京師大學堂章程關於考試的規定也很有新意，它放棄中國傳統書院含混不清的以文辭論高下的辦法，而主張采用西方大學成例，實行學分製。但是又借鑒中國傳統書院特別是梁啟超在湖南時務學堂的經驗，要求學生每天寫讀書心得交給老師進行考察。
章程第三章提出錄取學生的一般標準，大體為在職讀書的“幹部進修”類和未曾入仕的一般學生，並提出在學生中選拔那些高才者作為師範生單獨培養，以為新教育準備足夠師資力量，待其學成後分發各省學堂充當教習，從根本上改變中國教育體製。
先前各省設立了不少新式學堂，但如實說來卻很少培養出真正的人才，除了管理方法、教學方式等原因外，還有一個重要背景是這些學生無法在科舉考試體製下獲得真正的出身，所以那些具有一定天賦的學生不願到這些新式學堂就學。這也是新教育在這之前無法有效推廣的一個重要原因。
為了克服這樣的問題，京師大學堂章程充分注意到新教育體製下成長起來的新一代的出身問題，第四章建議政府變通科舉考試成例，參照東西洋各國經驗，製定一個標準，給學堂學生一個正式體麵的名分，從而鼓勵更多青年學子接受新教育，而不是繼續在科舉道路上學非所用，浪費青春。《總理衙門奏擬京師大學堂章程》，《北京大學史料》卷一，第87頁。
大學堂章程出來後，總理衙門廣泛征求各方麵意見並重點與日本駐華公使館進行過溝通，希望日本方麵能夠提供幫助。7月20日，總理衙門特別委派章京顧肇新、徐承焜到日本公使館當麵谘詢，征詢意見。林權助知無不言，言無不盡，提出許多有啟發意義的觀點。他認為，中國創設大學堂，最為現實要務，惟開辦之初，章程原不能完備；將來有不妥之處，應隨時酌改，期歸盡善。
就現有章程論，林權助認為，章程規定大學堂以中國學問為根本，最為扼要，斷無拋荒本國學問，專習外國學問之理。根據他的了解，各國新式教育大致都遵循這樣的原則。
林權助建議，大學堂的學生應令統學英文，其有意學他國語言者，亦隻可兼習。這是因為無論何國教習皆通英文，未必能通中文，若學生不習英文，彼此隔膜難以教授。
至於章程中所列各種學問，林以為以政治、礦學、工程三項為最緊要。中國現在急需此三項人才。衛生學亦是要務。至於兵學與文學不同，須另立學堂，不應列入大學堂內。
在談到學生出身時，林權助說，鑒於中國實際情況，大學堂畢業的各科學生，隻要學有成效，政府就應該頒發文憑，使之與正途出身的進士並重。這個意思應通過上諭的方式進行發布，令國內青年知識分子都知道這樣舉措，方能使年輕一代熱衷於新教育。
關於教習薪水，林權助根據自己的經驗建議說，如果每月三百兩，恐怕外國上等教習不肯來。上等教習約需六百兩。專門教習，不必專請西國人；如中國人有精通專門者，亦可令做教習。日本學堂開辦之始，皆用西國教習。經過至今大約三十年的發展，現在日本國的大學教習，差不多都換成了日本人，因為這些日本教習已充分掌握了西洋知識，與西洋知識進程處於同步狀態了，所以就不必重金聘請西洋人。至於中國，在新教育開辦之處，肯定要聘請西洋教習，如果需要日本教習，林權助表示日本政府願意幫助，可隨時商量。
大學堂章程中也曾談到學生的管理及經費補助等問題。林權助建議，按照日本學例，學生令自備資斧及日用夥食，購買書籍以及適量的學費等。對於那些非常貧窮的學生，學堂要想辦法給予適當補助；對於那些學品兼優的上等學生，學堂要設置獎學金，給予適當獎賞，以激勵學生的學習熱情。從東西洋各國經驗看，從來沒有對於學生的學習費用、生活費用全部擔負的先例，因為在這個教育階段，學生學成之後，就業機會大增，收入標準也與入學前不一樣，自己終身受益，因此不應在讀書階段完全依賴學堂免費供給。京師大學堂這樣的普通教育，畢竟不是武備學堂之類的教育機構，專為國家出力，所以免去一切費用。
從後來的情況看，林權助的一些建議被充分吸收到大學堂章程的修訂及實踐中去了，為中國新教育發展做出了貢獻。