曾有學者提出，蓬萊三號船“主要航行於中國北方和朝鮮半島地區”；由於“外板受海蛆蛀蝕，艙內已開始進水，雖經艙內的臨時修複，但已不能長期航行返回高麗，因此最後隻能遺棄在蓬萊水城內”。但實際情況並非如此簡單。事實上，蓬萊所發現的韓國古船，向學術界提出了許多問題：這兩艘韓國古船是在中國建造的，還是在高麗建造的？它們為什麼會停泊在蓬萊水城內？它們是民間的商船，還是外交使節所乘的官船？更加重要的是，這兩艘古船的發現，對東亞造船史上的一些傳統觀點提出了挑戰。例如，傳統上認為，韓國古船是沒有隔艙板與肋骨的，而蓬萊1號韓國古船中卻有6-7個隔艙板，每個隔艙板的前後部都有肋骨。2007年，中國和韓國的兩位學者對蓬萊古船在東亞造船史所提出的挑戰進行了很好的概括：“根據專家學者們的觀點，可以總結出蓬萊高麗古船的幾個特點：首先是具有韓船的結構特點——船底是由長槊貫通的3條平衡木材組成的，舷板采用了搭接法並用皮槊來進行連接，首桅是可以向後傾倒韓式船桅；其次還具有中國古船的特點——底板的中間部位設置了補強材，安裝了隔艙板提高船體的橫向強度，主桅可以向前傾倒。但是在隔艙板前後都設有肋骨的做法和所使用的軟質的桐油石灰撚料，迄今為止在中國古船上並沒有發現，因此它具有獨特的特點。”這些學術難題，不僅涉及東亞造船史，而且還涉及海上絲綢之路其他問題的研究，很值得各國學者繼續共同探討。
3.寧波市象山縣海船
1994年，寧波市象山縣塗茨鎮後七埠村的一個磚瓦廠取土時發現了一艘保存較好的明代海船，殘長23.7米，殘寬4.9米，共有13個船艙。這艘船“最具特點的是存在縱向從2號隔艙壁開始，穿過3至12號各隔艙板的兩根‘龍筋’”。船上發現了一隻“比較典型的元代器物”小口瓶，也有多件明朝前期的龍泉窯瓷器，所以此船應是明朝前期的船隻。全船的船板是用質地堅硬的杉木製成的，首桅與主桅座用樟木。船上還有壓艙石、磚瓦等。發掘者認為，這艘古船與蓬萊古船有著許多“異曲同工”的相似之處，例如“它們的長寬比很接近；平麵造型也基本一致；船底為尖圓底或圓弧底；吃水較淺；都有前後兩段補強材和頭、中桅座；以及具有多道水密艙壁等特征”不過，有專家認為，與蓬萊古船不同的是，“象山海船很可能是一艘民間的運輸船而不是官家的戰船，雖然它仍是‘刀魚船’的船型”；船體兩側的圓弧形木構件，應當是“阻梗船舶搖擺”的“梗水木”，“這是象山船最為重要的發現之一”。
4.韓國新安海底沉船
1976年，韓國漁民在全羅南道新安郡道德島海麵作業時，發現一些中國瓷器，隨後，韓國政府組成了調查團，發現了一條沉沒於海底的木船。1976-1982年，韓國政府連續組織了8次海底打撈。沉船中所發現的文物非常豐富，包括2萬多件中國陶瓷器，金銀器、木器、漆器、石器、骨製品、玉製品，香料、藥物，甚至還有中國特色的賭具“骰子”。沉船中出土了364隻木牌，上麵寫著日本貨主或代理人的名字，日本“東福寺”的字樣以及10多個僧人的名字。船中的中國古銅錢可謂數量驚人，“僅1982年利用吸引軟管就打撈起18噸，這些銅錢都是中國鑄造的，包括唐、北宋、南宋、遼、金、西夏、元等各代產品”。特別值得一提的是，在發現的遺物中，有一個秤砣上鐫有“慶元路”的中文，慶元路正是元朝寧波的名稱。
新安沉船的發現，引發了熱烈的學術討論。例如，這艘是一艘中國船還是日本船？它的出發地是寧波，還是溫州，還是泉州或者福州？這艘船的目的地是朝鮮還是日本？等等。韓國政府在1988年出版的報告中認為：這是一艘用於遠洋貿易的中國海船；它的始發港是慶元(寧波)，出發的時間是在1323年左右；它的目的地是日本的博多；由於木牌上最多的名字是“東福寺”，所以，該船最大的貨主應當是日本京都的東福寺。盡管如此，還有“堆積如山”的問題尚未解決，例如：船籍是中國的還是日本的？船主是中國商人還是日本商人？船員是中國人還是日本人？此船是否僅僅往返於中國慶元(寧波)與日本博多之間？它中途是否曾在朝鮮半島的某個港口停靠？船上的貨物是否準備全部都運往日本博多？日本學者村井章介認為：“作為裝載貨物以外的遺物，有中國式的炊具、高麗式的匙、日本製的鏡子、硯台盒、漆碗、日本象棋的棋子、木屐、刀的護手、古瀨戶的瓶等各種各樣的生活用具。船員由中國、朝鮮、日本三民族混合而成，其中多數可能是日本人。”另一位日本學者三上次男認為：“這艘船是打算在日本和高麗結束交易後取道衝繩，再前往菲律賓，最後返航慶元府(寧波)的周遊船。……前麵述及有‘東福寺’記號的一件木牌，日本有的報紙僅根據這一點，就報道說該船是貨主是日本的東福寺，真是‘隻見樹木不見森林’，這種報道有害無益，這個木牌隻不過表示在該船貨物中包含有東福寺所訂購的一批陶瓷器而已經。”最近，還有韓國學者根據新安沉船上裝載的此行檀木，認為它應當是從泉州出發的，然後“一直沿著福州、溫州、慶元路線進行中介式航海”，“在向最終目的地日本博多航行過程中，經過高麗沿岸時遇難”。
在海底沉睡了700年的新安沉船，隱藏著許多關於海上絲綢之路的秘密。通過各國學者的共同努力，我們將會越來越多地知道這些秘密，知道古代海上絲綢之路的真相。