不過，雖然熊廷弼確實治理有方，但並非一人之功，也不全是如後人所稱許的全靠經略有方，使後金無隙可乘。這裏麵有努爾哈赤的大力“配合”。就在熊廷弼忙於整治邊防的時候，努爾哈赤也沒閑著，而是征討平定東北的其他部落，先指揮騎兵數萬人馬直奔金台失部的營地，激戰一日將其消滅。接著又揮兵攻打白羊骨部。後金大兵突至，門千骨部窮途末路被迫投降，頭目被殺，葉赫部落從此滅亡。此後，其他如抄化、暖兔部落等，也相繼被收買分化。聯絡葉赫等部牽製後金，這本來也在熊廷弼的算中，可惜那時他自顧不暇，無力相助。這樣到萬曆四十八年，除朝鮮尚未歸順外，努爾哈赤已基本平定東北各部，勢力日盛。
而在遼東布防的熊廷弼卻麵臨大量難題。首先是兵源，按他提出的守備計劃，至少需18萬軍隊，盡管朝廷給予了配合，從四川、雲貴等地均調兵入遼東增援，但實際數目也就十二、三萬左右，且大多未經戰陣，素質不高。新兵更是三天兩頭開小差，由兵部讚畫主事劉國縉招幕來的新兵，被派往戍守鎮江、寬甸、清河等要地，沒多久幾乎全部隊伍都逃之夭夭了。
其次是糧餉，防守並非易事，是相當花錢的。《明史紀事本末載》，萬曆四十七年，天下加賦八百萬，遼餉三百二十四萬，另征車三萬七幹輛，牛七萬四千頭，加上打造器械、修繕城堡，構築工事等費用，遼東餉總計每年五百多萬。而這費用到崇禎末年，激增至九百多萬。如此一筆軍備開支，對經濟衰退，正走下坡路的明朝，實為一大極為沉重的負擔。而這大筆費用當然是“取之於民”的，這種竭澤而漁的盤剝讓社會矛盾和衝突更為激化，反過來又使經濟加速衰退，形成惡性循環。可以斷定，以明當時之社會、政治、經濟局麵和事態，如熊廷弼設想的那樣加固城壘，分兵布防，鎮守要地，相機出擊，在遼東構築一條進可攻，退可守的堅固防線根本難以實現，充其量不過一條中看的“馬其諾”而已。
此外，遼東戰事當時為朝廷官員們的一大炒作對象。來往於朝廷的書信、奏章滿天飛揚，大多是大話連篇的愚腐之見，紙上談兵之荒謬言論，或於事無補的道德文章。且朝中黨爭激烈，大臣們以對罵為職業，以打倒政敵為目的，於國事未必真正關心。相互攻訐，彼此掣肘，結果是誰也幹不成事情。禮教立國，文官治國的製度，一到政治嚴重腐敗的時候，一切醜陋卑劣全都顯露無遺。
因此，熊廷弼的免職也就在所難免了。
熊廷弼其人，雖早年鄉試第一，倒也並非文弱書生。《明史》稱其“有膽知兵，善左右射”。然而熊廷弼性格暴躁，心胸狹窄，且眼高於頂，盛氣淩人，“性剛負氣，好謾罵，不為人下，物情以故不甚附。”盡管早年官運亨通，那是靠考試和學問換來的，一旦獨當大任，成為焦點人物之後，這種與中國人普遍認同的為人準則和官場處世規則背道而馳的特立獨行，傲慢自負，就成為了別人攻擊的靶子。如果說性格決定命運的話，熊廷弼後來的遭遇與其性格弱點有極大聯係。