到了平反冤假錯案的1978年，於建嶸的父親剛剛平反4個月就因病去世，他的母親因此喪失了恢複工作的機會。未成年的姐姐帶著他四處上訪卻到處碰壁，堅強不屈的母親從此靠著撿拾破爛來養家糊口。1979年，17歲的於建嶸考入湖南師範學院政治係，童年時代的底層經曆，已經初步奠定了他時時處處為底層弱勢者著想的價值追求。在博士論文《嶽村政治：轉型期中國鄉村政治結構的變遷》中，於建嶸表白說，自己堅持不懈地到“嶽村”即湖南省衡山縣白果鎮紹莊村調查研究，“不是為了尋找故事，而是為了尋求學術的靈魂和學者的良心”。真切理解紹莊村的鄉親們“及其所代表的中國勞動群體的過去、現在和未來，是我對自己生命的承諾”。
正是基於這種根源於底層立場的生命承諾，於建嶸早在1984年就在《衡陽日報》記者的工作崗位上，獨立起草了一部《中華人民共和國新聞法（草案）——一個新聞和法律工作者的建議》。近年來他更是在不停的行走和不斷的筆耕中，奮力完成了《當代中國農民的維權抗爭：湖南衡陽考察》，《中國工人階級狀況：安源實錄》、《底層政治：對話和演講》等學術著作，在中國社會的底層研究和社會危機的應對治理方麵，樹立起一個又一個學術上的裏程碑：在《嶽村政治》中，他率先提出了重建農民協會的重大議題。在《安源實錄》中，他重新對工人階級的社會地位進行了定性。2004年8月，他適時發表了《土地問題已成為農民維權抗爭的焦點：關於當前我國農村社會形勢的一項專題調研》的課題報告。在信訪部門借助於《信訪條例》的修訂要求擴大部門職權的大背景下，他基於自己的社會調查和底層研究，不顧既得利益者的強烈反對，公開提出了逐步以法律製度和法律程序替代人治信訪的政策建議。為了解釋日益頻繁的社會群體事件的發生，他獨創了“社會泄憤事件”的學術概念。隨著世界範圍內的經濟危機的爆發，他又在《剝奪窮人生存權就會同歸於盡》等一係列文章中，大聲疾呼保障農民工和城市失業者最低限度的生存權利。
於建嶸的學術研究，之所以能夠在中國社會最為敏感的前沿地帶遊刃有餘，還得益於他與底層立場相關聯的底層心態、底層智慧及底層邊界。在私人交往中，他反複強調的兩句話：“在中國這個社會環境裏麵，第一不要把自己當人物；第二不要認為自己有別人特別是國家機器所不知道的小秘密和小動作。”
在我看來，可以把於建嶸的底層立場和底層研究歸結為一句話，就是用謙卑敬畏的低姿態正大光明地從事自己可以研究也應該研究的真問題和真學術，而不是像他所批評的一些學者那樣，動不動就采用“社會敵意事件”之類的高調概念危言聳聽地誤導社會輿論。具體點說，中國社會特別是底層社會最需要的是足以限製公共權力並且足以保障個體人權的製度創新和製度建設，而不是所謂的集體利益高於個體利益、少數人的利益服從於多數人的利益的空洞民主。相比於公共領域裏的民主參政、民主選舉的政治權力，以個人自由和私有財產為核心價值的更加底層也更加脆弱的私人權利，更加需要包括民間組織、民主選舉、司法獨立、權力製衡在內的多層次、全方位的剛性製度的強力保障。