他多次指出：“我國之辦教育，……費無數之金錢，過如許之歲月，而成績甚少，進步甚遲者何也，我國教育界有公言矣。曰：教育不切於實用也。”郭秉文著：《中國現今教育問題之一》，《東方雜誌》第12卷第1號，1915年1月。因此，在他執掌南高和東南大學期間，課程設置與人才培養目標是以實用性與服務社會、國家為中心的。如農科規定學生在修業年限內，必須至少在兩個暑假期間進行實習，每次8周，每周工作48小時。。
他認為：“以養成思想及應用能力為智育標準。必使學者思想以探智識之本源，能應用以求智識之歸宿。……至於所思想應用之事物，則以適合於社會需要為本，總期所思所用，皆與社會生活有密切之關係。為實現這一目的，應注重兩種方法：（1）養成思想能力，則注重興疑與試驗，蓋必先使學者有所憤悱，然後乃能啟發其思想，又恐其憑空構想也，故為設種種機會，俾能試驗，使有所思者皆有據。（2）養成應用能力，則注重理想與實際之聯絡，必使所學者皆有所用，所用者皆本所學。
具體實施途徑有：以適應社會需要為設科宗旨；以養成思想獨立之能力為教授目的，故重啟發不重注入，重自修不重聽講；注重實驗，一以為學理之佐證，一以養發明之習慣；以研究問題為學生鍛煉思想之重要方法；以實習為養成應用能力之途徑。
以上關於大學人才培養宗旨和方法的論述，體現了郭秉文的辦學思想，從中可明顯感受到美國現代大學理念的實用主義部分對他的影響。他認為社會需要隨時變更，所設之科也應“因之而異”，第一次世界大戰期間，我國民族工業有了發展，社會急需工業人才，1916年秋季，南高增設工藝專修科，教學內容較為寬泛。以後，他“認為要發達中國工業，非得培養專門人才不可”，於是改變原定職業教育計劃，注重於專門機械工程的教育，“建設工廠，購辦儀器，添聘歐美工學專家，進行高深工學的訓練及研究”。
他極為重視大學與社會的聯係，要求各係科都要注意麵向社會，為社會服務，做到教學、科研、推廣三者並重。仿美國大學推廣部的設置，東南大學也成立了推廣部，分校內特別生、通信教育、暑期學校三大類，目的在於“以推廣事業對本省根本上之服務”。具體辦學如下：
通過教育科舉辦暑期學校，培訓大批在職教師及行政管理人員，開課百餘門，推廣平民教育、義務教育。以此溝通大學與社會的聯係，更好地推廣教育，服務於社會。授課者均為著名學者，除南高-東大自己的一批名師、權威教授親自授課外，郭秉文還邀請諸如美國的杜威、孟祿、推士，德國的杜裏舒博士，國內的梁啟超、胡適、張君勱等名家開課，在社會上產生了很大影響。他們的授課內容有：杜威講授《實驗教育哲學》、孟祿講授《教育學》、推士演講學製改革、美國巴斯德斐爾德博士的《農業推廣》、杜裏舒博士講授《生機哲學》、胡適講授實用主義、梁啟超講授先秦政治思想史等。國內外眾多知名學者教授齊聚南高-東大的暑期學校，為在職教師學力的提高，能更好地服務社會作出了貢獻。
在農科方麵，學校則通過與江蘇省合作，以產學研方式為地方經濟發展服務。農科教授們借鑒歐美農業大學的做法，認為除了從事農業專門人才的培養外，還應注重農業技術的研究和推廣。他們分赴各農事機關視察並給予具體指導。此外，農科還組織農村巡回演講團、農業展覽會，普及農業科學知識，推廣優良品種、農具，對我國棉糧的生產發展，特別是江蘇省棉花的生產與推廣作出了重要的貢獻，實現其成立之初提出的“以研究、教授、推廣三者為職誌”的宗旨；商科則辦夜校、補習學校，為各界有誌求學青年提供學習機會。這些舉措均體現了大學服務社會的職能。
綜上所述，郭秉文注重美國大學理念中實用性層麵內容，特別突出學校與社會的聯係及對經濟發展的指導等實效性作用，將教學、科研、服務三大功能淋漓盡致地體現於東大的具體辦學實踐中。
二、蔣夢麟時代的北大與美國現代大學理念
