另外魚內髒還含有約19%的蛋白質，采用自身酶解發酵法，還可作為製造醬油的原料。
（二）魚精蛋白的提取純化
魚精蛋白是一種常與DNA結合，存在於魚類成熟精巢組織中的堿性蛋白，它能有效抑製多種食品腐敗菌的生長和繁殖；魚精蛋白還有降血壓、助呼吸、促消化、抗菌消毒、抑製腫瘤生長等多種作用，攝入體內後不具抗原性和突變性，可被消化分解為氨基酸而具有營養性。
從20世紀80年代起，美國、英國、日本等國就開始利用魚精蛋白的抗菌性製成防腐劑，應用於食品保存。魚精蛋白可從蛙、烏魚、鯉魚等魚種中分離提純，由於魷魚產量相當豐富，研究從魷魚中提取魚精蛋白，可為魚精巢組織的綜合利用開拓一條新的途徑。
（三）頭和鰭的利用
魚類頭部肌肉較胴體強韌，幹製後更堅硬，除了脫皮後冷凍外，可加工成素幹足和熏幹足等製品。鰭可製成調味鰭片和脫皮鰭幹等珍味製品。
另外魚類的頭、皮、鰭用蛋白酶水解後經精製，可生產出魚蛋白粉，由於其含較高的牛磺酸、維生素和鋅等成分，可將其作為強化食品的原料。
（四）鱗和皮的利用
水產生物的鱗和皮中含有大量的蛋白質和氨基酸，多用來製膠、醬油及其他一些保健食品。
（五）甲和殼的利用
甲殼質屬聚乙酰氨基葡萄糖，為中性黏多糖，廣泛存在於菌類、甲殼動物及昆蟲類中，是一類非常豐富的天然再生資源。甲殼質廣泛存在於甲殼質類生物的外殼和真菌細胞中。在自然界中的含量僅次於纖維素，估計每年由生物合成的甲殼素有上百億噸。在蝦等軟殼中，含殼聚糖15%～30%，碳酸鈣30%～40%，在蟹等硬殼中，含殼聚糖15%～20%，碳酸鈣75%，除以上兩種成分外，還有豐富的蛋白質和其他有機和無機成分。
目前，一些水產生物的甲和殼大多被用來生產製作一些裝飾工藝品，另外，利用蝦、蟹等殼為原料提取殼聚糖。蝦、蟹殼等的主要成分為甲殼質，是一種天然高分子化合物，是由千個單糖以糖苷鍵相連形成的高聚物，雖然不能直接食用，但其衍生物在食品工業中應用非常廣泛，並可直接用於製造各種海洋食品，是一種重要的食品防腐添加劑。
經脫乙酰基後即為脫乙酰甲殼質，又名甲殼胺、殼聚糖，為聚氨基葡萄糖，有增強機體免疫力和調節人體生理功能，如有明顯的降壓、降脂、降糖、抗凝等作用，能促進血液循環、破瘀消腫，並有抗菌消炎及抗衰老等作用。對多種抗癌藥物有明顯的協同作用。