此外，根據《大學組織法》，大學的管理結構體係變為：大學各學院下設若幹學係；大學設校長一人，綜理校務；大學各學院設院長一人，綜理院務；各學係設主任一人，辦理各該係教務。大學設校務會議，審議大學預算、大學學院學係之設立及廢止、大學課程、大學內部各種規則、關於學生試驗事項、關於學生訓育事項、校長交議事項等重大事宜。各學院設院務會議，審議本學院一切進行事宜。各學係設係教務會議，計劃本係學術設備事項。這樣的院係設置主要仿美國大學製度，權力集中於校長。學校組織成為校--學院--係的三級管理體係，校長治事、教授治學的模式開始以法令的形式規定下來。
三、選修製的確立
1922年《新學製》是在修改《壬子癸醜學製》動議基礎上，曆經七年反複醞釀、討論而成的，目的在於修正民國初年學製因製定匆忙而造成的與中國社會脫節的現象。它是在當時學習西方、尤其是學習美國教育的總體氛圍下的產物。該學製對大學做了如下規定：
（1）大學校設數科或一科（稱某科大學）；
（2）大學校修業四到六年；
（3）大學校采用選科製；
（4）取消大學預科，自此以後，高等分為兩級製；
（5）因學科及地方特別情形，可以設專門學校，年限為三年；
（6）大學校和專門學校得設專修科，年限不定；
（7）設大學院，年限不定。
這份法令最大的特點在於選科製在大學的確立。1870年到1910年選科製在美國大學興盛，幾乎所有學校都不同程度地采用了選修製。19世紀中葉前，美國大學的課程體係大多實行學年製，所開設課程全為必修，每學年學生固定學習若幹門課程，沒有任何選擇課程的自由。這與民國初年國內大學的做法如出一轍，此種方法不利於精英人才的培養與脫穎而出。
盡管1825年弗吉尼亞大學作了改革，允許學生自由選修課程，哈佛大學於1839年的課程改革中也推出部分選修課，但這些做法都不具備普遍性。具有留德背景的哈佛大學校長愛略特於1869年走馬上任。他強烈推崇德國自由選科製，認為學年製的必修課程“猶如為群體做衣服一樣，統一按平均尺寸去裁剪，從不考慮量體裁衣，即從來不考慮學生個人的天賦、意願和興趣”。而選修製卻能“為學生自然傾向和天賦資質提供自由發揮的空間，並使學生對所選功課充滿熱情。而且它可以通過小而生動的課堂，講授豐富多彩各具特色的課程，擴大教學範圍”②。這種德國大學自由學習色彩極為厚重的學製，促進教師教學與科研相結合，同時也讓大量新興學科進入大學，逐漸取得和古典學科課程相等的合法地位。
愛略特大力推行的教學製度改革終在哈佛獲得成功，並逐漸影響到其他重要大學，康乃爾、哥倫比亞、斯坦福等學校紛紛實行選修製。20年代前後回國的留美學生，在美國大學求學期間，正是選修製大行其道之時，他們對這種教學製度留下深刻印象。如前文所述，胡適回國，就向蔡元培推薦該製度，並首先獲準在北大實行。因此，1922年學製就把這個規定納入大學教育法規。
在1929年的《大學組織法》中，選修製得到進一步的確立，規定大學各學院或獨立學院各科學生（醫學院除外），從第二年起，應認定某學係為主係，並選定他學係為輔係。大學各學院或獨立學院各科課程，得采學分製。但學生每年所修學分須有限製，不得提前畢業。聰穎勤奮之學生，除應修學分外，得於最後一學年選習特種科目，以資深造。選修和學分製確立後，教育部不再統一規定大學課程設置，由各個學校自行決定與安排。