魚肝油的提取方法一般有稀堿水解法、萃取法、蒸煮法和低溫采油法4種。目前國內外大型魚肝油廠大都采用稀堿水解法。此法在魚肝油的生產中占有重要地位。
魚肝油的油脂一般以兩種形態存在，一部分肝髒細胞中是遊離狀態，另一部分則是與蛋白質結合構成細胞原生質，難以分離出來，但是采用稀堿液在加熱的情況下，魚肝蛋白組織分解，破壞蛋白質與肝油之間的結合，從而可以比較充分地分離出魚肝油，此法與蒸煮法比較，它不但出油率高，維生素含量也高，而且堿也能中和原料中的遊離脂肪酸，降低酸價，並有一定的脫色作用，使魚肝油質量好，透明美觀，缺點是蛋白質遭到破壞，肝渣不能很好的利用，肝中B族維生素都遭到破壞，不能很好的加以提取利用。
一、魚肝油的製備
魚肝油的製備需要的原料與設備有：魚肝、水解鍋、刀、離心機、壓濾機、真空脫臭機、波美計、食鹽、氫氧化鈉、硫酸、磷酸、酸性白土、活性炭。
（一）加工工藝
1.工藝流程
2.工藝要點
（1）魚肝的檢查和切碎魚肝在切碎前，先檢出已腐敗變質的魚肝，對魚肝凍品，需先解凍，對鹽藏的魚肝先用水衝洗，然後把肝放在切肝台上，加適量的生理鹽水(為魚肝量的1～2倍)，放入切肝機中，把肝切碎，力求均勻，魚肝的新鮮度及處理的溫度對魚肝油的品質影響較大。
（2）魚肝的水解將肝漿放入水解鍋中，加入定量的水及堿液調pH達9.0左右，攪拌加熱至40℃左右時，進行水解。
①加堿量：堿的用量要求適中，過多過濃會使油脂皂化，不但增加了消耗，而且會形成乳濁液，增加分離的困難；過少則水解不完全，影響油脂的得率和成品的質量，因此在確定堿的用量時，需要視魚肝的種類、新鮮度，含油及含鹽量等因素來綜合考慮。總的要求新鮮魚肝水解時保持在pH 9.0左右，而鹽藏魚肝保持在pH 10.0左右，堿液應分兩次加入，防止多量的堿與油脂皂化及避免pH超過範圍允許值，堿的濃度根據不同魚肝種類而定。
②加水量：一般新鮮的大小鯊魚肝、鰩魚肝與水的比例為1∶1，大黃魚肝、鰻魚肝與水的比例是3∶2。
③水解溫度和時間：在水解過程中，加熱可促進蛋白質分解加速，而且在熱的狀態下，油的黏稠度低，肝中所含的脂肪酶和臭味液可在加熱時被破壞和驅除。
溫度不宜太高，高了會促進大量的油脂皂化，維生素被破壞，一般以50℃為宜，加熱到40℃時開始加堿，加堿完畢後，繼續升溫到80～90℃。
水解時間：因肝品種而異，一般含油量高的新鮮魚肝，水解時間可以短些(1h左右)，以免變硬。
（3）魚肝油的分離和洗滌
①分離：肝經過水解分離，用離心機分離，相對密度大的肝渣在最外層附在離心機的內壁上，油最輕的在最內層，從內層壁管上麵的出油孔排出機外，而油水溶液介於兩者之間。從中層管上麵的出水孔排出機外。
②鹽析：經過第一次分離而獲得的魚肝油中，含有較多的水分、蛋白質和肥皂等雜質，基本上呈乳狀液體，需要用一定濃度的鹽水來進行鹽析。在不斷的攪拌下，將鹽水加入魚肝油中，濾後加熱到80℃，便可再一次進行分離。
③水洗：第二次分離出來的油中還有一部分堿，必須用熱水洗油數次，直至洗滌水成中性為止。一般采用7000～8000r/min的離心機分離，新鮮魚肝的肝油分離3～4次即可。
經過分離、鹽析、水洗的粗製魚肝油，在室溫下應澄清，透明，並有色澤。酸價小於2mgKOH/g魚肝油，無酸敗反應，水分應在0.1%以下。
④肝渣處理：肝渣一般是直接作飼料或廢料，對肝渣中殘存相當數量的維生素，可適當用油萃取回收。
⑤魚肝油的低溫處理：分離所得的魚肝油，含有30%～40%固體脂質(硬脂酸甘油酯)，其凝固點較高，因此必須在規定的溫度下進行低溫處理，其中較高凝固點的甘油酯先行析出，經過壓濾所得的魚油，即使貯藏於冬季，仍是清澈透明狀態。
固體脂肪可用作工業用油，用於製革、製皂等方麵。
（二）魚肝油的質量標準與檢驗方法
1.質量標準
參考《中國藥典》2005年版第二部第413頁，每1g魚肝油中含維生素A應為標示量的90.0%以上；維生素Ｄ應為標示量的85.0%。