由常委親自兼任），又帶有中央的特殊使命，戴季英當然不敢對抗，乖乖交出了“肅反”案卷。但是，他還不忘專門叮囑王首道，這些人包括劉誌丹在內都是“右派反革命”。對於戴季英那種惡劣的態度，事後連平素以風度儒雅、寬以待人著稱的周恩來同誌都不禁恨恨說道：“像劉誌丹這樣的‘假革命’，是越多越好；像你這樣的‘真革命’，一個沒有才好。”
王首道先去找到了還在羈押的劉誌丹等人。劉誌丹對王首道說：“我承認我是有錯誤的，組織審查是應該的，但我是光明磊落的。紅25軍來到陝北，對我們幫助很大，現在中央又派人來，我非常高興。”（王首道《王首道回憶錄》，解放軍出版社1988年版）劉誌丹雖然飽經牢獄之苦，卻絲毫沒有個人怨言。
毛澤東在前線指揮作戰的同時，十分關注陝北的肅反問題，他和周恩來、彭德懷從前線致電張聞天、博古，十分肯定地指出：“錯捕有一批人，定係事實”，要糾正錯誤，處理要慎重。中共中央決定成立以董必武任主任的五人“黨務委員會”，審查錯誤的“肅反”運動。五人“黨務委員會”的成員有董必武（主任）、王首道（中央保衛局副局長）、張雲逸（代表軍委）、李維漢（中央組織部部長）、郭洪濤（陝甘晉省委副書記）。他們的工作任務就是前往瓦窯堡調查並糾正“肅反”的錯誤。臨行前，毛澤東語重心長地叮囑他們：殺頭不能像割韭菜那樣，韭菜割了還可以長起來，人頭落地就長不攏了。如果我們殺錯了人，殺了革命的同誌，那就是犯罪的行為。大家要切記這一點，要慎重處理。
直羅鎮戰役結束後，毛澤東等人從前線回到瓦窯堡，不顧連日征戰的疲勞，就和中央其他負責同誌一起，認真聽取“黨務委員會”五人小組關於審查“肅反”案件的彙報。在聽取了關於審查劉誌丹“案件”的彙報後，毛澤東明確指出：“逮捕劉誌丹等同誌是完全錯誤的，是莫須有的誣陷，是機會主義，是‘瘋狂病’，應予立刻釋放。”毛澤東還號召全黨、全軍同誌一定要進一步加強團結，一致對敵。 經過審查，於11月初將劉誌丹等受誣被捕人員全部釋放。