不停的戰爭、查士丁尼一世的大興土木和鼠疫的後果給國家財政帶來了巨大的壓力。一部分居民因此陷入窮苦狀態對查士丁尼一世內政最重要的事件是532年的尼卡暴動。出於對查士丁尼一世的高稅政策的反抗以及保守派的元老的利用君士坦丁堡的兩個賽車隊和他們的支持者發動反對查士丁尼一世的暴動。查士丁尼一世當時已經以為他已經敗了，打算逃離君士坦丁堡，但他的妻子狄奧多拉皇後決定決一死戰。她派納西斯與一部分暴動者談判並說服他們支持查士丁尼一世，同時又派貝利薩留對暴動者的總部進攻。貝利薩留成功後對暴動者進行大屠殺，據當時的報道三萬人被殺。狄奧多拉事後正式被提升為查士丁尼一世的共治者。從541年開始鼠疫在整個拜占庭帝國蔓延。查士丁尼一世本人也得病，他最重要的法學家特裏波尼亞努斯甚至病死。這場傳染病的後果對拜占庭是非常嚴重的：由於糧食產量的減少饑荒爆發，再加上戰爭和多次地震的發生使得整個社會上有一種世界末日的感覺。可能因此查士丁尼一世在他統治的後期對神學非常重視。他的政策深刻地變了。加上戰爭中的敗績他後期的政治比他前期的政治要被動得多。查士丁尼一世最大的功績是將古羅馬的法律編成一部法典。這部民法大全於529年發表。它提取了此前遺留下來的私人和公共的收集中的法律條文。533年查士丁尼一世又下令編寫《學說彙纂》，其中收錄了許多羅馬法學家的法解釋，同年《法學階梯》也被發布，這是一部法學的教科書。最後發表的是《新律》，其中收錄了法典被發表後施行的法律。這部法典代表著羅馬法的最高成就，對後世大陸法係民法典的製定有著深遠的影響。聖索非亞大教堂被大火和後來被一次地震摧毀後查士丁尼一世一再重建這座大教堂。安提阿被地震和後來被波斯人摧毀後查士丁尼一世也一再重建。查士丁尼一世還建立了許多堡壘來抵擋斯拉夫人和波斯人，但這些堡壘起的作用不是很大。在他的出生地附近他也大興土木。這些土木工程都是用國家的稅收來支付的，繁重的高稅壓力是導致532年尼加暴動的原因之一。查士丁尼一世在當時的教會中起一個重要作用，他本人寫了多部神學著作，領導了教會會議。為了推動基督教的普及，查士丁尼一世於529年下令關閉在科學界非常有影響的雅典的科學院，因為在那裏新柏拉圖派的哲學思想占主流。在教會內部的派別鬥爭中查士丁尼一世未能達成一個折衷解決方法，最後他判提奧多拉也信奉的基督一性論為邪教，這樣他加深了信封基督一性論的敘利亞和埃及教會與不信奉基督一性論的羅馬和拜占庭教會之間的分歧。
查士丁尼一世對異教徒進行迫害，尤其在埃及南部。他的宗教政策導致了529年巴勒斯坦信猶太教的撒瑪利亞人的起義。查士丁尼一世血腥鎮壓了這次起義。534年查士丁尼一世發表法律限製猶太教徒的權利。查士丁尼一世本人是一個非常虔誠的教徒。他嚴格遵守基督教的戒食規則。查士丁尼一世寫的讚美詩“噢神唯一的兒子和神的詞”至今是東正教的讚美歌之一。
在543年君士坦丁堡地區的教會大會上查士丁尼一世發表了十點反對俄利根的非正統見解的理由。這是與基督一性論之間的激烈爭論的開始點。
為了解決這個問題查士丁尼一世於553年召開了第二次君士坦丁堡宗教大會，這是基督教曆史上第五次全基督教會議，但這次會議也未能解決基督一性論的問題。
過去的曆史研究將查士丁尼一世的統治時期看作希臘~羅馬時代後期的一個黃金時代，現代的研究對這個定論提出疑議。對他的重建帝國的政策今天還有爭論。查士丁尼一世漫長的戰爭將拜占庭的國庫耗竭，用盡了拜占庭的資源。雖然如此，他統治結束的時候拜占庭無疑是地中海沿岸的霸權，但這個霸權地位的代價是非常高的。不但查士丁尼一世的外交政策，他的內政也越來越受到批評。尤其查士丁尼一世生前當時的人對他的政策批評很重。尤其普羅科匹厄斯在他的《密史》中對查士丁尼一世提出了深刻的批評。今天的曆史學家主要爭論的地方是查士丁尼一世的政治與他的前任查斯丁一世的政策真的區別有多大，以及查士丁尼一世的政策是否主要是出於實際便利的考慮而零時製定的。