蔣夢麟代理北大校長期間，感到教授治校製下的民主決策效率低下是不可避免的，因此，以務實主義原則對教授治校模式進行了局部調整，以效能為目標。這與美國大學采取科層製管理模式所追求的效果是一致的。不同於蔡元培推崇德國大學模式的做法，蔣夢麟借鑒美國大學管理模式改造北大，特別強調學校事權層層分工，追求務實有效率的工作作風。美國大學董事會下的校長負責製給他的北大治校提供了樣板。
1931年，他正式就任校長後，依照《大學組織法》，製訂了《北京大學組織大綱》，於1932年7月開始實行。由校務會議、行政會議、教務會議、事務會議行使全校的管理。與蔡元培時代的北大治校模式相比，最大的變動是將教授治校的代表性機構--評議會予以撤銷，用校務會議取代。
盡管從職能上看，兩者承擔的責任權力幾乎一致，校務會議隻增加了“學生訓育事項”，但人員組成上的根本變化，已使教授們的治校權力受到相當的限製。校務會議由校長、秘書長、課業長、圖書館長、各院院長、各學係主任及全體教授、副教授選出之代表若幹人組成，校長為主席。當時，蔣夢麟已將北大學係製改為學院製，共設文、理、法三學院，14個學係。這樣，非選舉產生的會員占據相當的比例。根據1932年和1934年校務會議成員的名單看，教授代表分別為16人和15人，當然會員分別為19人和18人。盡管當然會員都是有行政職務的教授，但與蔡元培時代的教授治校相比，教授在決策中的權力受到相當的製約。
《北京大學組織大綱》規定文、理、法三學院院長由校長聘任，商承校長綜理各院院務。文學院下設哲學、教育學、中國文學、外國語文學、史學五係；理學院設數學、物理學、化學、地質學、生物學、心理學六係；法學院有法律學、政治學、經濟學三係。各係主任不再由本係教授選舉產生，改由院長商請校長，由校長於本係教授中聘任，商承院長主持各係教學實施之計劃。各院設院務會議，由院長和係主任組成，以院長為主席，計劃並審議本院一切教學事項。各學係設係務會議，以本係教授、副教授組成，計劃本係教學事務。
而行政會議和教務會議人員則完全由有行政職務的教授組成，沒有教授代表，且均由校長擔任主席。此外，還設置事務會議，以大學秘書長及所轄的庶務、出版、文牘、會計、儀器、衛生各組主任組成，審議事務及秘書處與其他機構聯絡事宜。這樣的科層負責體係，將學術與行政事務明顯地劃分開來，與蔡元培時代的北大相比，校長的權力更集中，行政人員與其職責也進一步擴張。蔣夢麟設想的治校模式就是校長決定行政事宜，教務教學方麵則由各院係負責，學術依然由教授負責。
至此，校務、行政、教務、事務四會議製度架構起了蔣夢麟時代的北大治校模式。這樣的設置體現了蔣夢麟“教授治學，學生求學，職員治事，校長治校”辦學方針與理念，以實現他設想中的大學：“教授須延聘大師、學者充之。校長當改善學校環境，使教授、學生打成一片，潛心努力學術。”1931年3月31日《大公報》。
2.大學注重專門人才的培養及學科建設注重實用性
蔣夢麟長校後製定的《北京大學組織大綱》，以“研究高深學術、養成專門人才，陶融健全品格為職誌”。這三條明確顯示了他與蔡元培不同的辦學導向。蔡元培製定《大學令》定“大學以教授高深學術，養成碩學閎材，應國家需要為宗旨”，而《北京大學組織大綱》則突出專門人才的培養。在北大的具體辦學中，蔣夢麟注重自然科學等學科建設，不同於蔡元培重視文、史、哲、理等基礎學科建設的做法。
