當時已經是10月份，西北已是秋冬之際，夜晚的寒冷不言而喻，可是那些被捕的同誌一律不準蓋被子，手腳都是被捆著睡覺的，綁人的繩子上麵都長滿了虱子，半夜翻身都要喊“報告”，動輒就要受到皮鞭、刀背的毆打。（習仲勳《紅日照陝甘》，載《習仲勳文選》，中央文獻出版社1995年版）
中央代表團的“肅反”領導人，除了指使戴季英的政治保衛局在原紅26軍的前線和後方大搞“肅反”、抓人整人之外，還派人到陝甘邊和關中地區等革命根據地進行“肅反”。所到之處，同樣是大肆刑訊、殺戮，一時讓整個西北根據地內人人自危，一片“紅色恐怖”。
長達三個月的“肅反”運動，給中共西北根據地造成了深重的災難。王華同誌後來回憶道：“（當時）大家都處在人為刀俎，我為魚肉，人人自危的恐怖氣氛中。黨委、政府、軍委機關都癱瘓了，各項工作都處於停頓狀態。”（王華《陝北錯誤肅反回憶》，《延安文史資料》第10輯，延安市政協2006年編）
因為紅軍忙於內訌、“肅反”，大片根據地淪喪，人心、軍心空前動蕩，幾個縣先後“反水”。更為嚴重的是，當時陝北的老百姓都在傳說，紅25軍就是白軍，他們是化裝成紅軍來陝北消滅紅26軍的，紅26軍的機關槍全部被25軍收繳了，紅26軍的戰士拿著標槍、大刀被人用槍逼著去衝鋒送死，劉誌丹、張秀山等人已經被他們殺害了……“左”傾路線執行者的這種倒行逆施行為，立即引起了群眾的疑慮和恐慌，根據地人人自危，軍心渙散。地主、富農乘機挑撥煽動，以致保安、安塞、定邊、靖邊等幾個縣都“反水”了，許多老百姓又投向了軍閥和國民黨，“紅區”又變成了“白區”。這時，第三次“圍剿”的國民黨軍隊又乘機大舉進攻，根據地日益縮小，陷入嚴重危機。習仲勳同誌後來回憶說：“‘左傾’機會主義路線的執行者的倒行逆施，引起了群眾的極大疑慮和恐懼，地主、富農乘機挑撥煽動、反攻倒算……根據地陷入嚴重的危機。”（習仲勳《紅日照陝甘》，載《習仲勳文選》，中央文獻出版社1995年版）
“肅反”所帶來的後果還隻是根據地的喪失，地主富農和反革命的的反攻倒算，更為嚴重的是，原來的三支紅軍隊伍，這時已經到了刀槍相見的地步。紅15軍團第81師師長賀晉年後來就對楊尚昆說：“如果中央不來，我們紅26軍就要同25軍他們打起來了。”（楊尚昆《楊尚昆回憶錄》，中央文獻出版社2001年版）這種局麵，正是劉誌丹當時去瓦窯堡自投羅網時就預料到了的。如果一旦成為現實，那後果真是不堪設想。
1935年發生在陝北的這次“左”傾“肅反”運動，從7月15日永坪會議作出的《反右傾取消主義決定》開始，到1935年10月24日，黨中央、毛主席率領中央紅軍到達甘泉縣下寺灣製止“肅反”時止，曆時三個多月。
在這個烏雲翻滾的日子裏，“左”傾錯誤路線的執行者把原西北工委和西北軍委的主要領導人劉誌丹、高崗、楊森、習仲勳、楊琪、惠子俊和張秀山等同誌全部逮捕下獄。當時西北軍委委員、紅27軍84師師政委張達誌也被撤職，被打入“肅反”的黑名單；陝甘邊、陝北兩個根據地以及紅軍的一些重要領導幹部張策、馬文瑞、王世泰、劉景範、黃羅斌、郭寶珊、任浪花、朱子休、張文舟、李啟明和紅26軍連以上的幹部，地方區以上的幹部，幾乎都被一網打盡，先後都被扣上“右派反革命”的帽子，關押獄中，遭到酷刑拷打。當時準備活埋他們的大坑都挖好了。
紅軍營長於震西被抓進去後，被“肅反”人員用匕首一刀一刀地紮，逼他承認自己是反革命。於震西直到死也沒有低頭，沒有誣陷自己的戰友和同誌。當年的陝北義勇軍首領郭寶珊同誌被審訊時，反問審訊者：“劉誌丹是什麼派？”
審訊者說：“劉誌丹是右派！”
郭寶珊則堅定地告訴他們：“劉誌丹是右派！我也是右派！”
由此可見劉誌丹在當時的影響和威望。
當時有的同誌被殺掉，有的被活埋，幸存者也被摧殘得體無完膚。經黨中央後來查證，那次“肅反”運動共“殺害了二百以上的西北黨政軍幹部”。