萬曆四十八年八月，熊廷弼下令免去兵部讚畫主事劉國縉，原因是劉國縉主張用遼人，但熊廷弼卻堅持認為遼人不可用，於是二人爭吵不休，乃至各行其是。後來“國縉主募遼人為兵，所募萬七千餘人，逃亡過半。”熊廷弼就以此事上聞，使劉謫官。當時巡按遼東的言官給事中姚宗文，與熊、劉本是舊相好，老交情。“廷弼為禦史時，與國縉、宗文同在言路，意氣相得，並以排東林、攻道學為事。國縉輩以故意望廷弼，廷弼不能如前，益相失。”所以，姚宗文回京之後，“疏陳遼土日蹙，詆廷弼廢群策而雄獨智……複鼓其同類攻擊，欲必去之。驅逐熊廷弼的風潮、由此推波逐浪，愈演愈烈。
當然，熊廷弼不是好欺負的，說到攻訐，他也是個中高手，早年就有過“與巡按禦史荊養喬相訐奏。養喬投劾去”的戰績，巡按遼東時也曾誇大其詞，指責遼東總兵李成梁的“棄地驅民”之過。他反唇相譏，說姚宗文等在遼東戰事不利時，“各楸然禁聲，不敢進一戰字。比見臣收拾才足，而楸然者又複哄然，急急責戰吳。畢竟矮人觀場，有何真見？”不過，姚是浙黨人，背後有人撐腰，而熊廷弼以其個性，得罪人多，也不會與任何一黨有密切關係，又遠在關外，故而孤掌難鳴，支持者寥寥。最終皇帝“詔下廷議。廷弼憤，抗疏極辨，且求罷。”但倒熊官員們並不善罷甘休，繼續上書指責，“禦史張修德複劾其破壞遼陽”。把熊廷弼氣的七竅生煙，暴跳如雷，幹脆撩挑子不幹了，上書自稱“遼已轉危為安，臣且之生致死。”“遂繳還尚方劍，力求罷斥。”朝議商定之後，同意讓熊廷弼辭職，以袁應泰為兵部右侍郎兼前職，代為經略。
不過熊廷弼是一頭強驢，不到南牆不甘心，尚不肯罷休。心想老子辛苦了一年，好不容易才把遼東治理成這個樣子，這麼便宜就讓那幫鳥人修理了，真他媽窩囊。天下豈能有這等不公之事？於是，天啟元年，熊廷弼上疏要求調查其遼東過失，因為馮三元、董應嘉、張修德等人攻擊最激烈，熊廷弼即奏請讓這三人來調查。因有人反對，於是改命兵科給事中朱童蒙負責調查，調查報告更為離奇，“臣入遼時，士民垂泣而道，謂數十萬生靈皆廷弼一人所留，其罪何可輕議？”（嗬嗬，百姓擁戴也是罪過，那樣將置君恩於何地？）最後的結論還是不錯，“廷弼功在存遼，微勞雖有可紀；罪在負君，大義實無所逃。此則罪浮於功者矣。”
就這樣，事情不了了之，熊廷弼功罪相抵，被閑置待用。盡管有文武之才，戰略眼光也遠勝同僚，但說到政治手腕，圓滑變通，熊經略卻真是幼稚如童子。
接替熊廷弼的遼東新經略袁應泰也為浙黨，雖授任時“即刑白馬祭神，誓以身委遼”，欲有所為，然缺乏兵機才能，雖在邊有年，卻因視野所限，未能另創宏觀規劃，又鑒於熊廷弼治遼之規雖有成效，卻為主政黨人所不喜而得咎，故為自家前途計力圖迎合浙黨，而對前任規劃“多所更易”。熊氏以嚴治軍，他則“以寬矯之”，又招降蒙古饑民補充軍力，安插於遼、沈，“進謀進取”。