早在1920年12月17日北大22周年校慶大會上，蔣夢麟的演講中就表明了該觀點。他提出北大師生今後應努力的三個方向，第三即要“當注重自然科學--這是很重要的。現在文化運動基礎不穩固，缺點就因為不注重自然科學。我們若想使文化運動的基礎穩固，便不得不注重他。西洋文化所以如此發達者，就是因為他們的根基，打在自然的科學上。而且現在我們首當明白的，要曉得在中國十年或十五年後，必有一種科學大運動發生，將來必定有科學大興的一日。所以無論是文科的，法科的，理科的諸同學們，凡關於天文地理……一類的自然科學，都當著實的注意才好。在學校方麵，要把經費節省下來，把理化的儀器室，特別的推廣，好請一般的同學們和教職員諸君切實地去研究磋磨，使有最新式最完全的實驗室來實現。且不特我們去研究已發明的科學，且要來發明新原理。這樣的下去，庶幾方有穩固的根底”。1920年，他捐款現洋二十元資助由北大數學物理專業學生發起的《北京大學數理雜誌》的出版。
蔣夢麟重視自然科學，有學者曾這樣分析：“蔣夢麟先生受過西方高深教育，為期很長，何況他從實驗主義的名師杜威博士受教育多年。他在美國時期也為僑報撰文，深知僑胞為缺乏科學知識而不能得到高等職業的痛苦。我國學人動輒要為天地立心，為生民立命。為天地立心的問題太大，暫且不論；但是為生民立命則生民的衣食常常要成問題，又何以為他們‘立命’。為了解決這迫切的難關，所以他再度主持北大以後，費了很大的力量，發展理學院，希望從基本自然科學為骨幹，進而發展其他有關部門。”。在諸如爭取經費以加強理科學科建設、改革課程、擴大理科學生數等方麵均顯示出他為發展理科所做的努力。下麵分而論之。
（1）爭取經費以加強理科學科建設。蔣夢麟與中華教育文化基金董事會聯手共同製定《合作研究特款辦法》，規定自1931年起至1935年止，每年雙方各提出20萬元，作為合作研究特款，專門用於設立北大研究教授、擴大北大圖書儀器（其中每年有5.4萬元用於理學院各係的儀器設備購置）及他類相關的設備、設立北大助學金及獎學金。同時規定：“研究教授由北大校長聘定。本項合款隨時由北大校長簽署支付證，支付協定之各項用途。”。文學院研究教授為劉複、徐誌摩、周作民、湯用彤四人；理學院研究教授有馮祖荀、丁文江、王守競、曾昭倫、劉樹杞、李四光、葛利普、許驤、汪敬熙九位；法學院聘請劉誌敬、趙乃摶、陳受頤三人。理學院研究教授人數明顯多過文學院和法學院。盡管蔣夢麟本人對此現象有過解釋：“理學院教授較易聘請，科學家得受中華文化教育基金委員會獎金，有一名單，餘根據此名單，設法聘其為教授，故理學院教授較為多聘，並非片麵整頓理學院。”。
研究教授待遇較高，每年薪俸有4800-7200元不等，此外，每一教授每年還有1500元的設備費。如有研究上特別需要的重要設備，可由教授提出預算，再經北大校長提出顧問委員會議決購備。很明顯，這一條是特別針對理科類的。研究教授還擁有學術休假，“為學術上的需要，得由北大給假往國外研究一年，除支原薪外，得實支旅費，並得由顧問委員會，依其所在地之需要，酌量津貼其費用。”。優厚的待遇為保證大批優秀人才聚集北大提供了堅實的物質基礎。
蔣夢麟充分運用一切機會為北大籌款，特別注重為理科類學科爭取經費。如1937年1月20日，他向管理中英庚款董事會申請“擬請於五年內補助本校圖書費十五萬元，自然科學儀器費二十萬元（物理學係、化學係各十萬元），研究生助學金二萬二千五百元”。他上任初始，批給理學院經費十萬元，使得儀器設備有了擴張的物質基礎，以後，每年都盡力保障理學院的設備費用。在他的努力下，理學院各係的辦學條件大有改觀。
如物理係先後增設普通和專門實驗室5所、光學實驗室3所，還建立了電振動、應用電子學和放射X光線實驗室及研究室、機器房和物理特備教室。而1920年，物理係擁有的實驗室為高等物理實驗室1所、電學實驗室1所、儀器儲藏室1所、暗室2所。