蔣夢麟（1886-1964），1908年自費赴美留學，入加州大學，先選農學專業，後轉入教育學係，1912年以優異成績獲得文學學士學位，同年入哥倫比亞大學，師從杜威研究教育，1917年獲哲學博士學位歸國。1919年7月進入北大，到1945年離開，成為北大曆屆校長中任職時間最長的一位。
蔣夢麟是在五四運動期間蔡元培辭職南下後加盟北大的。1919年7月，蔡元培承諾回任北大校長職，但並不馬上進京回校，而是委派蔣夢麟代理北大校長事務。他在7月14日的日記中寫到：“偕夢麟遊花塢，遇雨。夢麟、爾和在此晚餐，決請夢麟代表至校辦事。蔡對蔣說：“君可為我代表到校，執行校務，一切印信皆交君帶去，責任仍由我負之。”。蔣提出兩點要求：第一，隻代表蔡師個人，不代表北京大學校長；第二，僅為蔡師督印。對此，蔡元培予以認可。同年7月23日，他在致北大教職員的啟事中宣布：“元培因各方麵督促，不能不回校任事。惟胃病未療，一時不能到京。今請蔣夢麟教授代表，已以公事、圖章交於蔣教授。嗣後一切公牘均由蔣教授代為簽行。校中事務請諸君均與蔣教授接洽辦理。至此蔣夢麟進入北大，期間曾三度代理校長職務。1931年正式就任北大校長，1945年10月因出任南京國民政府行政院秘書長而去職。除1926年到1930年不在北大外，服務北大二十餘年，先後主持校政十餘年。
蔣夢麟曾自評其在北大的經曆：“大半光陰，在北京大學度過，在職之年，但知謹守蔡校長餘緒。實則作為受崇尚實用的美國文化浸潤多年的蔣夢麟，務實主義原則是他管理北大校務中最為突出和強調的。在他執掌北大的種種措施與作為中均能發現美國現代大學理念的印痕。
1.大學管理注重實效
1919年12月3日北大評議會通過蔣夢麟草擬的《國立北京大學試行章程》，此時蔣夢麟的身份是教育學教授兼總務長（因蔡元培已到校視事）。該章程盡管依舊本著教授治校原則，圍繞蔡元培最先構建的評議會、教授會為基本框架，以評議會、行政會議、教務會議、總務處為四駕馬車，形成了一套比較完整的行政管理體係。但其中一個顯著特征就是將行政與教務分離，此後北大由不同的機構決策行政與教務事宜，這已經顯露出蔣夢麟對於教授治校的不同觀點。
蔡元培賦予教授們的治校權力極為寬泛，涵蓋學校管理的方方麵麵。諸如學校事務的規劃、決策、預算與財政、招生、課程與考試、教員聘任與管理等都納入教授治校的權力範圍。他所推行的是將學校行政與學術層麵的一切事宜皆交由教授參與並以少數服從多數的共同協商方式進行議決的做法。
蔣夢麟則認為學術性事務與行政性事務不應由同一群體進行決策和管理，因為這兩類工作各有自己的一套專門知識體係，因此，學術工作與事務性工作人員的選聘標準就不一致。這一點早在他進入北大工作前，致蔡元培的信中就有明確的闡述：“名師當以知識、人格二者為標準。幹才當以溫、和、能事及有普通知識者為標準。……近世大學興起，組織漸臻完善，聚國中之名儒於一定之機關。故主其任者，非惟負講學之責任，且須負管理機關之責任。……中國人自辦之學校，其最善者往往有學問精神而無效能機關，……辦國立大學之道無他，於學問精神外，加以效能之組織。”蔣夢麟致蔡元培函，1916年11月4日，書信原稿。他認為治學與治校是不同的概念，管理學校講究的是效能。故他代理校長期間及日後正式出任北大校長，均以務實的態度提出了種種管理變革措施。
在代為執掌校政期間，蔣夢麟對乃師一貫堅持並主張奉行的教授治校製，本著務實、方便管理的原則，進行了修改，並沒有大刀闊斧地予以麵目全非式的更動。評議會一直是全校的核心機構。每次北大發生事變，蔡元培辭職離校之際，皆由評議會維持校務。
如1919年五四運動後，蔡元培辭職南下，評議會聯合教授會發了公告：“本月十三日晚九時（1919年5月13日--引者注），本校評議會與教授主任會特開聯席會議，商量維持大學之法。當經會議議決，蔡校長未返校就職之前，校中行政及教務庶務各方麵，應由評議會及教授會各舉出委員三人，襄同蔡校長所委托之溫學長代行主持。
