皇上的震怒終於引起了官僚們的注意，但是要想讓這些思想上毫無準備的大臣在很短時間裏拿出詳盡方案，也委實過於難為。軍機大臣和總理衙門王大臣商量的結果，決定聘請西學名聲正隆的康有為主持起草京師大學堂章程，而不湊巧的是，康有為那些天也實在太忙，就轉請其弟子梁啟超動筆。這中間自然又要拖延數日。
大約就在梁啟超受命起草京師大學堂章程的同時，江南道監察禦史李盛鐸於6月30日上了一個奏折，就京師大學堂與中國整個教育體製的關係、選址原則、功課設定、款項籌措以及委派大臣出洋考察等提出具體建議，既及時緩解了軍機大臣和總理衙門王大臣的壓力，更對後來中國新教育的發展起到了相當重要的啟迪意義。
李盛鐸的建議共有五個要點，一是關於辦學章程。李盛鐸認為，根據各國經驗，普通教育體製基本上都是由小學升入中學，由中學升入大學，所以各國大學章程一般較中小學章程簡單，因為各種學術的詳細規章在中小學已有規定。而中國實際情況是，中學、小學教育體製並沒有建立，那麼將要設立的大學堂就不能不統轄管理中小學，不能不在東西洋各國已形成的大學章程上有所損益有所變革，將中小學教育融會貫通，斟酌參考。待中小學教育獲得充分發展後，大學堂還是應該回到大學創辦的本意上來，以從事高等教育為自己的基本功能。所以擬議中的大學堂章程應該以發展的眼光充分考慮中國教育在未來若幹年中會有突飛猛進的發展這一可能，既要考慮到目前中小學教育尚不完備的現實，又要考慮到大學教育的根本意義之所在。
關於辦學章程擬定的第二項考慮，李盛鐸以為是教育獨立化的原則。他在介紹日本大學體製時，主張將要創辦的大學堂應該參照日本經驗，設立相對獨立的評議會，以各科學長及教授為議員，由大學總長為議長。評議會的功能甚為完備，諸如各科設置、各種規製變更，學位授予等都應由評議會依據民主平等原則公議而後定。這樣，政府除了負責向大學堂撥款外，不必對大學堂內部事務過多幹預。
二是關於大學堂選址。李盛鐸指出，各國大學規模都比較宏大，中國在創辦之始，若稍存因陋就簡之見，則以後的發展必將遇到很多困難。以中國本身固有學問說，如天算、輿地、律例等均屬很重要的學科，斷不可廢；至於將要在大學堂引進的各種西學，更是門類繁多。有一種學問，必當立一專門之所，似不宜含混牽並，聊以充數。即如兵、農、工諸學，皆為今日之要務，但是開設兵學，須有操練演習的大操場；創辦農學，須有新技術新手段的試驗農場；至於工學，更需要有麵積龐大的試驗之區。此外，每一學堂中，要有圖書館、大禮堂、博物院等，凡此都是大學所不可或缺的設備。所以，李盛鐸建議，在創辦大學之初，決不能因一時困難稍存因陋就簡之想，必須要有長遠眼光、遠大理想、久遠規劃，應該將大學選在城外空曠之地，以為將來的發展預留足夠空間。即使各種學堂不能同時並舉，其暫時緩辦者，也應該有長遠考慮，為未來正式創辦預留地址，以便將來條件成熟時予以擴充。應該承認，李盛鐸的這些提醒很有世界眼光，可惜後來的主事者並沒有充分考慮這些意見。
三是關於大學堂的功課設置。李盛鐸指出，各國大學的課程設置都比較繁密，從早到晚，都有相應計劃與安排。中國的大學創辦之初即或稍事變通，但也不能太過簡單。大學堂設立後，除了錄取6月11日詔書提及的那些部院在職人員外，舉貢生監似可推廣及之。但必須進行嚴格甄別錄取，寧缺毋濫。大約已入仕獲得相應工作經驗者應該多習法科，因為他們已有相當實踐經驗；從未入仕者可以分別學習各種藝學，或者設立普通學科，以便使他們通過一定時間的學習，能夠通達時務，成為有用之才。學生的年齡在三十歲左右者，應該要求他們閱讀已翻譯成中文的西方著作；其年僅二十歲左右者，精力有餘，應該要求他們兼習各國語言文字，當然中文的要求對他們也不能降低。西方國家的大學每年春秋兩季都安排一次大考，連續三次考試不及格者，則勸他們退學。至於不守學校規章製度或舉止粗忽無禮者，或被開除，或被勸退。所以京師大學堂創立後，應該參照西方經驗，盡快製定相應規則。至於選定教習，李盛鐸建議，除了涉及所謂中學使用華人外，西學各門如華人確無專精者，可以考慮聘請日本人執教，日本的新學問最近若幹年蒸蒸日上，人才輩出，幾無不備。日本風氣性情，亦易相習，當然日本學者的薪水也較西方國家為低。
第四個問題是關於籌款。李盛鐸介紹了西方國家大學經費來源的主要渠道，強調東西洋各國對高等教育均極端重視，經費充裕。中國現在剛剛開始創辦新教育，頭緒萬端，故不能很快將經費提升至東西洋各國水準。然而政府必須高度注意大學堂及全國新教育經費的籌措，應該提供寬裕的籌資環境。如果經費太過緊促，比如學生的夥食太差，不要說那些部院人員不願在職就學，即一般學子中有才有誌者恐怕也未必願意來就學，結果幾年後肄業者皆平常無聊之人，與其少費而多濫竽充數之人，不如多費而得真才。或許有人認為現在國家經濟狀況並不是太好，經費籌措也不會太好，大學堂等新教育經費也不能有太高期望。這種說法在李盛鐸看來是沒有多少道理的。他指出，法國當年敗給德國後，國家經濟極端困難，但法國教育卻在那些年獲得了空前發展，法國人認為多費數千百萬之帑，而多數十百人才，則取償之數，固不可限量。現在中國政府既然將大學堂等新教育的發展視為“新政第一大舉動”，那麼其他方麵的費用可以盡量節省，而教育經費獨不可過於限製。中央政府及各省當局都應該設法為大學堂及各省將要創辦的中小學大力籌措經費，開拓經費來源。