化學係由原先的普通實驗室1所、定性分析室1所、定量分析室2所、冶金室1所、特別實驗室1所，增至普通實驗室2所、定性分析室2所、定量分析室2所、物理化學實驗室2所、有機分析有機製備實驗室2所、有機化學實驗室2所、高等無機化學實驗室、染料炸藥實驗室、釀造實驗室、製革實驗室、燃燒室、天平室3所、化學研究室2所、儀器儲藏室3所及化學係特備教室。
地質係的實驗室由礦石岩石陳列室1所、古生物標本室1所、礦石試驗室1所，增至礦物實驗室1所、古生物實驗室1所、岩石光學實驗室1所，此外還有岩石分析室、選礦實習室、地質陳列室和研究室。
根據統計，到1935年，北大實驗設備的價值已達53萬餘元，與1907年4.3萬元、1911年9萬元相比，有了長足進步。當時計有儀器6716件，標本15788件，藥品及實習用具3100餘種，名列全國高校之冠。1933年4月25日《申報》曾有論曰：“北京大學化學、物理、地質、生理、心理五係之儀器甚多，最珍貴者，均為無價之寶。蔣夢麟對此的評價是：“圖書儀器之數量，較國內任何大學為多，珍重物品實不能估價。
（2）改革課程。蔣夢麟長校伊始，就著手進行課程改革。報界對此的評論是：“北大自蔣校長回校後，舉凡課程內容，行政係統，變更甚大。”1931年9月18日《京報》。他主持製定《國立北京大學學則》，並於1932年公布。該學則取消自1919年以來實行的選科單位製，實行學分製。由以前的修滿80單位（每周1學時，學完全年課程為1單位）畢業改為修滿132學分，後改為120學分（凡需課外自習之課目，每周上課1小時滿1學期者為1學分；實習及無需課外自習之課目，2小時為1學分）。選科製下，學生修習課程的門數和時數比學分製中的門數和時間要延長。自實行選科製以來，課程的多和特成為北大的特色。諸如梵文、佛學等其他學校不會開的課程，在北大就能找到。“常常北大用最重的待遇禮聘這種絕學的學者，一年隻開一門課，每星期講一兩點鍾，而這種課常常隻有一個人聽。
對該製度形成的課程特色，蔣夢麟的看法是：“北大以前課程失之廣泛，不但應有盡有，而且不應有亦盡有。其不需要之課程，徒耗國家財力，並廢學生有用光陰，於其所研究之專科，並無裨益。因此，他長校後，采取精純主義，對此種課程，毅然裁去，並將若幹虛設課程也一並裁減。具體做法為：“各院性質相同之重複科目，加以裁並，其不甚重要，及學生又以自己研求，而不須教授指導之課目，一律裁撤。
蔣夢麟認為“北大之教育方針，向主自由研究，此為數十年一貫之政策，其結果堪稱滿意。……不過就他方麵言，亦有缺點，即一般之訓練微感不足，故工具方麵之知識，似嫌不敷應用，是以今後教育方針，采取折中於自由研究及嚴格訓練之方向，一二年級較偏於嚴格監督，三四年級則重自由研究。”因此，他提出：“在一年級各生，督促之後在三種智識上謀充實：（一）工具知識，如外國文字及理學院之數學等課。（二）基礎知識，如西洋通史、中國通史、文化史等，任何係之學生皆宜具此基礎。（三）專門知識，各係必修之課。此三者必須有相同之堅固基礎，始能進步研究。
根據蔣夢麟的指導思想，北大教務處對各係課程進行改革。其目標與具體做法為：“趨重實際，及語言文字工具之研究，溝通各係之必修科課程，打成一片教授，各係一二年級課程，特別注重第一第二外國語之學習，以養成學生之閱讀與聽講能力。其他為研究各種專門學術之基礎課程，亦將予以擴充。目的是使學生能得到各學科專門學識基本訓練。如規定大學一年級新生不分係，各院係訂定共同必修與基本課程。文學院的共同必修課是黨義、國語、外國語、普通心理學與邏輯課程任選一種，科學概論與哲學概論任選一種。理學院則是黨義、國文、英文、第二外國語，及在數學、物理、化學與生物四種課程中最少選擇兩種。這樣的課程設置目的是讓文科學生具備一定的自然科學知識，理科學生擁有一定的文史知識，利於培養文理兼備的通識類人才。在加強基礎課程及文理相互交融與滲透中，對非主要課程的處理卻是設法裁減。如將心理係停辦，應設立科目，並入哲學與教育係。