1923年1月蔡元培以教育當局幹涉司法獨立，為了表示不與軍閥、政客同流合汙，憤然再度辭職。同年1月18日，評議會發布議決案：“現本校校長以不屑與摧殘司法，蹂躪人權之現教育當局共事，辭去校長職務，從十八日起，不到校辦事。本會同人全體，對於校長之行動，深有同感，本應隨同辭職，但因欲顧全學生之學業，本日開會議決，暫行以本會名義，會同總務長及教務長，維持本校一切事務。
但評議會製度卻在蔣夢麟正式就任北大校長後消亡。1931年3月26日，北大評議會通過蔣夢麟校長的議案，遵照《大學組織法》及《大學規程》改定本校各項組織及各項辦法。從此，北大取消了評議會，代之以校務會議。而《大學組織法》是蔣夢麟就任南京國民政府首任教育部長期間所製定的。此外，他還製訂並頒布了《專科學校組織法》、《大學規程》、《修正專科學校規程》。上述四個高等教育法規稱之為兩法兩規，對中國近代高等教育體製影響深遠。構建者蔣夢麟借鑒美國大學的管理模式，主要從提高效能方麵入手，對1912年的《大學令》做了相應的修改。以校務會取代評議會職能，學院院務會議和係教務會議管理各學院及各係的學術事宜。
《大學令》規定評議會與教授會擁有學校的行政與學術事宜的決策權，與校長共同分享管理學校事務之權。但對各自的權限未能作出明確及嚴格的劃分。事實上，教授治校製對校長各方麵的要求極高，其人格、才識、治學、辦事等能力均要卓爾不群、出類拔萃。也隻有蔡元培一人能有此魄力和能力在北大實施該製度。因為，學校內部事務由教授群體進行決策，但對此負責的依然是校長。作為校長，既不能在議決時，將自己的意誌淩駕於教授之上，又要服從共同決策的結果並對此負責。因此，胡仁源掌北大時，盡管也建立了評議會，但卻未能發揮其應有的效能，也就未能讓該製度持續存在。
蔡元培在北大推行教授治校，為實施該製度而建立了評議會與教授會兩級決策機構，將校長的權力下放給教授群體，讓教授真正地參與到校務與學術的管理中。但有些決策往往是通過蔡元培才能發揮效能。如在選舉北大第一任教務長時，受各學科之間利益衝突的影響，出現了三個學科候選人勢均力敵的形勢，最後，蔡元培投票決定了馬寅初當選。根據沈尹默的回憶，蔡校長此舉隻是為了免去無謂之爭端而已。又如1922年10月的一次評議會，議及教授兼任他校教課鍾點的限製。因涉及自身利益，有幾位評議員甚是反對胡適的“不得過本校授課鍾點二分之一”的提議。反對之聲如此之大，蔡元培不得不起身，並大聲發言：“評議會到了今天，不能再反對這件事了。你們要反對，應該在去年三四月間反對。如果我們不實行此案，我們怎樣對得起那些因兼任各部事務而改為講師的幾位教授呢？我們今天隻能以評議員資格發言，不應該以私人資格發言！”。這次的評議會最終以兩人不舉手棄權而通過胡適的提案，從另一側麵也反映了當時北大實施教授治校過程中，各方利益的爭奪與衝突都需要蔡元培的個人魅力與能力予以解決。
教授治校賦予了教授較為全麵的管理權，因此，內部派別爭鬥也甚為激烈。如顧頡剛所論：“權之所在成了爭奪的目標。”“當北大成立教授會，教授有權之後，於是馬上分成英美派和法日派兩大係，用團體的力量做鬥爭的工作。校裏要請一位教員，他如是美國留學的，那麼法日派裏必定提出一個他們的人，要求同時通過；法日派如果先提出，英美派也必要這樣以保持其平衡。朱偰在其回憶文章《五四運動前後的北京大學》也談到了這個問題：“馬裕藻擔任中國文學係主任最久，在北大評議會24把交椅中常居首席，但是中國文學係主任也不是好當的，因為學校裏派別分歧，新舊兩派鬥爭常很激烈，每逢一學年開始，馬氏常坐著包車，奔走於各派之間，一麵聯絡舊交，一麵網羅新進，還須適應學生的要求，折中於新舊之間。這種狀態之下，蔡元培的最後決斷往往成了左右局麵的重要因素。從某種意義而言，這實是更大意義上的校長治校。但蔡元培引入該製度，為的是在大學人群體中樹立民主、自由觀念，是設法形成一種風氣和精神。
