槍聲過後，第一支隊的警衛隊就一擁而上，奪了第二支隊戰士的槍，結果第二支隊全部被繳械了。
第二支隊被繳械後，謝子長就當眾宣布第二支隊全部解散，戰士各回各家，幹部一律開除出同盟軍，而且限定當日都要離開同盟軍。當天，就有朱理、馬錫五、張天、楊丕勝、賈生財、劉景範等40多名幹部和400多個戰士，含淚離開了同盟軍。劉誌丹和他的戰友們曆盡千辛萬苦、流血犧牲搞起的這支革命武裝，無辜地被自己的同誌搞突然襲擊給消滅了。這時劉誌丹也被軟禁起來，不允許其他人前去探視。劉誌丹的人生道路，又出現了一次意想不到的波折。
謝子長等人對第二支隊的錯誤處理，結果也引起了第一支隊的恐慌。當天晚上，第一支隊支隊長師儲傑等人就帶領第一支隊的二百多人，趁亂離開了同盟軍，向楊虎城投降了。這樣一來，反帝同盟軍最後就隻剩下楊棋帶的一個中隊和警衛隊，總共才有一百幾十個人，隨後就在三嘉原整編成立了“陝甘遊擊隊”。
——當然，已經整整80年過去了，關於當年在西北反帝同盟軍中發生的“三嘉原整編事件”的真相，隨著時間的推移，已經有多個“版本”問世，以上隻是其中之一。所以，這次事件發生的真正原因和後果，也就變得撲朔迷離了。不過在這次事件中，劉誌丹再一次遭到了迫害，這是不爭之事實。
“三嘉原整編事件”發生後的第三天，中共陝西省委巡視員就由西安來到了三嘉原，當天就把劉誌丹釋放了。3月下旬，劉誌丹到西安向省委彙報了這一事件的真實情況。劉誌丹當時認為，身為同盟軍總指揮的謝子長和其他領導人不調查研究，不作具體分析，僅因為當年晉西遊擊隊收編了那支販大煙的保運隊，就武斷地認定當年的整個南梁遊擊隊是“土匪武裝”，就要對主要是由南梁遊擊隊人員組成的第二支隊下手，這肯定是不對的。當時，陝西省委也曾對同盟軍主要領導人的這種作法批評說：“你們整天喊‘遊擊隊成分不好’，你們不加強教育，把我們的決議和指示不在群眾中傳達討論，封鎖起來，不讓群眾知道。因此，改造的辦法隻有把‘壞分子’開除，把整個部隊的武裝解除。”
但是不管怎樣說，在日寇大舉入侵的關鍵時刻，一支剛剛建立起來的革命武裝發生這樣的內耗，無論是對我黨的革命事業，還是對後來的抗日戰爭，都是一次重大的損失。
當時的實際情況是，劉誌丹領導的第二支隊是由當時的南梁遊擊隊改編而成的，其主要成員大部分是合水、慶陽、寧縣山區的貧農，剩下一部分是遊民無產者，他們都是為了反壓迫、反剝削來遊擊隊參加革命的。雖然其中也混入了少數當過土匪的人，但這在當時是不可避免的，也是不可怕的。這些遊民無產者雖然自由散漫、紀律性差，但他們打仗很勇敢，很有戰鬥力，這些人絕大多數是可以改造好的。他們一旦改造好了，對革命是很有用的。況且第二支隊，特別是南梁遊擊隊可是一支久經戰爭考驗的革命隊伍。
這支隊伍的主要成員，都是1930年10月劉誌丹在太白鎮起義後參加南梁遊擊隊的，是劉誌丹親手建立起來的一支革命部隊。這支部隊能堅持下來，到西北反帝同盟軍成立時，仍保留有一支四百多人的部隊，除黨的正確領導和人民群眾的支持外，和劉誌丹的正確領導和精心培養是分不開的。這支隊伍中有一批久經考驗的革命戰士，趙連璧、楊丕勝、賈生財等人就是他們的代表。