分類
三角龍是角龍科中最著名的一屬，角龍科是群大型北美洲角龍類恐龍。多年以來，三角龍是否處於角龍下目中的位置仍處於爭論中。混淆來自於三角龍的短、堅硬頭盾類似尖角龍亞科，而長的額角類似角龍科（或稱開角龍亞科）。在第一個對於角龍類的研究中，理察·史旺·魯爾（Richard Swann Lull）提出2個支係，一個往三角龍發展的支係包括獨角龍、尖角龍，另一個支係包括角龍、牛角龍，這個假設使三角龍屬於尖角龍亞科。較晚的研究支持這個觀點，並將這個短頭盾支係正式命名為尖角龍亞科（包含三角龍），另一長頭盾支係為開角龍亞科。
1949年，查爾斯.斯騰伯格（Charles Mortram Stemberg）首次對這假設提出質疑，並基於頭顱與角的特征，而認為三角龍與無鼻角龍、開角龍關係較近，使得三角龍屬為三角龍亞科（尖角龍亞科）。然而，斯騰伯格的分類與約翰·奧斯特倫姆（John Ostrom）、大衛·諾曼（David Norman）將三角龍置於尖角龍亞科不同。
後來的發現與研究支持了斯騰伯格的觀點，Lehman在1990年為2個亞科定義，並基於數個形態上的特征，而將三角龍歸於角龍亞科。事實上，除了短頭盾以外，三角龍相當符合角龍亞科的特征。彼得·達德森（Peter Dodson）在1990年的親緣分支分類法研究與1993年的形態學研究中，加強了三角龍歸類為角龍亞科的論點。
種係發生學
在種係發生學的分類中，三角龍通常作為恐龍定義中的一個參考點。恐龍被定義為三角龍與新鳥亞綱（現代鳥類）的最近共同祖先以及其最近共同祖先的所有後代。而鳥臀目的定義為：所有親緣關係與三角龍接近，而離現代鳥類較遠的擁有共同祖先之物種。
起源
很多年來三角龍的起源非常不明確。1922年，新發現的原角龍被亨利·費爾費爾德·奧斯本（Henry Fairfield Osbom）認為是三角龍的祖先。然而，近年來發現數種與三角龍祖先有關係的物種。發現於20世紀90年代晚期的祖尼角龍，是角龍下目中已知最早有額角的恐龍。而2005年發現的隱龍，是目前已知唯一的侏羅紀角龍下目恐龍。
這些新發現非常重要，並描繪出角龍類恐龍的起源，它們起源於侏羅紀的亞洲，而真正有角的角龍類出現在晚白堊紀之初。三角龍越來越常被認為是角龍亞科的一個成員，三角龍的祖先可能外表類似開角龍，開角龍生存時間早於三角龍約500萬年。
發現與種
第一個被命名為三角龍的標本！是在1887年發現於科羅拉多州丹佛市附近！由一個頭顱骨頂部，與附著在上麵的一對額角所構成。這個標本被交給奧塞內爾·查利斯·馬什（Othniel Charles Marsh），他認為該化石的所處地層年代為上新世，而該化石屬於一種特別大的北美野牛，因此將它們命名為長角北美野牛（Bi—sonalticrnis）。第二年，馬什根據一些破碎的化石，發現了有角恐龍的存在，因此建立了角龍屬；但他仍認為長角jt美野牛是種上新世的哺乳類。直到第三個更完整的角龍類頭顱骨出現，才改變他的想法。這個由約翰·貝爾·海徹爾（John Bell Hatcher）在1888年於懷俄明州蘭斯組發現的標本，起初被敘述成角龍屬的另外一個種，但馬什經過熟慮之後，他將這個標本命名為三角龍，並將原本的長角北美野牛改歸類於角龍的一個種（後來也成為三角龍的一種）。三角龍的結實頭顱骨使得許多頭顱骨被保存下來，允許科學家們研究不同種與個體間的變化。除了科羅拉多州與懷俄明州之外，隨後在美國的蒙大拿州與南達科他州、加拿大的亞伯達省與薩克其萬省也發現了三角龍的化石。
在三角龍第一次被命名的前十年內，發現了不同的頭顱骨，這些骨骸與馬什最初命名的恐怖三角龍（T.horridus）頭頏骨有或多或少的不同；恐怖三角龍的種名horridus在拉丁語中其實意為“凹凸不平的”，意指原型標本的表麵凹凸不平，該標本後來被確認為老年個體。這些頭顱骨的差異可歸類出三種不同尺寸，這些差異來自於不同年齡與性別的差異，
以及化石化過程中的不同程度或壓力方向。這些不同頭顱骨被命名為個別的種，並形成數個係統發生學研究。