但在學校日常的具體事務管理中，蔡元培也逐漸意識到所有的事宜均采取合議製會影響辦事效率。因此，1919年9月在開學典禮上就宣布：“組織行政會議，把教務以外的事務，均取合議製，並按事務性質組織各種委員會，來研討各種事務。他設想，教務事項，涉及千頭萬緒，不宜采納合議製，而其他事務，依舊維持民主合議製。但蔡元培推崇的德國大學教授治校製度，有其特定的實施條件。
首先，德國大學教授是由政府任命的，是國家公務員，工資由政府支付，而非學校。這一點決定了大學教授地位高且獨立性強，對校長沒有依附性。任命通常是由校方列出簡單的候選人名單呈送給政府中負責相關事宜的部長，再由這位部長決定任命哪位候選人。並且教授數量是控製的，一定得等某位教授去世，職位有空缺時，才能申請。可以參考康德的經曆。他於31歲取得編外講師資格，一直做了15年講師，於1770年（離47歲生日隻有幾天的時候）接到國王的任命書，委任他為哥尼斯堡大學邏輯和形而上學編內教授。
其次，德國大學特有的編外講師製度。德國大學教師分編外講師和編內教授兩種。申請編外講師者必須有專著發表，該專著應包含作者在取得博士學位後最初幾年的研究成果，這一專著必須比博士學位論文有更大的影響。此外，申請人要向本學科教授發表公開演講，最後由教授們決定是否有擔任編外講師的資格。編外講師不拿國家薪俸，靠選修自己講授課程的學生繳納的學費維持生活，在大學隻擁有授課的權利，是教授學術上的競爭對手。但按照慣例，編內正教授往往是從編外講師中產生的。這種編外講師製度為促進德國大學的學術發展起到了很大的作用。從另一層麵考察，經過這樣的程序升為教授的，在學術成就上都是有保障的。
上述兩方麵因素，決定了德國大學人群體是一個少而精的特殊階層。青年學者決定將編外講師作為職業選擇時，一定是胸懷堅定誌向的。因為若沒有其他的經濟來源，編外講師的生活是較為清貧的。必須默默奮鬥數年甚至幾十年的時間，完全憑借個人的學術成就，才能走上通往教授頭銜的道路。。隻有那些誌向不在於職位聲望和穩定，而在於純粹學術、以學術為信仰的學者才適於這樣的製度。。經過嚴厲的生活考驗及對學術獻身精神的打磨，曆經數年或者長達十幾、數十年由編外講師而最終升為大學教授，必定是學術上有相當造詣的大學者。他們已養成相當的獨立性與自由研究的習慣。此外，這種製度被看成是“大學的真正精神所在--以極為崇高的方式將學者引入極為崇高的職業。……確保了為高級學術職位提供熱愛學術的優秀後備人才”。
德國大學最基本的教學研究製度是講座製，教授會成員是全體講座教授。每個講座中，教授擁有對各項學術事務的管理權，能夠獨立地確立學科的發展方向，聘用學術與非學術人員，選擇教學內容和研究課題，獨立使用經費等。教授會之上是學部，學部之上是評議會。大學校長與各學部長由教授會公舉，每年更迭一次。校長則由神學、醫學、法學、哲學四科教授輪流擔任。事實上，大學校長隻是履行評議會、教授會的決定，並沒有真正意義上的管理權。教授與社會有一定距離，但又受政府供養。而政府對大學事務，卻不能插手。大學與社會、政府處於這樣的一個關係中，決定了德國大學教授治校製能夠長期存在。
從某種意義而言，蔡元培引入該製度，是他的理想，同時也是意在建構起一種治校模式，為他離開北大做鋪墊。他不希望北大因為他的離去而有所混亂。如他自己所言：“我雖抱了必退的決心，終不願為一人的緣故牽動學校。所以近幾年來，在校中設立各種機關，完全倚幾位教授為中堅，決不至因校長問題發生什麼危險了。北大對他而言，就像是一個橋頭堡，他意在進行國民性改革的先導。該理念注定他在北大取得一定的成績後會離開。他的目標是全社會的改革，他把自己定位於服務全社會，北大僅僅是他服務的一個部分。他想通過教授治校製度，為北大建立一種民主、自由的氛圍。但隻有他自己親自主持校政時，才有教授治校的可能性。換句話說，隻有他才能協調各方麵的關係，從而實現教授治校。