天啟三年三月，遼東形勢忽變。經過休養生息後的努爾哈赤率後金大軍卷土重來，靠內應協助攻陷沈陽。經略袁應泰應泰撤奉集、威寧諸軍力守遼陽，布陣城外迎擊，雙方激戰了五日，明軍敗退，遼陽城又告陷落，袁應泰自刎而死。
遼沈一失，“河西軍民盡奔，自塔山至閭陽二百餘裏，煙火斷絕，京師大震。”遼東僅剩錦州一道屏障，“狼來了”不再是一句戲言。熊廷弼守疆的功勞也重新開始被人重新提起，東林黨人劉一燝、江秉謙等主張非熊廷弼重出鎮遼，不能令遼局有轉機。浙黨一係則力薦張鶴鳴。皇帝下諭推許熊經略遼東一年，“威懾夷虜，力保危城”之功，並降旨懲罰姚文宗、馮三元等，親為洗冤。“帝乃治前劾廷弼者，貶三元、修德、應嘉、鞏三秩，除宗文名。”熊廷弼有前次的教訓，並不情願，幾番推辭。但皇帝下詔勸慰，並曉以君臣大義。熊廷弼沒法，隻得接受任命。
七月，熊廷粥到京，加兵部尚書，經略遼東，賜敕書、尚方劍，副總兵以下先斬後奏，發放國庫銀解決軍需供應問題。另賜一品官服，出行前在都城外設宴招待．朝廷大臣們坐陪為其餞行，隆重歡送，又安排京營選五千兵馬隨行。這可真是個異數，熊廷弼這回真的是被重視了？
熊廷弼本人卻是有苦難言的，他是力主防守的，也善於策劃防守，但這回皇帝和朝廷對他的希望可不是守疆，而是收複遼沈失地。所以他提了個比較穩妥的三方布置策，“廣寧用馬步列壘河上，以形勢格之，綴敵全力；天津、登、萊各置舟師，乘虛入南衛，動搖其人心，敵必內顧，而遼陽可複。”按熊廷弼的計劃，所謂“三方布置”還需要聯絡朝鮮，募集失土遼人為策應，是個長久方案。可明廷是沒有這份耐心的，想要的是速戰速勝，是要馬上就能見到成效的東西。所以，熊廷弼再度讓其失望了。就連當初力主他上任的江秉謙也指責說，熊廷粥起用於田間，深受皇恩，然手握兵權，疆場戰事卻不服從朝廷指揮，數月以來，作為經略沒拿出什麼計策。
熊廷弼還麵臨更棘手的難題，那就是權力掣肘。當時遼東巡撫薛國用因病久不應事，由王化貞接替。巡撫是地方最高軍政長官，至於經略，是戰事開始後才增設的，二者的統屬關係並無製度上的明確，熊廷弼上一次守遼東時，正好巡撫周永春被“言官追論開原失陷罪，遣戍。”所以算是身兼二職，尚無掣肘。這回問題來了，尤其對熊廷弼這樣的不知變通的性格，問題就更嚴重了。
王化貞，諸城人。萬曆四十一年進士。由戶部主事曆右參議，分守廣寧。“會遼、沈相繼亡，廷議將起廷弼，禦史方震孺請加化貞秩，便宜從事，令與薛國用同守河西。乃進化貞右僉都禦史，巡撫廣寧。”王化貞守廣寧已有多年多年，頗有成績，“蒙古炒花諸部長乘機窺塞下，化貞撫之，皆不敢動。朱童蒙勘事還，極言化貞得西人心，勿輕調，隳撫事。”
王化貞不是大將之才，不過後人將其定性為庸才也有所不公，遼沈被陷之後，“化貞提弱卒，守孤城，氣不懾，時望赫然。中朝亦謂其才足倚，悉以河西事付之。”麵對岌岌可危的局麵，以“廣寧止孱卒千，化貞招集散亡，複得萬餘人，激厲士民，聯絡西部，人心稍定。”對潰敗後的遼東局勢的穩定，王化貞是功不可沒的。
此時王化貞擁兵十三萬鎮守廣寧，正與後金大軍對峙，而在山海關“全麵節製”的熊廷弼對其戍守策略卻不以為然，多有指責。王化貞不滿，就讓熊廷弼來製定具體措施，熊廷弼也毫不客氣，“乃請申諭化貞，不得藉口節製，坐失事機。”對四方援遼之師，王化貞定名為“平遼”，熊廷弼不滿意：“遼人未叛，乞改為‘平東’或‘征東’，以慰其心。”熊廷弼想實施的是“三方布陣”，名為複地，其實還是以守為主的穩健策略，但王化貞激進的多，他更熱衷於支持毛文龍，扶持蒙古勢力對抗後金。二人看法相距甚遠，無法配合，互相攻擊的奏章不斷地上達朝廷。