從組織學角度看牲畜的腸管，可以分為黏膜層、黏膜下層、肌肉層和漿膜層。加工醃製腸衣（豬、羊腸）時，僅留黏膜下層，其餘各層完全刮去。黏膜下層是疏鬆的結締組織，屬於蛋白質類，在常溫下易腐敗。因此需加鹽進行保存。
加工牛腸衣（包括幹腸衣和醃製）時，留用的部分是黏膜下層、肌肉層和漿膜層，僅將黏膜層除去。
一、鹽漬腸衣的加工
1.工藝流程
2.操作要點
（1） 浸漂家畜屠宰後，取出新鮮腸管，將小腸對折，兩口向下，一手高提，另一手捋腸。也可以由小頭向大頭捋腸。捋腸時用力要適當，速度要慢，防止擠破或拉斷。將小腸內的糞便盡量捋盡。從腸大頭灌入少量清水，然後浸泡在清水缸中。利用微生物的發酵和組織自身的降解，使腸組織適當的分離，便於刮製。浸泡時間應根據氣溫和水溫而定。一般春秋季節在28℃、冬季在33℃，夏季則用涼水浸泡，浸泡時間一般為18～24h，將腸泡軟，易於刮製，又不損壞腸衣品質。浸泡用水要清潔，不可含礬、硝、堿等物質。
（2）刮腸把浸好的腸撈出，放入木槽內，先將腸理齊順，割去彎頭，然後逐根從大頭處灌入200～300mL清水，再放在平整光滑的木板（刮板）上，逐根刮製，或用刮腸機進行刮製。手工刮製時，一手捏牢小腸，一手持月牙形竹板或無刃的刮刀，慢慢、平穩用力均勻刮去腸內外無用的部分（黏膜層、肌肉層和漿膜層），直到整根腸呈薄而透明的薄膜。
（3）串水刮完後的腸衣要翻轉串水，檢查有無漏水、破孔或潰瘍。如破洞過大，應在破洞處割斷，最後割去十二指腸和回腸。
（4）量碼串水洗滌後的腸衣，每100碼（91.5m）和為一把，每把不得超過18節（豬），每節不得少於1.5碼，羊腸衣每把長限為93m（92～95m），其中：
①綿羊腸衣：一至三路不得超過16節，四至五路18節，六路每把20節，每節不得短於1m。
②山羊腸衣：一至五路每把不得超過18節，六路每把不得超過20節，每節不得短於1m。
（5）醃製將已紮成把的腸衣散開用精鹽均勻醃漬。醃漬時必須一次上鹽。一般每把需用鹽0.5～0.6kg，醃好後重新紮成把放在篩籃內，每4～5個篩籃疊在一起，放在缸或木桶上瀝幹鹽水。
（6）纏把醃腸12～13h後，在腸衣處於半幹、半濕狀態時候便可纏把，即成“光腸”（半成品）。
（7）漂淨洗滌將“光腸”浸於清水中，反複換水洗滌，需將腸內不溶物洗淨。洗浸時間：夏季不超過2h，冬季可延長，但不過夜。漂洗水溫不得過高，若過高可加冰塊。
（8）串水分路洗好的“光腸”串入水，一方麵檢驗腸衣有無破損漏洞，另一方麵按腸衣口徑大小進行分路。分路標準。
（9）配碼把同一路的腸衣按一定的規格尺寸紮成把。
（10）醃腸及纏把配碼成把以後，每把腸衣再用500g精鹽醃上。裝入瓦缸內，浮麵加鹽，用幹淨石塊壓實，缸口搭上遮物，儲存在清潔、通風之處，室溫保持在0～10℃，濕度85%～90%，待水瀝幹後即為成品腸衣。
上述（1）～（6）是由原腸加工成“光腸”的過程， （7）～（10）是由“光腸”製成成品的過程。二、豬幹腸衣的加工
1.工藝流程
2.操作要點
（1）浸漂將洗滌幹淨的小腸浸於清水中，冬季1～2d，夏季數小時即可。
（2）剝油脂將浸泡好的鮮腸衣放在台板上，剝去腸管外表的脂肪、漿膜及筋膜，並衝洗幹淨。
（3）NaOH溶液處理將翻轉洗淨的原腸，以10根為一套，放入缸或木桶裏，然後按每 70～80根用50g/L NaOH溶液約 2500mL的比例，倒入缸或盆裏，迅速用竹棍攪拌腸子，並洗去腸上的油脂。如此漂洗15～20min，能使腸子潔淨、顏色轉好。處理時間與氣溫有關，氣溫高可稍短，氣溫低可稍加延長，但不得超過20min，否則腸子就會被腐蝕而成為廢品。