在裁並某些課程的同時，加強了專業課程建設。1935-1936年度，北大文、理、法三學院除一年級外，均有新增專業課程。如理學院物理學係增設幾何光學；生物學係增設發生學、細胞學、遺傳學和書報評論；文學院哲學係增設中國哲學問題、三論哲學；教育係心理組增設心理衛生、情緒心理；中國文學係增設東方語言修習、方音調查實習、等韻學；外國語文學係增設希臘文、歌德浮士德之研究、現代德國文藝；史學係增設課程有：中國史學名著評論、春秋史、蒙古史；法學院經濟係增設課程的目的一方麵是“積極求課程充實”，另一方麵是“增加學生理論與實用上基礎之學力”。該係新增課程為：現代經濟思想、勞工運動及社會主義史、民國財政史及財政問題、中國經濟史研究、中國現代經濟問題。這些新增課程有助於學生的專業學習和專業人才培養。
（3）擴大理科學生數。我們考察1920年、1934年及1935年三年的學生人數統計表根據，可以發現下列特點：一是文科類中哲學係的學生下降比例最大，由1920年的141人降為1934年的31人及1935年的28人，分別減少110人和113人；國文係學生略有增加；外國語文學係的學生數則略有減少；史學係的學生數則呈上升趨勢。二是法學院的學生數大幅度下降。三是理科類學科專業中，數學、物理兩係均有明顯人數增多趨勢，增長幅度分別達80%和73%；化學係人數大致持平，略有減少；地質係學生數下降較多，達42%和27%。
又以新生為例。1933年，北大理學院錄取新生數為153名，文學院100名，法學院31名；1934年理學院新生為145名，文學院132名，法學院52名；1935年理學院新生為121名，文學院99名，法學院59名。北京大學校史研究室編：《北京大學史料》第二卷，第883、611、614、頁。連續三年新生錄取數以理學院為最多。有記者就此現象專門采訪蔣夢麟，詢問是否依照教育部令而錄取理科生最多。蔣答曰：“並非特意多取理科學生。新生理學院占多數，實由一般以為我國理科不振，極應興革，均屢年增加。教育部對整頓全國教育，擬即趨向理科。而現在投考理科新生又屢年增加，我國理科前途甚可樂觀。他重視理科的思想溢於言表。
我們將1934年到1937年與1919年到1922年期間畢業生的專業和人數做一比較，也可以發現在30年代理科受重視的趨向
我們發現1919到1922年畢業於理學院的學生有208人，而1934到1937年間畢業於理學院的學生達261人，增幅達25%；而就學人數增加最多的為物理專業，從1919到1922年畢業的31人增至1934年到1937年間的73人，幅度為2.35倍。其次為數學專業，1919年到1922年畢業人數是42人，1934年到1937年的畢業生數則為60人，增加了1.43倍。化學專業畢業生數大致相當。上述物理、數學專業學生數量的變化，從另一側麵折射出蔣夢麟時代的北大，對理學院建設的重視程度。當然，在這個時期，北大的文科類專業，同樣也有了進步，諸如就讀國文、史學等專業的學生也呈上升趨勢，但哲學專業畢業生數從81人下降到24人，卻是個不爭的事實。
綜上所述，20世紀30年代蔣夢麟正式執掌北大期間，所進行的一係列行政、教學、課程等方麵的改革和實行的措施，均能折射出美國大學理念對他的影響。此外，30年代北大教員中具有留美背景的人數占據比例較大，據1933年統計，美國大學畢業者為54人，全體專任教員數為128人，比例達42%；留日教員為31人，比例是24%；留學德法的有27人，比例為21%。將近一半的教員具有在美國大學學習的背景，使得30年代蔣夢麟在北大推行美國大學的做法更為便利。